《自由人》刊物堅持到1959年9月13日才宣布?？?。在臺“自由人”內(nèi)部也發(fā)生分化，雷震等人抨擊專制統(tǒng)治，與臺灣當(dāng)局關(guān)系緊張；親臺灣當(dāng)局者仍保持相互間的聯(lián)系。

20世紀50年代，王云五先后出任“考試院副院長”和“行政院副院長”，達到人生的權(quán)力頂峰。

在此期間，王云五先后參加了第一屆“國大”的六次大會 ，而且都是主席團成員。其中他在一屆三次“國大”上表現(xiàn)最為搶眼。這次“國大”于1960年2月19日在臺北開幕，原定的主要任務(wù)是選舉“總統(tǒng)”、“副總統(tǒng)”。因為蔣介石和陳誠的任期已滿，根據(jù)“國大”通過的“憲法”規(guī)定，“總統(tǒng)”只能連任一次，而蔣介石已連續(xù)擔(dān)任兩屆，按“法理”沒有再度競選的資格。另一個問題是，民社黨、青年黨、部分無黨派代表和部分國民黨代表，在會前提出要實施創(chuàng)制、復(fù)決兩權(quán)，其實質(zhì)是反對國民黨一黨專政。而要獲取創(chuàng)制、復(fù)決兩權(quán)，前提是要否定《動員戡亂時期臨時條款》。因此，一屆三次“國大”主要討論三個問題 ：所謂的“動員戡亂”的名稱是否還有必要維持？創(chuàng)制、復(fù)決兩權(quán)應(yīng)否由“國大”行使？總統(tǒng)能否連任一次以上？這些問題首先在“國大”第一審查委員會修改臨時條款整理小組討論，然后提交大會討論、表決。3月7日，在國民黨操縱下，推定47人的整理小組，王云五為召集人。王云五以主持人的身份，提出“動員戡亂”名稱不變，“總統(tǒng)”可以連選連任，創(chuàng)制、復(fù)決兩權(quán)留待以后解決。整理小組的這次會議，意見頗多分歧，勉強達成一致意見，通過王云五所提建議。3月11日大會開始后，反對意見仍然激烈。這時，王云五突然起立，朗聲發(fā)言，重點在于說明創(chuàng)制、復(fù)決兩權(quán)必須拖延行使，但到時候必定能夠行使，并以自身來自工商界，說話向來算數(shù)為保證。

王云五的發(fā)言讓與會代表大吃一驚，眾人面面相覷，知道再爭吵也不會有結(jié)果，他們明白這位“矮個子白發(fā)老人”代表的是國民黨當(dāng)局的觀點。既然創(chuàng)制、復(fù)決兩權(quán)還有“研究行使”的一絲希望，于是持不同意見者也就緘口不言了。3月11日的會議修改了《動員戡亂時期臨時條款》，對“總統(tǒng)”連任問題作出新的規(guī)定：“行憲首任總統(tǒng)，不受憲法第四十七條連任一次之限制，連選得連任。”這一條顯然是特地為蔣介石而修改的。3月12日，國民黨臨全會推定蔣介石和陳誠為“總統(tǒng)”、“副總統(tǒng)”的候選人。3月21日蔣介石再度當(dāng)選“總統(tǒng) ”，3月22日陳誠蟬聯(lián)“副總統(tǒng)”。由于“行憲首任總統(tǒng)”可以不受限制地連選連任，蔣介石先后共連任五屆“總統(tǒng)”。而第一屆“國大”1948年在南京舉行過一次，此后在臺北舉行了多次，一直沒有改選代表，被臺灣人民譏稱為“萬年國代”。

由此可見，王云五雖然不是國民黨員，他的表現(xiàn)卻比很多國民黨員還積極，堪稱蔣介石的摯友。

盡管反共立場堅定，但王云五有一個觀點是不動搖的，那就是“兩岸統(tǒng)一，一個中國”。對于“兩個國家”，“一中一臺”，他一直表示反對。盡管出于政治立場的考慮，他經(jīng)常談到“反攻大陸”，但身為高官，他明白臺灣的軍事力量和防御體系都很薄弱，根本沒有“反攻”的能力。20世紀60年代前半期，臺灣“立法院”一些人喋喋不休地要求臺灣當(dāng)局馬上“反攻大陸”，讓“行政院”院長陳誠不勝其煩，常托故不去“立法院”面受質(zhì)詢。不得已，王云五以“行政院”副院長的身份去代行這份苦差事。久而久之，王云五覺得很無趣，也就滋生了離開政壇的想法。