從宮中出來，袁世凱在宮門口正好撞見他的恩師榮祿。榮祿問他：“這么晚了，慰亭來宮中作甚？”這時，袁世凱的萬人軍隊正停留在皇城之外，選擇光緒還是選擇慈禧就在一念之間。如果在金鑾殿上，袁世凱還在猶豫不決，見到榮祿之后，他的立場就已經(jīng)明確了，在榮祿的追問下，袁世凱告知了事情的始末。9月，慈禧發(fā)動政變，囚禁光緒，康有為、梁啟超只能逃到國外，以譚嗣同為首的“戊戌六君子”慘遭殺害，持續(xù)了三個多月的維新變法運動宣告失敗。

值得一提的是，在這件事情上，袁世凱并非后人想象的那么冷酷無情。戊戌六君子被殺后，他曾在給徐世昌的家書中寫道：“此非弟賣主求榮，實緣榮祿是余恩師，遂使忠君之心，而被天良所戰(zhàn)勝，斷送六君子之命，弟之過也……若然拘囚太后，后世又將責弟助君為不孝也?！?/p>

從他給徐世昌的家書中我們看到，袁世凱其實是處于兩難的境地，對于戊戌六君子的被害，他也親口承認是自己的過錯。

因為幫助了慈禧，袁世凱得到了朝廷很高的待遇，他的仕途也越來越順利。1899年，山東義和團起義，義和團打著忠君愛國的旗號，焚毀教堂，殺死洋人，當時山東屬于德國的勢力范圍，義和團的興起讓德國頭痛不已。起初，慈禧因義和團殺洋人滅洋人，感到心中大快，對義和團沒有進行強有力的鎮(zhèn)壓。袁世凱任職山東巡撫后，發(fā)現(xiàn)這樣一來就激化了中國和德國之間的矛盾。為了盡快平息與德國的矛盾，袁世凱對義和團進行了鎮(zhèn)壓。

但另一方面，袁世凱也不是完全維護洋教徒。他以保護的名義把西方教會集中起來，實際上是加強對其監(jiān)管，防止其在中國再生事端。這個做法盡管引起了駐扎在山東的外國使臣的不滿，袁世凱卻仍舊強制執(zhí)行。慢慢地，在袁世凱的治理下，山東出現(xiàn)了一段相對穩(wěn)定的局面。

可以說，在處理山東復雜局勢上，袁世凱做得相當圓滑。一方面，他通過鎮(zhèn)壓義和團運動維護了清廷與各國之間的關(guān)系，另一方面，他以保護的名義限制了洋教徒在山東的行動，在一定程度上減少了教案的發(fā)生。

義和團在山東的活動被限制，他們轉(zhuǎn)而攻入直隸，直逼京城。義和團隨后殺入天津、北京，這反而給袁世凱帶來了極大的機會。義和團所到之處必切斷當?shù)厮须娋€，這樣一來，南方各省與逃至西安的慈禧之間的聯(lián)系就被切斷，各省只能通過袁世凱這個“中轉(zhuǎn)站”向朝廷匯報政務，朝廷也只能通過袁世凱向南方各省下達命令。這個時期，袁世凱利用各省與中央政府通訊不便的時機，將山東的補給餉銀送到西安，解決了朝廷官僚們的燃眉之急，不僅得到了慈禧的感激和贊賞，連袁的反對派也對他連連稱贊，一時間，清朝廷形成了一邊倒支持袁世凱的局面。

袁世凱在山東的出色表現(xiàn)使他進一步得到了朝廷的提拔。1901年，李鴻章彌留之際，極力舉薦袁世凱接任自己北洋大臣兼直隸總督的職務，與其他各省不同，直隸省緊鄰北京，其地位比任何一省的總督都高，幾乎等于“一人之下，萬人之上”的位置。擔任直隸總督期間，袁世凱“一手拿金子，一手拿銀子”，他的身邊聚集了一大批甘心為其奔走的人才，被袁世凱賄賂過的人上到慈禧太后王宮貴胄，下到普通官員宮女太監(jiān)。袁世凱也因此備受后人詬病。

袁世凱善于用人，更善于收買人。他通過威逼利誘等手段，苦心經(jīng)營著自己的關(guān)系網(wǎng)。擔任直隸總督期間，袁世凱也曾遭到過反對者的彈劾。但是，上到慈禧下到太監(jiān)都被袁世凱收買，在這樣的情況下，反對者彈劾袁世凱實在是螳臂當車，毫無作用。

袁世凱把持朝政多年，直到光緒、慈禧相繼去世，幼帝溥儀即位，一直對袁世凱心懷不滿的攝政王載灃才下令革除了袁世凱的職位。1908年，袁世凱回到了河南老家靜養(yǎng)休憩，等待再次出山的時機。