杰斐遜接管總統(tǒng)官邸之后，他下令拆除草坪上一處木質(zhì)廁所，派人把建造“構(gòu)造精良的……盥洗室”所需的材料從費城送來。在蒙蒂塞洛已經(jīng)習(xí)慣當(dāng)一家之長，杰斐遜在總統(tǒng)官邸力求建立起同樣的家風(fēng)。他決定哪些家具保留，哪些家具處理掉。原來亞當(dāng)斯家人用作正式會客的房間（今美國國家宴會廳）被他選作辦公室，一樓橢圓形的房間（今美國白宮藍(lán)廳）被改成了畫室。他下令在官邸里安裝喚鈴，這樣他就可以隨時召喚傭人。這個便利裝置亞當(dāng)斯一家考慮了很久，而杰斐遜在入住最初的幾個月就完成了。管家拉潘向他隨時匯報裝修和改建的進(jìn)展。不久艾蒂安·勒邁爾成了杰斐遜在華盛頓的總管。

杰斐遜內(nèi)閣成員代表著國家的幾大主要地區(qū)：來自弗吉尼亞州的詹姆斯·麥迪遜被任命為國務(wù)卿，賓夕法尼亞州的艾伯特·加勒廷就任財政部部長，來自馬薩諸塞州的亨利·迪爾伯恩成為戰(zhàn)爭部部長，利瓦伊·林肯即將獲任司法部部長，來自馬里蘭州的羅伯特·史密斯成為海軍部部長。

任命加勒廷實為精明睿智之舉。加勒廷761年出生于瑞士日內(nèi)瓦，1780年來到美國，在美國獨立戰(zhàn)爭中參過軍，在哈佛教授過法語，精通金融，曾擔(dān)任一系列競選職位（其中包括十分短暫的參議員席位，由于不符合美國公民身份的要求于1794年被解職）。在施行“外僑法和懲治叛亂法”的日子里，1798~1800年美法準(zhǔn)戰(zhàn)爭的動蕩歲月中，加勒廷是眾議院共和黨的重要領(lǐng)導(dǎo)人。他和他第二任妻子漢娜與杰斐遜交情甚篤，后者信任他在財政及政治方面提出的建議。他于1801~1814年擔(dān)任美國財政部部長一職。

列出共和黨在國會和各州的獲勝情況后，法國外交官路易–安德烈·皮雄向巴黎報告，杰斐遜處于巔峰狀態(tài)。美法沖突正盛期間，看似不可戰(zhàn)勝的聯(lián)邦黨走向衰落，令人震驚。皮雄說：“衰落之迅速實在令人瞠目?！鄙踔列掠⒏裉m地區(qū)也受到了共和黨的崛起的影響?！耙虼耍覀兛梢灶A(yù)言，杰斐遜先生僅會面臨微弱的挑戰(zhàn)”，皮雄寫道，西部人口的擴張只會擴大杰斐遜的權(quán)力，因為這些人會“無一例外地反對沿海城市”。

興致勃勃的新任總統(tǒng)用他偏愛的航海作喻?！拔覀兯?jīng)歷的暴風(fēng)雨曾橫行四野，”就職典禮兩天后杰斐遜給約翰·迪金森寫信，“我們的‘阿戈斯’號的堅固程度受到了最嚴(yán)苛的考驗。她的力量經(jīng)受住了風(fēng)浪，即使她被駛向那個方向的目的就是希望她沉沒。我們要把她調(diào)轉(zhuǎn)到共和黨的風(fēng)向上，讓她以優(yōu)美的動作展示其建造者們的能力?！?/p>

英國科學(xué)家、神學(xué)家約瑟夫·普里斯特利則盡情發(fā)揮了自己的歷史想象力：“我們不能再說普天之下沒有新事物了。人類歷史上的這一章是嶄新的，共和國版圖之廣是嶄新的，人口之稀少是嶄新的，席卷這片土地輿論浪潮是嶄新的。”

杰斐遜就是如此理想化，但他也是現(xiàn)實的?！凹词箍梢噪S心所欲地做正確的事，我也能覺察到，基于理性思考和經(jīng)驗證明的改革，多多少少總有無法訴諸施行的，”他寫道，“然而，當(dāng)我們思索驅(qū)動或改變這架社會大機器操作之難，驟然將全體人民的觀念轉(zhuǎn)變到理想境界之不可為，我們就會發(fā)現(xiàn)梭倫的智慧之處，他說，行事即使合乎情理，也不可超出國家可承受的限度。因此，我們的當(dāng)務(wù)之急是改革浪費公帑的行為，趕走那些靠此斂財?shù)呢澙啡耸?，這可視為對墨守成規(guī)上的稍作改動?！?/p>

杰斐遜還生動又直言不諱地形容聯(lián)邦黨人是一群瘋子：“他們的領(lǐng)導(dǎo)人是一群重癥不治的患者，和其他醫(yī)院里的精神病人一樣，享有受保護(hù)和受照顧的權(quán)利?！比欢Ｍ匀淮嬖凇獙τ诮莒尺d而言，哪里有自由，哪里就有希望?！斑@段時期令人不快，”他說，“但是他們證明了一條有價值的真理：正直善良的公民永遠(yuǎn)不會對民主共和國感到絕望。”