錢玄同和黃侃師出同門，黃侃被稱為“章門天王”，錢則被稱為“章門南王”，章太炎在其《自撰年譜》“宣統(tǒng)二年條”中說：“弟子成就者，蘄黃侃季剛，歸安錢夏季中，海鹽朱希祖逖先?！秉S侃反對(duì)白話，戲呼錢玄同為“錢二瘋子”，有詩戲之曰：“芳湖聯(lián)蜀黨，浙派起錢瘋?！?/p>

錢玄同寫給兒子錢三強(qiáng)的條幅1932年，章太炎在北京講學(xué)，錢玄同對(duì)老師畢恭畢敬，親自擔(dān)任翻譯，因?yàn)檎碌恼憬?，很多北方同學(xué)聽不懂。一次，錢、黃二人在章太炎住處的客廳里相遇，與在座客人一起等候老師出來，黃侃忽呼錢玄同曰：“二瘋！”錢玄同聞之不悅。黃侃繼續(xù)說道：“二瘋！你來前！我告你！你可憐?。∠壬瞾砹?，你近來怎么不把音韻學(xué)的書好好地讀，要弄什么注音字母、白話文?！眱扇擞谑菭?zhēng)辯起來，最后錢玄同大怒之下，拍案厲聲曰：“我就是要弄注音字母！要弄白話文！混賬！”于是雙方吵了起來。章太炎聞聲，連忙出來排解，哈哈地笑著說：“你們還吵什么注音字母、白話文，快要念‘アイウエオ’了?。　?/p>

又在《致潘景鄭書》中寫道：“季剛兄作古，聞之心痛。弟與季剛自己酉年訂交，至今已廿有六載。平日因性情不合，時(shí)有違言。唯民國(guó)四五年間商量音韻，最為契合。廿一年之春于余杭師座中一言不合，竟至斗口。豈期此別竟成永訣。尤今思之，吾同門中精于小學(xué)文辭如季剛者有幾人耶？”由此可見，錢、黃二人，雖因“性情不合，時(shí)有違言”，但錢對(duì)黃還是心懷敬重的。

當(dāng)外在的壓力消失，個(gè)人也跨過激昂漸漸冷靜成熟，不惑之年的錢玄同曾說自己從前種種過激的言論“十之八九都成懺悔之資料”。1919年后，錢玄同決意退回書齋，專攻語言文字研究。錢玄同編著的《文字學(xué)音篇》是我國(guó)高等院校漢語音韻學(xué)課程最早的一部教材，但錢玄同對(duì)這部教材不甚滿意，說其“百孔千瘡”、“多一個(gè)人看見，就使我心中加一分難受”，常說要修改，不愿公開出版。但該書的影響實(shí)在太大，不僅北大校內(nèi)，校外也有很多人來買，所以一版再版。1921年這部講義重印時(shí)，錢玄同在《文字學(xué)音篇·再版序》里自己列出了該書的六條不足。

錢玄同在北大主講文字學(xué)時(shí)，上課從來不帶書本，除粉筆之外，身無長(zhǎng)物，口講指畫，滔滔不絕。一個(gè)字的含義，往往要解釋好幾個(gè)小時(shí)，隨口引證《說文解字》、《爾雅》，原原本本，絕無差錯(cuò)。

錢玄同生性狂狷，治學(xué)不守“家法”。作為古文派大師章太炎的入室弟子，錢玄同有非常高的古文經(jīng)學(xué)造詣，然而后來他又拜今文經(jīng)學(xué)大師崔適為師，并自稱“乃始專宗今文”。但據(jù)實(shí)來說，對(duì)于古文和今文，錢玄同都是“離經(jīng)叛道”之徒。章太炎就曾因?yàn)殄X玄同學(xué)習(xí)今文經(jīng)學(xué)和提倡白話，戲稱錢“畔師”。20年代初，錢玄同和大學(xué)剛畢業(yè)的顧頡剛討論今古文，以《聊齋志異》上的故事舉例，說明他們這一代學(xué)人治學(xué)應(yīng)該有的態(tài)度。書生桑生先后接納了兩名女子，這兩個(gè)不安分的女人，老是互相攻擊，一個(gè)說對(duì)方是鬼，一個(gè)說對(duì)方是狐，桑生起初以為她們只是妒忌，說著玩玩，經(jīng)過一段時(shí)間的考驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)她們果然是鬼是狐，事實(shí)證明兩個(gè)女人說得都對(duì)。這個(gè)故事正好可以用來面對(duì)今古文之爭(zhēng)。今文學(xué)家說古文經(jīng)過劉歆偽造，說的是對(duì)的；古文學(xué)家說今文不符合孔子的意思，也是對(duì)的。因此，現(xiàn)代學(xué)人今天要做的事情，就是用古文學(xué)家的觀點(diǎn)來批評(píng)今文學(xué)家，用今文學(xué)家的觀點(diǎn)來批評(píng)古文學(xué)家，從相互指責(zé)之中，把各自的假面目戳破。