自從陳慶元去世后，其妻張氏悲傷過度，身體一直不好，又遭此驚嚇，在小兒子放回不久便去世了。此后，謝氏用為數(shù)不多的家產(chǎn)養(yǎng)著陳獨(dú)秀的原配夫人及四個兒女，還有陳獨(dú)秀大哥的兩個孩子，日子過得十分艱難。

而陳獨(dú)秀和高君曼的流亡生活也不好過，逃往上海前，陳獨(dú)秀在蕪湖被捕，險(xiǎn)些喪命，所幸皖軍副司令張子剛實(shí)行兵諫，柏文蔚親赴蕪湖相救，陳獨(dú)秀才逃過一劫。到達(dá)上海后，陳獨(dú)秀打算寫一部《新體英文教科書》以糊口，若放在以前，只養(yǎng)活他自己一人，或許不成問題，如今拖家?guī)Э?，四張嘴等著吃飯，陳?dú)秀實(shí)在支撐不了，一家人只能過著饑一頓飽一頓的日子。

好在春天的時(shí)候，汪孟鄒接受陳獨(dú)秀的建議，將蕪湖的科學(xué)圖書社搬到上海，在上海四馬路惠福里籌辦了“亞東圖書館”。陳獨(dú)秀揭不開鍋的時(shí)候，就到亞東圖書館找汪孟鄒聊天，盡管絕口不提借錢，汪孟鄒總能猜到他家中斷炊，會主動拿出一些錢接濟(jì)陳獨(dú)秀一家四口。

但汪孟鄒的亞東圖書館很不景氣，對陳獨(dú)秀的接濟(jì)也很有限。1914年春的一天，汪孟鄒興沖沖來到陳獨(dú)秀的住所，告訴他一個好消息：

“章行嚴(yán)（章士釗，字行嚴(yán)）在日本創(chuàng)辦了一本《甲寅》雜志"

“你是怎么知道的？”陳獨(dú)秀一聽喜出望外。

“王先生告訴我的，他給行嚴(yán)在上海做發(fā)行?！?/p>

“真是太好了！我馬上給行嚴(yán)去信，倘使有著落，我便去日本?！?/p>

由于陳獨(dú)秀編寫的《新體英文教科書》發(fā)行很差，原定的編寫四本，只好編寫完二本作罷，如今正無事可做，生活毫無出路，聽了這個消息，陰沉了很久的臉上終于露出了笑容。

但是，章士釗的回信令陳獨(dú)秀大失所望。首先，章士釗正準(zhǔn)備去歐洲旅行；其次，《甲寅》創(chuàng)刊不久，發(fā)行并不理想，能否辦下去尚是未知數(shù)。陳獨(dú)秀只好等章士釗旅歐回日再作打算。

6月，天開始熱起來，望著兩個嗷嗷待哺的孩子，陳獨(dú)秀心情更加煩躁。7月，陳獨(dú)秀將妻子兒女托付給汪孟鄒照顧，只身前往日本投靠章士釗。章士釗見到陳獨(dú)秀，高興之余不無傷感：

“你來了當(dāng)然好，可只能和我們過窮日子，窮得只有一件汗衫，整日與虱子為伍?！?/p>

“哈哈，沒關(guān)系?！标惇?dú)秀放懷大笑，“餓不死就行"

這是自二次革命失敗后，陳獨(dú)秀第一次如此興奮，在《甲寅》編輯部出入的一班朋友中，陳獨(dú)秀又恢復(fù)了往日無拘無束的快樂。此間，蘇曼殊自國內(nèi)而來，三個老朋友相聚，更是感慨良多。在這里，陳獨(dú)秀第一次見到李大釗，李大釗比陳獨(dú)秀小10歲，當(dāng)時(shí)在早稻田大學(xué)讀政治，已經(jīng)讀了一些馬克思主義的著作，與陳獨(dú)秀在政治觀點(diǎn)上多有探討。

當(dāng)年11月，陳獨(dú)秀首次以“獨(dú)秀”署名，在《甲寅》1卷4號發(fā)表文章《愛國心與自覺心》，曰：“國家國家，示行下法，吾人誠無之不為憂，有之不為喜。吾人非咒罵爾亡，實(shí)不禁以此自覺也?！狈Q辛亥革命之所以失敗，就是“沒有喚起多數(shù)國民之自覺”，在日本留學(xué)生中掀起軒然大波。

然而好景不長，就在陳獨(dú)秀躊躇滿志在《甲寅》雜志不吐不快之時(shí)，1915年春夏之際，接到好友汪孟鄒來信，告知高君曼染上肺疾，咯血不止，陳獨(dú)秀不得不于6月中旬返回上海。