明末清初，準噶爾首領(lǐng)巴圖爾通過西藏達賴喇嘛獲得巴圖爾琿臺吉的稱號，其在信仰黃教的東部、西部蒙古諸部落中威望大增。巴圖爾很有政治抱負和謀略，為了振興準噶爾蒙古，他采取了很多開明有效的政治措施。

巴圖爾琿臺吉死后，其子僧格繼位。僧格在位沒幾年，就被同父異母的兄弟弒殺。正在西藏達賴喇嘛門下修習沙門法的噶爾丹得到兄長被謀殺的消息，在達賴喇嘛等僧俗上層的支持下，打著為兄復仇的旗號星夜兼程趕回新疆。噶爾丹是個野心勃勃的人，他的宏愿是一統(tǒng)蒙古、建立大蒙古帝國。

噶爾丹軍事上打擊政敵車臣、卓特巴巴圖爾的勢力，承襲為準噶爾部大汗。他利用南疆和卓白山派和黑山派的矛盾，率兵滅亡了葉爾羌汗國，將南疆收入囊中。在政治上噶爾丹尋求達賴喇嘛的襄助，被賜封為“博碩克圖汗”。與此同時，他還向清廷進貢，上奏國內(nèi)重大事宜。

噶爾丹將準噶爾的政治中心轉(zhuǎn)移到伊犁河谷后，其勢力不斷迅猛擴張。為實施“東進計劃”，噶爾丹妄圖吞并臣服于清朝的喀爾喀蒙古諸部，他率兵進攻土謝圖汗，大肆搶劫牲畜和掠奪牧地，致使喀爾喀蒙古諸部損失慘重，被迫內(nèi)遷。此舉惹怒康熙皇帝，噶爾丹與清廷決裂。

噶爾丹得意忘形，進一步揮師南下，屯駐于烏蘭布通，距離帝都北京僅700余里?？滴趸实叟豢啥簦{親征，經(jīng)過一番激戰(zhàn)后，擊潰噶爾丹的軍隊。噶爾丹逃竄流亡之際，他的侄子策妄阿拉布坦趁機占領(lǐng)了伊犁。

其后，噶爾丹集合舊部，再次入侵。康熙親率大軍與噶爾丹在昭莫多決戰(zhàn)，清軍幾路夾攻，噶爾丹慘敗。這一戰(zhàn)徹底打垮了噶爾丹，他走投無路，怨恨難平，暴斃而亡。

策妄阿拉布坦很有韜略和膽識，他繼位后大展宏圖，先是征服了哈薩克汗國，數(shù)次擊敗沙俄入侵，而后攻占了拉薩，在西藏建立了統(tǒng)治。策妄阿拉布坦以伊犁河谷為根據(jù)地，營建宗教政治中心，使伊犁成為會宗之地。

準噶爾人多從事游牧經(jīng)濟，為解決糧食需求，策妄阿拉布坦從南疆遷移維吾爾族農(nóng)民到伊犁河谷種地屯田，他們被稱為“塔蘭奇”，意思是種地的人。

策妄阿拉布坦死后，其子噶爾丹零策繼位。在這兩代父子的經(jīng)營治理下，準噶爾的勢力得到空前發(fā)展，疆域遼闊。清朝與準噶爾部之間關(guān)系時好時壞，打來打去，互有勝負，陷入僵持，雙方精疲力竭，將士均有厭戰(zhàn)之意。后來清廷與噶爾丹零策協(xié)商，劃定了喀爾喀部與準噶爾部的牧區(qū)界線，相互往來貿(mào)易，換取了20年的和平。

噶爾丹零策染上天花后病逝，準噶爾部貴族因爭權(quán)奪利發(fā)生內(nèi)訌，四分五裂，實力遭到嚴重削弱。策妄阿拉布坦的外孫阿睦爾撒納與新汗王達瓦齊原是聯(lián)盟關(guān)系，后矛盾愈演愈烈，兵戎相見。阿睦爾撒納敗北后，投奔了清朝政府，在其再三游說下，乾隆皇帝決定拔掉準噶爾部這根扎在心頭的尖刺，況且這是康熙、雍正兩朝“籌辦未竟之事”。