令張國燾更為出乎意料的是，中共中央、中革軍委隨后作出放棄寧夏戰(zhàn)役的決定，提出《作戰(zhàn)新計劃》，決定渡河部隊成立西路軍軍政委員會，陳昌浩任軍政委員會主席，徐向前任副主席。然而，蔣介石在西路軍過河伊始，便指使西北軍閥馬步芳、馬步青等部騎兵對過河紅軍進行“兜剿”。

西路軍面對強敵，尤其面對馬家軍騎兵，在既無后方又無補充、無糧無水的情況下，孤軍奮戰(zhàn)，損失慘重。陳昌浩、徐向前等人于1937年1月上旬兩次致電軍委主席團，請求將第四軍、第三十一軍“歸還建制”，即令四軍和三十一軍過河增援，均被拒絕。

到3月上旬，西路軍的情況已岌岌可危，3月4日，中央書記處致電西路軍，認為西路軍陷入危險境地的主要原因，是由于西路軍領(lǐng)導沒有依靠自己的力量戰(zhàn)勝一切困難，消滅敵人，而是把希望寄托在外力的援助上；與群眾尤其是回民的關(guān)系以及戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)上的錯誤，也是導致失敗的重要原因。認為西路軍領(lǐng)導的這種錯誤，是以前四方面軍另立中央時采取的右傾退卻機會主義的繼續(xù)，建議他們徹底揭發(fā)過去與現(xiàn)在的錯誤，開展自我批評，在政治上軍事上得到徹底轉(zhuǎn)變，以此保證最后的勝利。

此時，張國燾已于1936年12月與朱德率領(lǐng)紅軍總部及紅四方面軍紅軍大學前往陜北保安，與黨中央會合，又隨中央機關(guān)從保安遷到延安。但他密切關(guān)注著西路軍的命運，畢竟西路軍主要由紅四方面軍組成。原想借機在河西為紅四方面軍找一個安身之地的計劃破產(chǎn)已令他十分沮喪，如今西路軍陷入孤立無援中，更令他心急如焚。

西路軍面臨絕境時，中共中央及軍委除在3月4日發(fā)表電令外，在17日的電令中，再次將西路軍的敗局與張國燾擅令四方面軍南下、另立中央的錯誤相提并論，嚴厲譴責西路軍領(lǐng)導人所謂“機會主義路線”與“一貫反中央及軍委指示”的錯誤。

西路軍兵敗不久，清算張國燾路線的斗爭在全黨全軍展開，中央總負責的張聞天、中宣部長何克全（凱豐）親自召集會議、撰寫文章，發(fā)動對“張國燾主義”的批判。

西路軍過河是中共中央、中革軍委的決策與部署，放棄寧夏戰(zhàn)役計劃也是中央的決議，將西路軍孤零零地扔在河西走廊，在惡劣的自然環(huán)境中，與西北軍閥“二馬”的強悍騎兵角逐，失敗是必然的。這是中共中央、中革軍委戰(zhàn)略決策與軍事指揮上的失誤，將這筆賬算到張國燾頭上，令張國燾感到既憤怒又冤屈。對于率紅四方面軍南下另立中央的錯誤，張國燾無可否認，但將西路軍2.18萬人幾乎全軍覆沒的罪責強加到他的頭上，令他無論如何也不能接受。