盡管有這些對(duì)袁世凱的攻擊，李鴻藻仍然對(duì)袁世凱形成了很好的印象，榮祿與翁同龢也是如此。但有件事對(duì)他非常不利，而有利于胡燏棻，那就是，在此次任命之前，袁世凱參加了梁?jiǎn)⒊膹?qiáng)學(xué)會(huì)，那是一個(gè)維新團(tuán)體。由于胡燏棻因與漢納根不和而離開了崗位，榮祿指示袁世凱提交一份軍事訓(xùn)練的報(bào)告。袁世凱寫了洋洋數(shù)千言，主張采用德國(guó)技術(shù)。于是，李鴻藻得到榮祿的支持，奏薦他有能力訓(xùn)練一支有效率的軍隊(duì)。臭名昭著但權(quán)勢(shì)赫赫的慶親王 和大太監(jiān)李蓮英都支持任命袁世凱。于是軍機(jī)處于1895年12月8日上疏給皇帝，請(qǐng)求任命袁世凱指揮并監(jiān)督新建陸軍的訓(xùn)練。

袁世凱在1895年中旬接管了這支軍隊(duì)，當(dāng)時(shí)他三十六歲。小站有十營(yíng)軍隊(duì)，包括三千名騎兵、一千名炮兵和二百五十名騎兵，以及五百名工兵。步兵分為兩個(gè)團(tuán)，包括速射炮和重炮，以及后備部隊(duì)。工兵分為六隊(duì)：建橋隊(duì)、筑壘隊(duì)、輜重隊(duì)、修理隊(duì)、勘測(cè)隊(duì)、布雷隊(duì)、電報(bào)隊(duì)。武器裝備遠(yuǎn)非標(biāo)準(zhǔn)配備。根據(jù)袁世凱對(duì)軍機(jī)處的報(bào)告，西式訓(xùn)練將要繼續(xù)，外國(guó)教官的人數(shù)要從兩名增加到五名，而現(xiàn)有的兩名，一個(gè)是德國(guó)人，另一個(gè)是挪威人。他還提議將此軍從五千人擴(kuò)大到七千人，其薪酬要按袁世凱提出的標(biāo)準(zhǔn)并在其親自監(jiān)督下支付。每月的總薪酬多達(dá)七萬兩白銀，加上其費(fèi)用，都由戶部撥給。

他的行營(yíng)有一名參謀長(zhǎng)，由他的老朋友徐世昌擔(dān)任；還設(shè)了一名秘書，就是他從前在朝鮮時(shí)的助理唐紹儀。大營(yíng)還設(shè)立了四個(gè)部門——供應(yīng)、輜重、運(yùn)輸和外務(wù)（情報(bào)），有兩名軍官負(fù)責(zé)軍法與操練。德國(guó)留學(xué)歸來的滿人將軍蔭昌，時(shí)任天津武備學(xué)堂的總辦，他向袁世凱推薦了自己最得意的四名弟子——馮國(guó)璋、段祺瑞、王世珍和梁華殿（最后這個(gè)人后來在一次夜間演習(xí)中淹死了）。馮國(guó)璋與王世珍是直隸人，而段祺瑞是安徽人。他們后來成為北洋軍閥的三巨頭，以及兩大權(quán)力派系的首領(lǐng)。馮國(guó)璋當(dāng)上了袁世凱的副官，兼任步兵學(xué)堂總辦。段祺瑞任炮隊(duì)指揮，兼任炮隊(duì)官兵學(xué)堂監(jiān)督。王士珍任工程營(yíng)管帶，兼任德文學(xué)堂監(jiān)督。

一年后，1896年12月10日，袁世凱向朝廷報(bào)告，已經(jīng)建成了一個(gè)全編制團(tuán)，包括步兵和炮兵兩個(gè)兵種，以及四個(gè)騎兵連。他采取了特殊措施防止官兵吸食鴉片和貪污公款。士兵們的薪餉是在他親自監(jiān)督下發(fā)到個(gè)人手中的，而不是像過去那樣發(fā)放給指揮官。部隊(duì)紀(jì)律森嚴(yán)，只用兩種辦法約束部下，要么提拔，要么斬首。然而，1897年4月，一名御史給皇帝上疏，指控袁世凱嗜殺與腐敗。為了回應(yīng)此疏，榮祿前往小站調(diào)查。他回京以后，對(duì)袁世凱的成就給予毫無保留的贊揚(yáng)。兩年后，當(dāng)袁世凱和那位御史在山東會(huì)面時(shí)，他遺忘并原諒了一切，讓他進(jìn)了自己的營(yíng)務(wù)處。

當(dāng)貝思福少將 于1896年10月訪問小站時(shí)，袁世凱事業(yè)生涯中的一個(gè)重大時(shí)刻到來了。這位將軍對(duì)這里的七千四百名山東人留下了深刻印象。步兵裝備了標(biāo)準(zhǔn)化的毛瑟來復(fù)槍，騎兵既有毛瑟、來復(fù)槍，又持長(zhǎng)矛，炮兵擁有一至六磅的六響排炮，還有馬克西姆式機(jī)關(guān)槍。他評(píng)論道：“按照西方標(biāo)準(zhǔn)，袁世凱的部隊(duì)是中國(guó)唯一裝備完善的武裝力量?！?袁世凱由于在小站成績(jī)斐然，于1897年7月被提升為直隸按察使，引得世人矚目。大學(xué)者吳汝綸在1896年1月17日寫信給他說：“聞雄部專以西法教練，此最目前要?jiǎng)?wù)?！?最重要的是，榮祿與翁同龢都對(duì)袁世凱維持著良好的印象。前者是皇太后的忠實(shí)擁躉，而后者是皇帝的老師。