雖然多年后錢家兄弟在回憶父親的文章中說“他和我們的母親雖是舊式婚姻，但家庭生活一直很和諧”，但據(jù)當(dāng)時人的記述，錢玄同和妻子之間似乎并無太深的感情，不過妻子生病，錢玄同卻盡心照顧，對于朋友因其妻體弱，勸其納妾的建議更是堅(jiān)不采納，黎錦熙說：“他的太太于民十三就大病，經(jīng)過幾次危險，直至現(xiàn)在尚未復(fù)元。錢先生盡力醫(yī)藥，‘大世兄’親自服侍，十年如一日……有些朋友勸他納妾，因?yàn)槟菚r候法律上并無明文禁止，在他家庭環(huán)境之下又是能許可的，但他拒絕說：‘《新青年》主張一夫一妻，豈有自己打自己嘴巴之理？’他向不作狎邪游，說如此便對學(xué)生不起。他一輩子沒有交過女朋友，說他自己最不喜看電影，難于奉陪，又不慣替人家拿外套……有時報告我：‘今天我又掉了車輪子’（“脫輻”二字之白話翻譯也，因?yàn)樗袝r回家和太太言語別扭）?！?/p>

趙元任夫人楊步偉在《雜憶趙家》中則記述自己一日在診所內(nèi)休息，“錢玄同來了，看樣子很急，可是結(jié)結(jié)巴巴地說不出所以然來，在房內(nèi)走來走去的半天，才對我們說他的太太要死了。我問是什么?。空堘t(yī)生看了沒有？他說婦人病不肯看，我笑了說休息休息也許會好，錢一定說不會好的，他又說和他太太很早結(jié)婚雖無感情，可是多年在一道的伴侶了，大家都笑他，黎錦熙說你就殉葬好了”。

錢玄同曾說：“三綱像三條麻繩，纏在我們的頭上，祖纏父，父纏子，子纏孫，一代代纏下去，纏了兩千年。新文化運(yùn)動起，大呼解放，解放這頭上纏的三條麻繩。我們以后絕對不許再把這三條麻繩纏在孩子們頭上！可是我們自己頭上的麻繩不要解下來，至少新文化運(yùn)動者不要解下來，再至少我自己就永遠(yuǎn)不會解下來。為什么呢？我若解了下來，反對新文化維持舊禮教的人，就要說我們之所以大呼解放，為的是自私自利，如果借著提倡新文化來自私自利，新文化還有什么信用？還有什么效力？還有什么價值？所以我自己拼著犧牲，只救青年，只救孩子！”這和魯迅所說的“以肩扛住黑暗的閘門，放孩子們到光明的天地里”可謂心有戚戚焉。

也許是因?yàn)閷Πk婚姻的苦處深有體會，錢玄同大力支持長子錢秉雄自由戀愛，多次表示做父母的絕對不干涉。1937年7月15日，他親自發(fā)請柬邀請親朋好友百余人到中山公園來今雨軒，為錢秉雄舉行訂婚儀式。錢玄同即興發(fā)表講話，稱贊自由戀愛是進(jìn)步，并再次大聲呼吁：“反對包辦式的婚姻!”對子對己，兩種不同的態(tài)度和選擇，看似矛盾，但反映出的是錢玄同和那一時代與他同命運(yùn)人的甘于犧牲和嚴(yán)于律己。黎錦熙就曾說：“他（錢玄同）一生安身立命之處，還是‘最大多數(shù)的最大幸?！髁x’，墨家的人生觀?！?/p>

對于二兒子錢三強(qiáng)，錢玄同也同樣表現(xiàn)得非常開通。錢三強(qiáng)中學(xué)快畢業(yè)時，有人對錢玄同說；“你是搞語言文字的專家，名氣又大，應(yīng)當(dāng)叫三強(qiáng)接你的班?！卞X玄同笑笑說：“那要看孩子的態(tài)度和興趣哩！”錢玄同對錢三強(qiáng)說：“你將來學(xué)什么，我不包辦代替你的主意，由你自己去選擇。但是一個人應(yīng)當(dāng)有科學(xué)的頭腦，對于一切事物，應(yīng)當(dāng)用自己的理智去分析，研求其真相，判定其是非，然后定改革的措施?！备赣H的一席話讓兒子開始思索。不久，三強(qiáng)開門見山地對父親說：“爸爸，我要學(xué)工！”錢玄同欣然同意。

錢三強(qiáng)先進(jìn)入北大預(yù)科班，后又如愿以償?shù)乜既×饲迦A大學(xué)，攻讀物理，考取公費(fèi)留學(xué)，在巴黎大學(xué)鐳學(xué)研究所居里實(shí)驗(yàn)室從事原子核物理的研究工作，指導(dǎo)老師是獲得1935年諾貝爾化學(xué)獎的居里夫人的女兒和女婿。錢三強(qiáng)學(xué)成歸國后，成為一位著名的原子能專家。