更有喜者，來得如此突兀，連何應(yīng)欽也不敢奢望。當他處理完唐部收編事宜回南京不久，蔣介石給了他最高的獎賞。3月3日，何應(yīng)欽被任命為軍政部長。自此以后，不論國民政府怎樣改組，他的軍政部長維持了近15年之久。

正當何應(yīng)欽與蔣介石棄嫌修好，想以“統(tǒng)一”和‘整理”軍政為名，創(chuàng)建中央系一統(tǒng)天下的軍政體系時，躲在山西秣馬厲兵的土皇帝閻錫山，以為蔣介石已先后與桂、馮、張（發(fā)奎）、唐（生智）交戰(zhàn)，雖獲勝利，必然將疲師老，無力再對付他了。于是，他打出“整個的黨，統(tǒng)一的國”的幌子，聲稱反對蔣介石獨攬大權(quán)，武力消滅異己，借統(tǒng)一而行獨裁。并勸蔣介石“禮讓為國”，或下野，或與他分權(quán)而治。閻函電紛馳，發(fā)動了時人稱為“電報戰(zhàn)”的反蔣宣傳。擁有相當實力的閻錫山公開亮出反蔣旗號，那些在中央軍高壓下暫時蟄伏起來的地方實力派以及失勢的改組派、西山會議派，紛紛派出代表到太原，擁閻為反蔣領(lǐng)袖。于是，爆發(fā)了蔣馮閻中原大戰(zhàn)。這場新軍閥混戰(zhàn)的誘因，仍是何應(yīng)欽替蔣執(zhí)行的“統(tǒng)一”和裁軍。

戰(zhàn)端未啟之時，何應(yīng)欽仿效蘇張，四處游說；戰(zhàn)幕揭開，何即代蔣操刀，坐鎮(zhèn)武漢，策應(yīng)四方。正當蔣馮閻混戰(zhàn)之際，彭德懷率領(lǐng)的紅三軍團襲取長沙，擊潰何鍵所部30里防線。何應(yīng)欽一肩挑起了在中南為蔣消滅異己和反共的兩副重擔。他在湘、贛對紅軍的進攻，成為爾后國民黨軍連續(xù)五次對紅軍“圍剿”的序幕，蔣介石稱何應(yīng)欽此舉“扭轉(zhuǎn)了情勢”，“南方的危機，乃為之消彌”，可集中兵力對付北方的反蔣聯(lián)軍。

10月9日，隴海路上蔣軍獲勝。蔣介石又派何應(yīng)欽為鄭州行營主任，主持中原戰(zhàn)事及西北善后。何應(yīng)欽指揮中央軍西征北戰(zhàn)，到11月12日，晉軍、西北軍分別為何應(yīng)欽、張學良改編。蔣馮閻中原大戰(zhàn)以蔣獲勝告終。

中原混戰(zhàn)剛剛結(jié)束，11月22日，何輯五之妻生一女孩，取名麗珠。因何應(yīng)欽、王文湘多年無出，何又堅持不娶小納妾，麗珠一墜地，便過繼給何應(yīng)欽，成了陪伴何應(yīng)欽終身的“女公子”。何應(yīng)欽于戎馬倥傯之余，添了一絲天倫之樂。