抗戰(zhàn)爆發(fā)后，南開大學(xué)被日軍炸毀，鑒于南開大學(xué)在國人心目中的地位和分量，蔣介石承諾“有中國即有南開”。后經(jīng)國民政府教育部籌劃，南開大學(xué)得以和北京大學(xué)、清華大學(xué)三校聯(lián)合，先南遷湖南長沙，組成長沙臨時(shí)大學(xué)，由北大、清華、南開三校校長任常務(wù)委員，全權(quán)負(fù)責(zé)臨時(shí)大學(xué)的籌建和開學(xué)等具體事宜。南開大學(xué)作為一所私立學(xué)校，竟然得到政府如此看重，能夠和北大、清華這樣的頂尖學(xué)府合并，也足以證明南開教育的巨大成就。

在長沙，因?yàn)閼?zhàn)時(shí)條件所限，臨時(shí)大學(xué)住宿條件相當(dāng)艱苦，學(xué)生住在木質(zhì)建筑中，晚上一律要睡在地板上，一旦下起雨來，木屋四處漏水，為免受雨淋，學(xué)生們只好在被子上蒙油布，在枕頭旁支雨傘。北大校長蔣夢麟獲知此事，甚為不滿，認(rèn)為這種環(huán)境對(duì)學(xué)生的身心健康非常不利，不宜居住。而張伯苓經(jīng)歷過私立辦學(xué)的重重考驗(yàn)，養(yǎng)成了艱苦奮斗、愈挫愈勇的精神品格，在他看來，惡劣的生存環(huán)境更能磨煉學(xué)生不屈不撓的精神意志。況且國難當(dāng)頭之際，學(xué)、物力維艱，在政府的關(guān)照下，學(xué)生能維持學(xué)業(yè)，有棲身之處，已屬不易，又怎能另作他想？顯然，雖置身于戰(zhàn)時(shí)組成的聯(lián)合大學(xué)，但執(zhí)著于教育的張伯苓仍想把南開愈挫愈勇、奮斗不息的精神帶進(jìn)臨時(shí)大學(xué)。張伯苓興學(xué)一生，最終是為了實(shí)現(xiàn)自己“痛矯時(shí)弊，育才救國”的興學(xué)宗旨。在南開，張伯苓針對(duì)國民“愚、弱、貧、散、私”五病，提出只有培養(yǎng)學(xué)生愛國愛群的公德和服務(wù)社會(huì)的能力，方能振興中華的教育思想，并以“允公允能，日新月異”作為南開大學(xué)的校訓(xùn)，受此教育理念的影響，南開師生都有一種頑強(qiáng)奮斗、克難奮進(jìn)的不屈精神，而這點(diǎn)又恰為北大、清華所不及。

長沙臨時(shí)大學(xué)開學(xué)不久，日軍攻占南京，長沙戰(zhàn)事吃緊，局勢緊張，臨時(shí)大學(xué)的師生們不得不再次轉(zhuǎn)遷，前往昆明，隨后三校組成西南聯(lián)合大學(xué)，仍由張伯苓、蔣夢麟、梅貽琦擔(dān)任最高常委，總攬聯(lián)大校務(wù)。當(dāng)時(shí)三校在聯(lián)合中有獨(dú)立，除涉及聯(lián)大的共同校務(wù)外，其他如教師聘用、辦事處和研究機(jī)構(gòu)的設(shè)置上各校又相對(duì)獨(dú)立。鑒于這種情況，張伯苓深知若三位校長都去負(fù)責(zé)學(xué)校管理工作，很可能相互掣肘，造成矛盾，導(dǎo)致管理混亂，因而大度的張伯苓決定將自己的管理職權(quán)全權(quán)委托給蔣夢麟、梅貽琦二位校長，自己則專心于重慶南開中學(xué)的建設(shè)和管理，讓南開精神在祖國的西南腹地生根發(fā)芽。

南開并入西南聯(lián)大，并不因自身的私立性質(zhì)而相形見絀，相反，南開的優(yōu)良學(xué)風(fēng)、師生團(tuán)結(jié)合作的精神、高水平的教學(xué)質(zhì)量以及才識(shí)過人的教師隊(duì)伍讓北大、清華的師生們刮目相看。這歸功于當(dāng)年在創(chuàng)辦南開大學(xué)期間，張伯苓知人善任，以誠感人，雖付給教師的薪水無法和清華、北大這樣的國立頂尖大學(xué)相比，但憑著自己的一腔熱誠和個(gè)人魅力，也聚集了一大批學(xué)識(shí)淵博的著名學(xué)者。西南聯(lián)大成立后，南開教授楊石先、黃鈺生、丁佶、陳克忠、姜立夫等人都成為西南聯(lián)大各院系獨(dú)當(dāng)一面的中堅(jiān)力量。

在西南聯(lián)大的三所大學(xué)中，南開大學(xué)雖然在辦學(xué)規(guī)模上遠(yuǎn)不及清華和北大，但在國內(nèi)外聲譽(yù)卓著，與北京大學(xué)和清華大學(xué)各有千秋。在西南聯(lián)大中，南開大學(xué)走的是“實(shí)業(yè)興學(xué)”路線，當(dāng)年張伯苓毅然決定南開學(xué)校走私立辦學(xué)之路，其目的就在于盡可能免受時(shí)政的束縛和干涉，在文化精神上保持大學(xué)的“特立”與“自立”，而北大崇尚“學(xué)術(shù)”與“自由”的風(fēng)氣，清華的“通才教育”理念也給了張伯苓諸多啟示，三校聯(lián)辦雖是戰(zhàn)爭所致的無奈之舉，但也無意中給三校提供了取長補(bǔ)短的絕佳機(jī)會(huì)?？梢哉f，八年的聯(lián)大歲月，讓張伯苓有了更為開闊的教育視野，也讓他逐漸認(rèn)識(shí)到人文精神涵養(yǎng)的重要性，南開復(fù)校后，張伯苓的首要事項(xiàng)就是在南開增設(shè)中國文學(xué)系。