王云五在仍然身居高位的時(shí)候，開始進(jìn)軍學(xué)界。他對臺(tái)灣的博士教育起到關(guān)鍵作用。自1954年起，他受聘為“國立政治大學(xué)”政治研究所兼任教授，1963年3月底起改聘為專任教授。任教期間，他在碩士班開兩門課：現(xiàn)代公務(wù)管理和現(xiàn)代行政問題研究；在博士班開一門課：中國歷代政治典籍研究。由于他對政治學(xué)和行政學(xué)有獨(dú)到的研究，又有豐富的實(shí)踐經(jīng)驗(yàn)，所以上起碩士班的兩門課來，內(nèi)容十分充實(shí)而且生動(dòng)。在政治大學(xué)，王云五是主要的論文指導(dǎo)教授。從1955年到1964年，政大研究所畢業(yè)的博士共13位，他一人就擔(dān)任了9位博士生的論文指導(dǎo)。據(jù)說，他在政大一共培養(yǎng)了30名碩士、15名博士，由此贏得了“博士之父”的雅號。

1963年，已過古稀之年的王云五向蔣介石和“行政院”請辭，終于獲準(zhǔn)。他辭去所有公職，只保留“總統(tǒng)府資政”這樣一個(gè)虛職。蔣介石對這位忠于“黨國”的黨外人士關(guān)懷有加，在王云五八十壽辰的時(shí)候，還親至府上，贈(zèng)送“弘文益壽”的壽屏。

此時(shí)的王云五被社會(huì)尊稱為“云老”，退了休的“云老”把大量精力投入著書、譯書方面，這些作品包括回憶錄、演講集、學(xué)術(shù)專著等，累積數(shù)百萬字，可見他雖至晚年，卻精力充沛，筆耕不輟。憑借《中國政治思想史》和《中國教學(xué)思想史》兩部著作，他的學(xué)術(shù)水平得到業(yè)界的認(rèn)可。

不過“云老”晚年還有一件值得稱道的事就是出任臺(tái)灣商務(wù)印書館的董事長。1964年，辭別政壇的王云五回到商務(wù)，成為業(yè)界美談。對于商務(wù)印書館，毫無疑問王云五有極深的感情，畢竟是自己工作時(shí)間最長的地方，那種情懷難以割舍。從臺(tái)灣商務(wù)印書館方面說，經(jīng)營正遇到困難，這時(shí)“云老”愿意出山，真是再好不過，因?yàn)闊o論是他的聲望還是經(jīng)驗(yàn)都是寶貴財(cái)富。

當(dāng)然，臺(tái)灣商務(wù)印書館已經(jīng)是獨(dú)立的出版機(jī)構(gòu)，和原先的商務(wù)印書館的概念大不相同。王云五做臺(tái)灣商務(wù)印書館董事長后先復(fù)刊了商務(wù)的王牌雜志《東方雜志》，又再版了20世紀(jì)二三十年代的一些叢書，懷舊之情表露無遺。他在任上也出版了一些新書，其中不乏《云五社會(huì)科學(xué)大辭典》、《王云五新詞典》之類把名字嵌在書名里的工具書，1967年臺(tái)灣商務(wù)印書館建了一座大樓，命名為“云五大樓”。王云五重視名聲由來已久，到了晚年更為嚴(yán)重。

說起王云五的家庭生活，也很有意思。他有兩位夫人，九個(gè)子女，除長女學(xué)文去世較早，其余八個(gè)孩子都很有出息，王云五定居臺(tái)灣后，其子女大多在美國安居樂業(yè)。