但遺憾的是，總署看到李鴻章前面的分析后遂做高枕無憂之想，除了將李鴻章的建議全文原封不動地轉(zhuǎn)發(fā)給福建將軍文煜做參考外，此后近20日內(nèi)，絲毫沒有采取任何預(yù)防措施。日軍遂得以大搖大擺地于5月7日（三月二十二日）成功登陸臺灣，未受任何阻撓。又過了三天，李鴻章才剛剛根據(jù)上海發(fā)回的新情報確認日本出兵臺灣的可能性極大，而且得到的還都是些日本陷入外交糾紛前的老情報。不過這些情報已足以讓李鴻章意識到問題嚴重。在5月10日（三月二十五日）這天他致函總署，提出了四點建議外加一點總結(jié)：

第一，日本“悖義失好”，美國人“雇與商船”幫助日本“裝載弁兵軍裝”，“均屬違背《萬國公法》”，故而首先要從會晤美國駐華公使開始，依公法與之理論，如美國“遵照公法撤回李讓禮等”，同時“嚴禁商船不準應(yīng)雇裝載弁兵”，則“計日本兵船無多，其謀當漸寢息”。此為第一要義。

第二，馬尾造船廠自制的兵輪船及水師船只不少，“似應(yīng)先派往臺灣各港口盤查瞭望。如遇日本兵船入境，問其因為何事而來？如船中載有陸兵多名，應(yīng)即攔阻，勿令進口上岸?！?/p>

第三，根據(jù)前福建水師提督李成謀寄送的臺灣全圖顯示，“瑯嶠系南路生蕃后山?？凇保m合登陸，本擬建造炮臺但并未施工，也沒有設(shè)置駐軍與警戒哨所，如果日軍來此登陸，清軍實在是“一無防備，殊為可慮”。臺灣本島駐軍又沒有戰(zhàn)斗力，“無甚足恃”。只有從大陸地區(qū)“另調(diào)得力陸軍數(shù)千，即用輪船載往鳳山瑯嶠附近一帶，擇要屯扎，為先發(fā)制人之計”，才能有效阻止日軍登陸。如果日軍膽敢“擅自登岸”，清軍就可以一面進行外交阻攔，一面進行軍事集中，讓“勁敵無隙可乘”，“此為第二要義”。

第四，鄭重推薦船政大臣沈葆楨“管轄新造兵輪船，又系閩人，情形熟悉”，似應(yīng)由總署知照，“會商將軍、督撫密速籌辦”。

一點結(jié)論：“日本既有此議，早遲必將舉行，若不慎謀于始，坐待興師，將來無論彼此勝敗，恐兵連禍結(jié)，竟無已時；于沿海大局關(guān)系非淺。”

李鴻章的建議倒是立即引起了總署的高度重視，在這個指導(dǎo)方針下，恭親王與文祥進行了宮廷說服活動，終于在5月14日（三月二十九日）請到諭旨，命沈葆楨巡查臺灣，并通過照會責(zé)難日本背約。

應(yīng)該說，這個決策過程本身還是很高效率的，可惜因為整體的情報傳輸系統(tǒng)的遲滯而大打了折扣。日軍已經(jīng)登陸，美英也自行與日本劃清界限，李鴻章的未雨綢繆全成了事后諸葛亮。

定計之后又十幾天的時間，清廷從中央到地方再次無所作為。又要遲到5月29日（四月十四日）才正式任命船政大臣沈葆楨為欽差辦理臺灣等處海防兼理各國事務(wù)大臣，“所有福建鎮(zhèn)道等官，均歸節(jié)制。江蘇、廣東沿海各口輪船準其調(diào)遣”。但是，當時福建全省武備稀松，臺灣更是只有兩營兵力。沈葆楨固然可以隨時去臺灣，可是無兵無槍無炮，在日軍已經(jīng)登陸的情況下，就靠他帶著幾個幕僚、兩艘輪船，自然阻止不住日軍的行動。

更不可思議的是，5月14日發(fā)出的抗議照會系由一名雇傭的英國人送往日本，此君在上海遷延一月，直到6月4日（四月二十日）才把這份照會送到日本外務(wù)省。與此同時，臺灣地方官員倒是在始終密切監(jiān)視日軍的一舉一動，主角還是王懋功與郭占鰲。從登陸日開始，每天日本艦船的進入口數(shù)量、協(xié)助人貨的詳情以及日軍的行動，這二位始終在認真觀察，詳細記錄，逐日上報。可惜，由于缺乏有效的通訊手段，他們盡職盡責(zé)的成果是注定無法為總署與李鴻章的決策做參考了。而臺灣本島由于缺乏現(xiàn)代陸海力量，同樣無法采取有效行動，也只有對日軍的行動認真觀察，詳細記錄，逐日上報！

如此又拖到6月9日（四月二十五日），清廷才又發(fā)出上諭，指示南北洋大臣與沿海督撫協(xié)助沈葆楨武力增援臺灣。而日軍卻早在5月22日（四月初七）已經(jīng)展開了針對番社的軍事進攻！