打政治戰(zhàn)并不適合他，他更愿意不事張揚，拒絕嘩眾取寵，低調(diào)地在事件進程中烙下自己的印記。他太過平靜的表現(xiàn)，讓他在主流歷史上留下了無所建樹的總統(tǒng)形象。

他懂得，這個國家歡迎，甚至渴望一個不像華盛頓和亞當(dāng)斯時代那樣侵犯隱私又傲慢專橫的政府。在杰斐遜執(zhí)政的8年里，國債由8300萬美元減少到5700萬美元。他削減稅賦，控制開支，在新和平時期——美法準(zhǔn)戰(zhàn)爭在其就職前6個月已經(jīng)結(jié)束—杰斐遜把軍費開支縮減到了戰(zhàn)前水平，海軍規(guī)模也減少到13艘護衛(wèi)艦。那個時期，他認(rèn)為美國是無法與歐洲諸海軍強國對抗的。他的海上戰(zhàn)略重在防御，但對巴巴里海盜，則繼續(xù)追擊開戰(zhàn)。

杰斐遜長久以來只關(guān)心兩件事：美國自由和美國力量。8年來，為了美國能朝著自己心中所設(shè)想的國家前進，他召集了一切可茲驅(qū)使的力量。18世紀(jì)90年代黨派紛爭中，他的很多政敵曲解了他崇尚個人自由，反對漢密爾頓式集權(quán)主義的傾向，認(rèn)為這是他不切實際的表現(xiàn)，也是他的弱點。他們很快就會明確無誤地知道，他們錯了。

聯(lián)邦制美國改革在表面上始于就職典禮的早晨，杰斐遜謝絕佩帶儀式佩劍參加宣誓儀式，打破了由華盛頓和亞當(dāng)斯沿襲下來的傳統(tǒng)。典禮結(jié)束后，杰斐遜像往常一樣在康拉德–麥克蒙公寓就餐。不久，他賣掉了原屬于亞當(dāng)斯總統(tǒng)的馬車和銀質(zhì)軛具，這是對聯(lián)邦黨人威儀的又一次象征性打擊。

亞當(dāng)斯一家人于1800年11月1日入住總統(tǒng)官邸時，阿比蓋爾·亞當(dāng)斯把東廳—這位亞當(dāng)斯夫人之前稱之為“尚未竣工的豪華會客室”——用作晾衣室?，F(xiàn)在杰斐遜安排他的秘書梅里韋瑟·劉易斯在那兒工作?？偨y(tǒng)自己的辦公室則選在了一樓西南角的一個房間。從窗戶望出去，可以看到波托馬克河。房間里有一張帶抽屜的桌子，里面放著杰斐遜的工具和各類小擺飾，窗戶上養(yǎng)著天竺葵，幾只嘲鶇近在手邊。

他性喜安靜，卻受不了寂靜無聲。他通常哼著曲子，或者輕聲吟唱。從0年代初開始，杰斐遜就開始飼養(yǎng)嘲鶇作寵物，他喜歡它們的啼鳴。有時在長達數(shù)小時的沉思默想時，他會打開鳥籠，讓鳥兒們在蒙蒂塞洛私宅或者總統(tǒng)官邸的辦公室里飛來飛去。

1772年的11月，杰斐遜在查爾斯城郡他的岳父約翰·威利斯家的一個奴隸處買了第一只嘲鶇。又過了20年，嘲鶇才在蒙蒂塞洛自然繁殖起來。當(dāng)杰斐遜得知嘲鶇在山頂筑巢，他給家里寫信說道：“告訴孩子們，要把它當(dāng)作化身鳥類的靈物給予尊重，如果傷害了它或者傷了它的蛋，它的鬼魂將對他們糾纏不休。”

任總統(tǒng)期間，杰斐遜養(yǎng)了一只鳥，取名迪克。鳥籠掛在辦公室的窗戶處，窗戶周圍環(huán)繞著天竺葵和薔薇。據(jù)瑪格麗特·貝亞德·史密斯說，迪克“在杰斐遜獨自用功時一直陪伴在身旁”，有時停在杰斐遜的肩上，有時“從他銜著食物的嘴上啄食吃。杰斐遜回臥室休息，它經(jīng)常蹦蹦跳跳地跟在他身后上樓；他午后小憩時，迪克就待在沙發(fā)上，唱出一串串婉轉(zhuǎn)的旋律”。