1946年6月26日，國民黨軍向中原解放區(qū)大舉進攻。7月，胡宗南部從晉南北犯，與閻錫山部配合南北夾擊，企圖打通同蒲線南段，占領晉南地區(qū)。陳賡率領四縱在聞喜、夏縣戰(zhàn)役中予敵重創(chuàng)。9月下旬在浮山官雀戰(zhàn)役中，四縱又獲大勝，全殲胡宗南部號稱“天下第一師”的整編第一旅。楊奇清參與指揮了官雀之戰(zhàn)。他親自深入戰(zhàn)斗第一線，詳細介紹敵情，進行戰(zhàn)前動員，部署偵察，巧設奇陣，深得基層指戰(zhàn)員的擁戴。

1947年，楊奇清調任中共晉冀魯豫中央局社會部部長。他領導全區(qū)保衛(wèi)干部大力開展各項工作，與國民黨特務進行了驚心動魄的斗爭，有力地支援了解放戰(zhàn)爭并為勝利后建立人民公安保衛(wèi)機關作了必要的準備。

1948年5月，中共晉冀魯豫中央局和中共晉察冀中央局合并為中共中央華北局。晉冀魯豫中央局社會部和晉察冀中央局社會部也合并為華北局社會部，滕代遠兼任部長，許建國、楊奇清任副部長。9月，華北局社會部召開晉察冀和晉冀魯豫合并以來的第一次保衛(wèi)工作會議。會議討論并確定華北地區(qū)保衛(wèi)工作的總方針為：健全組織，肅清匪特，鞏固秩序，配合作戰(zhàn)。要求各級保衛(wèi)機關鞏固農村面向城市，大力加強治安工作、偵察工作和情報工作，培訓準備干部，把工作重點轉向城市，向全國革命的勝利邁進。

同年10月，中國人民解放軍華北野戰(zhàn)軍第一兵團圍攻山西省城太原，上級決定由楊奇清出任太原市公安局局長。他立即選調了一批城工干部、保衛(wèi)干部和青年學生進行短期訓練，初步掌握太原敵情和社會情況后，開赴太原前線。為了檢驗同志們對太原敵情的熟悉程度，他在途中仔細考問這些同志有關太原各特務系統(tǒng)主要負責人的姓名、特征、住址和其他情況，大大提高了同志們研究分析敵情的積極性。后因平津戰(zhàn)役拉開序幕，按中央部署，暫停進攻太原，楊奇清奉中央電令離開太原前線，仍回華北局社會部，作進入北平的準備工作。他積極參與中央社會部部長李克農召開的專門會議，同譚政文、許建國等共同籌劃研究進城接管的方針、政策和具體做法。據(jù)肖彬回憶，楊奇清隨部隊轉戰(zhàn)南北，她帶著孩子在后方工作。

無論是在國內革命戰(zhàn)爭時期，還是在抗日戰(zhàn)爭時期和解放戰(zhàn)爭時期，楊奇清一直擔任我黨我軍保衛(wèi)部門的重要領導工作。在殘酷、復雜的對敵斗爭中，楊奇清堅定勇敢，無私無畏，對革命抱有必勝的信念。對此，作為女兒的楊清十分自豪。