克林頓就職時(shí)受到了兩件意外窘事的影響，給他最初階段的總統(tǒng)工作蒙上了陰影。早在權(quán)力交接階段，克林頓便宣布打算任命一名女性為司法部長這個(gè)內(nèi)閣中的關(guān)鍵職位之一。不過，他不得不放棄了第一次提名的人選，因?yàn)槭聦?shí)證明她不僅雇用了兩個(gè)非法居留的外國人料理家務(wù)，而且沒有為他們繳納社會(huì)安全稅。直到1993年2月的第二周，克林頓才最終提名后來順利獲任的人選：珍妮特·里諾（Janet Reno）。此外，克林頓宣布將兌現(xiàn)另一個(gè)宣傳力度較低的競選承諾：要求軍隊(duì)廢除禁止同性戀服役的政策。這個(gè)決定遭到了持續(xù)的密集抗議，克林頓被迫收回成命，179允許軍方開除公開的同性戀者，但同時(shí)指示軍方在征兵時(shí)不要詢問應(yīng)征者的性取向。

百日之期向來被視為檢驗(yàn)新總統(tǒng)是否順利適應(yīng)了他的本職工作的標(biāo)尺。但克林頓在就職百日期滿之時(shí)，能出麻煩的地方悉數(shù)出了麻煩。一項(xiàng)對(duì)克林頓的立法計(jì)劃至關(guān)重要的經(jīng)濟(jì)刺激法案未獲國會(huì)通過，媒體上更充斥著關(guān)于克林頓政府各種失誤的報(bào)道，這些失誤有的確有其事，有的則是無中生有。其中有報(bào)道稱，由于一名好萊塢美發(fā)師在“空軍一號(hào)”上給克林頓理發(fā)，洛杉磯國際機(jī)場的大量航班被迫延誤。到1993年6月時(shí)，克林頓的支持率已從最初的58%下滑了20個(gè)百分點(diǎn)。

就在政界開始看空克林頓時(shí)，他卻顯示出了強(qiáng)大的自我糾錯(cuò)能力，而這向來是他的顯著特征。克林頓先是將大量深諳華盛頓游戲規(guī)則的專業(yè)人士招致麾下，充實(shí)白宮工作班子，而此前的白宮主要由來自阿肯色州和競選時(shí)的那些助手把持。他同時(shí)也開始充分發(fā)揮自己的政治技巧和演講技巧。到1993年年底，克林頓不僅贏得了一份來之不易的預(yù)算協(xié)議，還向參眾兩院聯(lián)席會(huì)議發(fā)表了一份令人驚艷的演說，闡述他對(duì)醫(yī)療保險(xiǎn)體制進(jìn)行改革的設(shè)想。在他的斡旋之下，里程碑式的北美自由貿(mào)易協(xié)定（North American Free Trade Agreement, NAFTA）順利通過；他還在白宮南草坪主持了以色列總理伊扎克·拉賓（Yitzhak Rabin）與巴勒斯坦解放組織主席亞西爾·阿拉法特（Yasir Arafat）簽署和平協(xié)定的儀式。