這時王云五已經(jīng)58歲。他以經(jīng)濟(jì)管理專家自任，標(biāo)榜自己“不是去做官，而是去做事”。但因蔣介石發(fā)動全面內(nèi)戰(zhàn)，經(jīng)濟(jì)蕭條，物價飛漲，經(jīng)濟(jì)部無力管制，王亦束手無策。第二年，他又升任為行政院副院長。

1948年5月，“行憲內(nèi)閣”成立，王云五參加“ 行憲國大”，任行政院政務(wù)委員兼財政部長。當(dāng)時，國民黨軍事、政治和財政經(jīng)濟(jì)面臨全面崩潰之勢。為挽救瀕于崩潰的經(jīng)濟(jì)，他在蔣介石的授意下，提出幣制改制方案，以金圓券代替法幣，限制物價，并獲通過執(zhí)行，但不久即遭到失敗。金圓券大幅貶值，成為歷史上最不值錢的紙幣之一。

王云五本非最高決策人，但卻是這一改革的始作俑者，故一時成為眾矢之的，遭到各方面的彈劾，被迫引咎辭職，悄然離開南京去了廣州。

從做財政部長到辭職，不過半年時間，可謂春風(fēng)得意地來，狼狽不堪地走。

由于王云五從政時位居國民政府高官要職，且一貫支持國民黨和蔣介石、積極反共，加之他設(shè)計的金融改革方案又鬧得天怒人怨，因此在1948年12月25日新華社發(fā)布的43名戰(zhàn)犯名單中，他被列為第15號戰(zhàn)犯。

無奈之下，王云五繼續(xù)南遷，到了香港。這時，蔣介石不斷帶信讓他去臺灣，1949年4月，王云五飛赴臺灣，面見蔣介石，他表達(dá)了繼續(xù)做出版社的意愿，蔣同意，并且撥款15萬元新臺幣，作為新出版社華國出版社的開辦費。

年底，華國出版社在港、臺兩地同時開業(yè)，王云五任社長，另聘了幾個人做助理。這個出版社盡管是民營的，但因為有蔣介石的撥款，因此必然在出書方針上堅持反共立場，這一點王云五本人也不諱言。王云五的多種譯著由該社出版，大多是一些適應(yīng)冷戰(zhàn)需要的宣傳性讀物，沒有多少學(xué)術(shù)價值。

王云五在香港期間，除了做出版社，還領(lǐng)頭成立了“自由人”組織和《自由人》雜志，這些“自由人”均為反共人士，本想在王云五領(lǐng)導(dǎo)下大干一場，不成想他卻走了。王云五于1951年1月離開香港，去往臺灣定居。

雖然到了臺灣，香港的事王云五也管著。1952年3月15日， 在臺“自由人”舉行全體會議，由王云五主持，將《自由人》刊物的立論態(tài)度定為：“除積極地主張民主自由，消極地反共抗俄外，并須維護(hù)現(xiàn)行憲法倡導(dǎo)議會政治”，“凡外界對臺灣有惡意攻擊影響國本時，應(yīng)予駁斥”，并增加刊物的新聞性和趣味性，以增加銷路。

1955年3月，《自由人》又捅了婁子，其所刊載的文章論及揚子公司在上海時期的貪污案，批評了孔祥熙。國民黨當(dāng)局大為光火，決定直接干涉。在當(dāng)局的威逼下，王云五寫信給《自由人》刊物在港負(fù)責(zé)人左舜生，通知?？瘺Q定。不料左舜生等人對國民黨的專制行為頗為反感，明確表示反對?？拇?，香港“自由人”自行其是，不再受王云五、阮毅成等約束。