李、白兵敗后退回廣西。桂系的第四集團(tuán)軍未被編遣已被打垮。

桂系敗退后，蔣介石對(duì)馮玉祥裝聾作啞。何應(yīng)欽安駐武漢，將桂系殘部改編為六個(gè)師，受命整理兩湖“黨務(wù)”。馮被欺騙，本已憤怒，加之蔣又以巨款收買(mǎi)馮部的韓復(fù)榘、石友三叛馮投蔣，馮、蔣之戰(zhàn)一觸即發(fā)。蔣介石正擬討馮，而馮便搶先開(kāi)戰(zhàn)。

5月22日，何應(yīng)欽應(yīng)召由武漢飛抵南京商討攻馮事宜。剛走下舷梯，他便對(duì)采訪(fǎng)的記者談話(huà)，謂馮“破壞平漢、隴海兩路”，“阻止中央軍前進(jìn)，俾構(gòu)筑堅(jiān)固防御工事，堅(jiān)守半年以上，以待蘇俄經(jīng)濟(jì)械彈之接濟(jì)”等等。于是，馮玉祥“勾結(jié)蘇俄，反叛中央”已有定讞。次日，蔣介石操縱中常會(huì)，決議將馮玉樣永遠(yuǎn)開(kāi)除黨籍，革去黨國(guó)各職。當(dāng)天，何應(yīng)欽與蔣介石“談至深夜，始返私宅休息”。24日，蔣下令通緝馮的同時(shí)，委何應(yīng)欽為武漢行營(yíng)主任，作討馮的指揮。27日，馮玉祥被迫通電下野。

9月15日，何應(yīng)欽之父何其敏在興義逝世，他便向蔣提請(qǐng)辭職回籍奔喪。蔣退回辭呈，要何“移孝作忠”，在南京設(shè)奠祭祀即可，以免影響“黨國(guó)”大事。何應(yīng)欽含悲遂了蔣意。

10月10日，馮部將領(lǐng)宋哲元、孫良誠(chéng)等28人通電，推舉閻錫山、馮玉祥為總、副司令，由潼關(guān)出兵討蔣。何應(yīng)欽戴孝往開(kāi)封前線(xiàn)指揮12個(gè)師，抵御閻、馮的進(jìn)攻。10月26、27日，是在南京毗廬寺公祭何其敏的日子，何應(yīng)欽頭一天才趕回南京參加公祭儀式。此番奪情為蔣，使蔣大受感動(dòng)，親自為何其敏寫(xiě)了像贊，既頌死者，更贊揚(yáng)何應(yīng)欽。事畢，何又返回開(kāi)封。

11月12日，何應(yīng)欽赴太原，替蔣介石收買(mǎi)閻錫山，要他從中掣肘，使馮的西北軍被蔣軍打敗。

不幾天，粵桂反蔣戰(zhàn)火又起。11月15日，何應(yīng)欽又馬不停蹄地率領(lǐng)數(shù)師精銳馳赴廣東，就廣州行營(yíng)主任，主持對(duì)桂系及張發(fā)奎的作戰(zhàn)。不足一月，桂張軍被打敗，粵桂戰(zhàn)事結(jié)束。

12月19日，何應(yīng)欽凱旋抵滬。21日在南京受蔣召見(jiàn)，嘉許備至。喘息未定，蔣又囑他即日啟程，赴武漢主持已經(jīng)開(kāi)始的“討伐”唐生智的戰(zhàn)爭(zhēng)。次日，何應(yīng)欽與夫人在下關(guān)碼頭揮手告別，乘楚有號(hào)兵艦，駛往武漢。

1930年元旦，因何應(yīng)欽連年征戰(zhàn)，大有“三過(guò)家門(mén)而不入”之概，國(guó)民政府頒授他一等寶鼎勛章。嘉獎(jiǎng)電傳到武漢行營(yíng)，何應(yīng)欽感激涕零，枕戈待旦。次日，催令三軍，冒著大風(fēng)雪出擊，直撲駐馬店唐軍主力。饑寒交迫的唐生智部既乏準(zhǔn)備，又無(wú)實(shí)力相抗，8日，便向何應(yīng)欽投降。13日，何應(yīng)欽的“中央軍將唐生智全軍16000人在毫無(wú)抵抗的情況之下解除其武裝”。討唐之役輕而易舉又奏全功。

何應(yīng)欽的一生，既有“禍不單行”，更有“福能雙至”。還在1929年9月27日，國(guó)民黨中常會(huì)便任命何應(yīng)欽為中國(guó)童子軍總司令，但適逢其父逝世，北伐戰(zhàn)云密布，無(wú)暇擇日就任這一榮銜。何應(yīng)欽特意選擇唐生智部繳械這一天就任童子軍總司令，以示喜上加喜。