此時，一艘大渡船載著朱德和任弼時、傅鐘等首長，以及由楊奇清親自挑選的警衛(wèi)員們犁波耕浪而來，直向侯馬鎮(zhèn)駛?cè)?。楊奇清在芝川?zhèn)“明修棧道”，讓朱德一行“暗度陳倉”，登上早已秘密準(zhǔn)備好的大渡船渡過黃河。其實，楊奇清在假借檢查朱總司令的下榻處時悄然離開芝川鎮(zhèn)，乘一艘預(yù)先安排的輕舟趕到侯馬鎮(zhèn)。這時，“骷髏”被生擒、隨后被槍決，軍統(tǒng)局的行動小組成為驚弓之鳥而掩跡逃遁。

楊奇清長期負責(zé)八路軍政治保衛(wèi)工作，對加強部隊保衛(wèi)工作建設(shè)，純潔部隊，開展反敵特斗爭，鞏固抗日根據(jù)地做出了貢獻。1942年底，日軍開展所謂“強化治安”運動，在敵占區(qū)加緊了法西斯統(tǒng)治，同時千方百計向我根據(jù)地派遣特務(wù)，進行滲透和破壞。楊奇清周密防范，打擊日、偽的秘密“維持會”，偵破了妄圖暗害八路軍總部首長的陰謀，保衛(wèi)了首腦機關(guān)和我軍首長的安全。

1943年秋，太行根據(jù)地也開始了整風(fēng)運動。因受延安審干做法的影響，搶先進入審干，掀起所謂“坦白運動”，發(fā)生了逼供信、擴大化的錯誤。楊奇清的夫人肖彬回憶說，八路軍前方總部野戰(zhàn)司令部和野戰(zhàn)政治部的許多好同志，特別是從淪陷區(qū)和國統(tǒng)區(qū)來的青年知識分子和職員被打成特務(wù)、奸細、反革命分子，野政鋤奸部的一個科長和野司特務(wù)團的參謀長因不堪忍受，相繼自殺。楊奇清當(dāng)時在延安中央黨校二部參加整風(fēng)，他領(lǐng)導(dǎo)的野政鋤奸部中大多數(shù)同志被整成特務(wù)或有反革命歷史的壞人。

1944年1月，楊奇清的學(xué)習(xí)還未結(jié)束，毛澤東召見楊勇、舒同、楊奇清，要他們回前方糾偏。楊奇清被任命為中共北方局社會部部長，在鄧小平、滕代遠領(lǐng)導(dǎo)下著手糾正整風(fēng)運動中的錯誤。楊奇清一到前總駐地，就有不少同志向他訴說整風(fēng)中換整的情況，有的甚至痛哭流涕泣不成聲。楊奇清廢寢忘食，和審干人員一同深入到各個單位開展調(diào)查研究，看材料，聽匯報，廣泛聽取群眾意見，認真對待本人的申訴，工作做得非常細致，很快查清了絕大部分同志的問題，凡冤假錯案一律予以平反。

1945年8月15日，日本宣布無條件投降。9月上黨戰(zhàn)役發(fā)起，楊奇清指揮所屬虜獲敵大批文件資料。10月，邯鄲戰(zhàn)役發(fā)起，國民黨第十一戰(zhàn)區(qū)副司令長官、新八軍軍長高樹勛率部一萬余人起義。楊奇清派人參與起義部隊的整訓(xùn)，在軍政大學(xué)受訓(xùn)的起義軍官紛紛要求為人民服務(wù)，軍大保衛(wèi)部根據(jù)他們的愿望，給他們情報策反任務(wù)，派回蔣管區(qū)工作。上黨戰(zhàn)役和平漢戰(zhàn)役之后，冀魯豫、冀南、太行、太岳四個軍區(qū)部隊編為晉冀魯豫野戰(zhàn)軍一、二、三、四縱隊。其中第四縱隊的作戰(zhàn)任務(wù)由中央軍委直接指揮，第四縱隊由陳賡任司令員，謝富治任政委，楊奇清任副政委兼政治部主任。