政變發(fā)生當(dāng)日，普京在外地度假，他馬上趕回圣彼得堡，思考應(yīng)對之策。就在這最為關(guān)鍵的時刻，普京長期在克格勃工作的經(jīng)歷幫了索布恰克的大忙?？烁癫獌?nèi)部的老關(guān)系很快就向普京通報了即將抓捕索布恰克的消息。普京不顧當(dāng)時情況復(fù)雜，堅持到圣彼得堡機場迎接索布恰克。第二天，在普京的親自指揮下，經(jīng)過精心挑選的圣彼得堡的武裝警衛(wèi)人員在索布恰克乘坐的民航飛機剛剛在地面停穩(wěn)時，便已迅速將汽車直接開到飛機舷梯下，在克格勃人員趕來之前將索布恰克接出了機場，并對他進行了嚴(yán)密的武裝保護。

那幾天，雖然人們看不見普京的影子，但在索布恰克同圣彼得堡國家安全委員會和圣彼得堡軍區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人談判時，普京卻起了極為重要的作用。普京徹夜奔走在圣彼得堡克格勃和軍區(qū)之間，和有關(guān)各方面展開了緊急磋商和協(xié)調(diào)。正是由于索布恰克和普京等人做工作，當(dāng)?shù)伛v軍才沒有執(zhí)行“緊急狀態(tài)委員會”的命令，保持了中立，使“緊急狀態(tài)委員會”試圖奪取圣彼得堡政權(quán)的行動計劃以破產(chǎn)而告終。圣彼得堡市在1991年“8·19”政變中一直持反對政變的立場。

普京在這次政變的緊要關(guān)頭，于8月20日辭去了克格勃職務(wù)（按照克格勃的規(guī)則，克格勃基干人員是永遠(yuǎn)不得離職的，只能轉(zhuǎn)為“擔(dān)任現(xiàn)職的預(yù)備役基干人員”）。普京回憶起這段經(jīng)歷時百感交集，他在自傳中寫道：

當(dāng)時，我?guī)缀醣黄茸鞒鰶Q定：或者離開列寧格勒蘇維埃，不受訛詐；或者留在那里，但是，必須徹底地開始新生活，這就意味著要告別“克格勃”。也就是說，我面臨著兩種相互對立的選擇?？紤]到當(dāng)時安全機構(gòu)本身處于懸而未決的狀態(tài)，許多事情完全不明朗（作為一個組織它是否會繼續(xù)存在下去，如果繼續(xù)存在的話，那又是什么樣的形式），所以我開始傾向于離開“克格勃”。而就在這時，政變開始了。 

如果我不執(zhí)行命令，就將違背誓言。如果我執(zhí)行命令，就會違背道德責(zé)任，而這些責(zé)任是我來列寧格勒蘇維埃工作時承擔(dān)的，當(dāng)然是自愿的。在這一時刻，我的出發(fā)點僅僅是：道德的責(zé)任高于形式的責(zé)任。最終，這一點加上其他一些因素使我作出了離開安全機構(gòu)的決定。