普里斯特利也希望，“政治不會(huì)讓你忘記什么對(duì)于科學(xué)才是真正合宜的”。杰斐遜實(shí)際上把二者看作相互關(guān)聯(lián)的。政治意義上的個(gè)人自由才會(huì)產(chǎn)生調(diào)查自由的感覺。從君主制或者世襲制度的局限性中解放出來的人，生活在公民之間和睦友愛的環(huán)境中，他的思想才更有可能無拘無束地發(fā)展、成長(zhǎng)、創(chuàng)造、革新。這是杰斐遜理想的共和國(guó)，他將矢志不移地讓它實(shí)現(xiàn)。

關(guān)于如何按照參眾兩院狹隘的決議管理政府，杰斐遜收到了不少忠告。“許多朋友會(huì)因?yàn)槭鴿u漸疏遠(yuǎn)，”詹姆斯·門羅寫信說，“那些迫不及待的暴力狂熱分子會(huì)因?yàn)闆]有如愿以償而覺得遭到羞辱；另外，……還有那些失意的親英殖民者，過去主要由于分裂和種種愚行而狼狽落敗，也會(huì)把分散的力量聯(lián)合起來對(duì)抗我們……他們會(huì)與國(guó)外勢(shì)力勾結(jié)，因此我們必須加以關(guān)注?！碧蛊妗た伎怂拱l(fā)出了警告，他在給杰斐遜的信中寫道：“我們的政體所面臨的危險(xiǎn)，無論國(guó)內(nèi)外，仍然存在?！?/p>

在弗吉尼亞州的威廉·布蘭奇·賈爾斯看來，“失勢(shì)的一黨被普遍認(rèn)為由英國(guó)操控，旨在破壞全體人民手中的自由?！?/p>

每天，杰斐遜在總統(tǒng)官邸一樓他的辦公室里處理著各種事件和問題。官員的任命、新英格蘭的政治、巴巴里海岸、農(nóng)業(yè)政策、西印度群島、法國(guó)和英國(guó)的外交政策，文件如潮水般在杰斐遜面前來去。

帕茜和波莉都沒有來華盛頓和他一起生活，也沒有任何記錄表明薩莉·赫明斯曾經(jīng)離開阿爾伯馬爾縣來總統(tǒng)官邸拜訪。盡管杰斐遜喜歡社交，他在華盛頓卻過著相對(duì)與世隔絕的生活。只有梅里韋瑟·劉易斯和他同住在尚未竣工的宅邸里。杰斐遜說，他們生活得就像“教堂里的兩只老鼠”。

他任職初期備感孤獨(dú)。他的同伴遲遲未能聚集到他身邊。在總統(tǒng)府安頓下來時(shí)，他說：“我還感覺不知所措?！闭材匪埂湹线d和艾伯特·加勒廷尚未定居首都。加勒廷一家抵達(dá)時(shí)，他們收到了一份杰斐遜發(fā)來的全員邀請(qǐng)函，他請(qǐng)他們每天在一起用餐。他說，那將是“真正的承情”。不過，杰斐遜失望了，因?yàn)榧永胀⒎驄D決定搬到離總統(tǒng)府更遠(yuǎn)的地方。月，加勒廷寫信告訴杰斐遜，“這座城市有礙健康，我的家人也有同感，因此他們十分急切地想搬到國(guó)會(huì)山居住?！辈贿^財(cái)政部部長(zhǎng)很快讓杰斐遜寬了心，因?yàn)樗麜?huì)住在附近，“以前騎馬20分鐘的距離要被10分鐘的替代了”。

與他許多官員和議員們不同，杰斐遜喜歡這座首都新城?！拔覀冇X得這里是一處宜人的鄉(xiāng)間居所，”他寫道，“上流社會(huì)，且交往適度，沒有噪聲、暑熱、惡臭的困擾，也不受附近新建鎮(zhèn)子忙亂熙攘生活的影響。”

創(chuàng)建美國(guó)嶄新的未來必須糾正過去聯(lián)邦黨執(zhí)政時(shí)期的過激行動(dòng)。杰斐遜簽署赦免令，釋放了一些因《懲治叛亂法》而獲罪的出版商人。其中，他的老盟友詹姆斯·湯姆森·卡倫德被定罪、罰款并入獄，他的案子是杰斐遜本人最關(guān)切的?？▊惖碌纳饷饬詈炇鹩?801年3月16日星期一。

卡倫德有三個(gè)孩子要撫養(yǎng)，想讓政府歸還當(dāng)初200美元的罰款。但罰款遲遲未還，1801年4月12日星期日，卡倫德因仍不見動(dòng)靜的罰款問題“大失所望”，感情“受到傷害”。他說：“我現(xiàn)在開始明白什么是忘恩負(fù)義了?！?/p>

斐遜希望他的人民時(shí)刻意識(shí)到如今是共和黨當(dāng)政時(shí)期。101年3月20日星期五，他讓艾伯特·加勒廷對(duì)聯(lián)邦黨人羅伯特·古德洛·哈珀寫的一封對(duì)華盛頓—亞當(dāng)斯當(dāng)政時(shí)期歌功頌德的通函予以回應(yīng)。杰斐遜說，通函中描述“虛假浮夸”，因此“有必要展示一下獎(jiǎng)?wù)碌牧硪幻妗?。出于極度謹(jǐn)慎，杰斐遜沒有在附函上署名。

居于幕后指揮共和黨發(fā)表文章對(duì)于杰斐遜來說已不是什么新鮮事了。這件事同時(shí)也暴露出，從執(zhí)政開始，他轉(zhuǎn)而向加勒廷尋求協(xié)助。自1800年起，杰斐遜過去幾年一直器重倚賴的卡倫德已經(jīng)不再受青睞了。