在這場斗爭中，更為冤屈的是西路軍全體官兵與不曾過河的紅四方面軍的大批干部。到延安后，沒過河的四方面軍干部均進入延安抗日軍政大學學習。在這里，四方面軍的大批干部被整肅。時任四方面軍第四軍軍長的許世友因不滿將張國燾的問題與四方面軍扯在一起，在抗大一隊的批判會上狠狠放了一炮：

“如果說張國燾是逃跑主義，那么中央紅軍從中央蘇區(qū)撤出來，就不是逃跑了？打不過敵人了，換個地方再打，怎么叫逃跑呢？四方面軍撤到川北，部隊不是發(fā)展了嗎？這樣的逃跑，有什么不好！有人說張國燾搞分裂，我不那么看，我就知道有人一夜之間走沒了。怎么跑了的不是搞分裂，沒跑的倒是搞分裂，真讓人想不通"

隨后發(fā)生了以許世友為“主謀”的所謂“抗大反革命暴亂案”，數(shù)十名高級將領(lǐng)被公審判刑；3月下旬中央政治局擴大會議作出《中央政治局關(guān)于張國燾同志錯誤的決議》后，張國燾本人也在于4月6日寫了《關(guān)于我的錯誤》，刊登在《黨的工作》第31期上。

延安會議之后，心灰意冷的張國燾搬出延安城，來到郊區(qū)一處破廟中的石頭窯洞里居住，過起不問世事的隱居生活?！捌咂呤伦儭北l(fā)后，張國燾想為抗日出一份力，因此又萌生出來工作的想法。8月下旬，中共中央洛川會議召開，會議撤銷了張國燾在軍隊中的職務(wù)。由于張國燾表示愿意出來工作，9月6日陜甘寧邊區(qū)政府成立，張國燾被任命為邊區(qū)政府副主席，因主席林伯渠另有職務(wù)無法脫身，張國燾代理主席職務(wù)。

張國燾結(jié)束隱居生活，搬進陜甘寧邊區(qū)政府院中，此時他的妻子楊子烈及9歲的兒子張海威也輾轉(zhuǎn)來到延安，夫妻、父子已經(jīng)分別7年，如今能夠生活在一起，張國燾心中多少感到一些安慰。

張國燾正式出任陜甘寧邊區(qū)政府代主席后，立即制定財政稅收政策，規(guī)定各縣政府與邊區(qū)政府關(guān)系及其工作方針等等，使得財政收入有所增加，工作開展順利，取得了一定成效。但由于與毛澤東等人舊有的裂痕，在一些具體問題上與中央發(fā)生沖突后無法協(xié)調(diào)解決，對毛澤東及其他領(lǐng)導人再次產(chǎn)生怨恨，認為中央企圖使他成為一個掛空名的政府主席。

如此一來，張國燾原有的工作熱情全部消失，將工作交給秘書長，自己做起來掛名政府主席。

就在這時，在西進中失敗后逃回湖北老家的陳昌浩來到延安，立即遭到黨的批判，批判陳昌浩的同時，又將矛頭對準張國燾，稱張國燾之前雖承認錯誤，但不徹底也不誠心，要對張國燾繼續(xù)開展批判斗爭。想到此前中央領(lǐng)導曾表示過去的斗爭已經(jīng)結(jié)束，以后絕不會再舊事重提，如今抗日緊要關(guān)頭，中央?yún)s耗費一周時間對他展開大規(guī)模批判，令他怒不可遏。

此時，張國燾已經(jīng)有了離開延安的打算。