就在陳獨秀在秘書長職位上如魚得水的時候，陳家卻遭遇了塌天大禍。一天，14歲的長子陳延年跑進都督府，找到陳獨秀，氣喘吁吁地告訴他說：

“家里出事了，爺爺病了”

陳獨秀愣了一下。

自從第一次離家東渡日本，陳獨秀對家中事便很少過問。但以前經(jīng)常返家，即使遠在日本也是如此。自從與高君曼離家出走，便再也沒有回過家，直到返回安慶，才回家看望了一下嗣父、嗣母。家中五個子女，除次女夭折外，其他三子一女一直由嗣父、嗣母和發(fā)妻高曉嵐照顧。但如今嗣父在病中，家里能主事的男人只剩了他一個，嗣母只好請他回家商量。

原來，陳衍庶兩年前做的那筆大豆生意，原以為案情早已了結(jié)，不料突然接到英商訴訟狀，要求陳衍庶交還收購大豆的訂金，可訂金早已在合同撤銷之時清還，陳衍庶又氣又急，病情驟然加重。

陳獨秀回到家中，聽完嗣母講述的這些情況，望著病榻上的嗣父，一時無語。

對于嗣父做著清廷的官，陳獨秀一直耿耿于懷，但嗣父畢竟養(yǎng)活了一大家子人。嗣父在東北任上發(fā)財、置辦產(chǎn)業(yè)、建造“陳家大洋房”，讓全家人生活無憂，陳獨秀無話可說。而對嗣父吃官司一事，陳獨秀也并不是很關(guān)心，尤其對做生意打官司這些事他根本一竅不通，面對嗣父、嗣母殷切的目光，他只好無能為力地表示：

“還是父親親自去一趟上

陳衍庶滿指望陳獨秀能夠代勞，沒想到陳獨秀說出這樣一番話，想想也不無道理，失望之余，只好表示：

“好吧，看來也只有我自己去了?！?/p>

陳衍庶拖著病體去上海交涉，查閱當(dāng)年合同后才知道，姚通事欺負(fù)他不懂英文，與英商串通一氣，在退款文件上做了手腳。事已至此，陳衍庶百口莫辯，只好揮淚交出財產(chǎn)契約，一生積蓄毀于一旦，回到安慶，便一頭栽倒在床上，從此大病不起。

為了避免全部家當(dāng)賠光，嗣母謝氏先后幾次赴京，找曾子固求情，后經(jīng)曾子固交涉，總算保下了南水關(guān)兩棟房子和貴池縣賣不掉的300畝薄地。陳家未交夠的部分，由曾子固代繳補齊結(jié)案。好在當(dāng)初陳衍庶未將北京、奉天兩處古玩店做抵押，總算留下一點家產(chǎn)維持生計。

受此打擊，陳衍庶病情迅速惡化，于1913年5月18日病逝。

陳獨秀回家料理嗣父后事，也算盡了孝道。但為了避免別人說他與舊官僚有牽連，影響革命，料理完嗣父后事，他去宗祠辦理了“退繼”手續(xù)。

他以為嗣父不在了，沒有人會在意這個手續(xù)，反正也不會影響他與嗣母的關(guān)系。不料嗣母謝氏很快得知這一消息，立刻將陳獨秀叫回家中，一見面便大哭不止，嘶啞著嗓子喊道：

“你不認(rèn)爹娘了嗎？皇帝也要認(rèn)爹娘的”

陳獨秀只好耐心解釋，可謝氏就是無法理解，她瞪大眼睛，不敢相信站在面前的陳獨秀是她養(yǎng)大、寵大的兒子。

事實上，陳獨秀并沒有受到家庭的“牽連”，反倒是他給這個家?guī)硪粓鰹?zāi)難。

1913年8月末，孫中山為反袁發(fā)動的“二次革命”失敗，袁世凱令心腹倪嗣沖出任安徽督軍，倪嗣沖一上任，便于10月21日通告緝拿陳獨秀。當(dāng)時高君曼剛生下他們的第二個孩子兒子——陳鶴年不久，陳獨秀便攜高君曼及一兒一女逃往上海。不料，走了和尚走不了廟，倪嗣沖抓不到陳獨秀，便派人查抄陳獨秀的家，并抓捕陳獨秀的兒子。

這一天是10月27日，謝氏在前一晚得到消息，立刻吩咐陳獨秀的長子、次子陳延年與陳喬年乘夜色逃走，兩個孩子連夜跑到淥水鄉(xiāng)堂親陳遐文家，這才躲過一劫。第二天搜查的人來到陳家后，搶走陳家?guī)准靛X古玩。由于陳慶元的兒子陳永年與陳喬年同齡，搜查的人認(rèn)定陳永年就是陳獨秀的兒子，無論謝氏怎樣解釋，還是將陳永年帶走了。后來證實陳永年不是陳獨秀的兒子，才同意由保人出面將他保釋回家。