這次從日本歸來(lái)，陳獨(dú)秀做出一個(gè)決定：創(chuàng)辦一份愛(ài)國(guó)進(jìn)步的《青年雜志》，即后來(lái)的《新青年》雜志。陳獨(dú)秀將家搬到法租界嵩山路吉誼里21號(hào)，即與汪孟鄒商量辦刊事宜。汪孟鄒的亞?wèn)|圖書(shū)館此時(shí)已承擔(dān)幾本雜志的發(fā)行，經(jīng)費(fèi)困難，只好與群益書(shū)社聯(lián)系。群益書(shū)社創(chuàng)辦人陳子沛、陳子壽同意合作，但提出每月一期，只能付200元編輯費(fèi)與稿費(fèi)。

“由于是新刊，不知銷路如何，我們只能試著來(lái)?！?/p>

陳子沛表示，言外之意只能開(kāi)出這個(gè)報(bào)酬。汪孟鄒知道陳獨(dú)秀一家四口生活無(wú)著，這筆錢(qián)雖然不多，但可以養(yǎng)家糊口，何況新辦刊物確實(shí)風(fēng)險(xiǎn)很大，便與陳獨(dú)秀商量接受了這個(gè)條件。

1915年9月15日，由陳獨(dú)秀主撰的《青年雜志》創(chuàng)刊號(hào)問(wèn)世。陳獨(dú)秀在創(chuàng)刊號(hào)發(fā)刊詞《敬告青年》中寫(xiě)道：“國(guó)人而欲脫蒙昧?xí)r代，羞為淺化之民也，則急起直追，當(dāng)以科學(xué)與人權(quán)并重。”首次在中國(guó)舉起民主與科學(xué)之旗幟，成為反封建新文化運(yùn)動(dòng)的開(kāi)端。

《青年雜志》創(chuàng)刊后，汪孟鄒即向陳獨(dú)秀推薦他在紐約哥倫比亞大學(xué)學(xué)哲學(xué)的老鄉(xiāng)胡適，隨即向胡適寄刊并約稿。1916年2月，陳獨(dú)秀第一次接到胡適的來(lái)信，對(duì)胡適提出的改造舊文學(xué)的意見(jiàn)極其贊成，李大釗也從日本寄來(lái)了充滿革命者活力的《青春》一文。在這些進(jìn)步青年的支持下，《青年雜志》旗幟鮮明地為新文化運(yùn)動(dòng)吹響了進(jìn)軍的號(hào)角。

1916年9月，《青年雜志》第二卷起更名為《新青年》，月刊。9月20日，康有為在《時(shí)報(bào)》發(fā)表致總統(tǒng)總理書(shū)，提議將孔教定為國(guó)教，編入憲法。對(duì)此，陳獨(dú)秀激憤萬(wàn)分，在《新青年》接連發(fā)表《駁康有為致總統(tǒng)總理書(shū)》、《憲法與孔教》、《袁世凱復(fù)活》、《孔子之道與現(xiàn)代生活》及《再論孔教問(wèn)題》，猛烈抨擊封建禮教，一石激起千層浪，陳獨(dú)秀也因此聲名大噪。

隨著《新青年》發(fā)行量的擴(kuò)大，陳獨(dú)秀與汪孟鄒及陳氏兄弟商量將群益書(shū)社和亞?wèn)|圖書(shū)館合并，成立書(shū)局，為招股籌資，陳獨(dú)秀與汪孟鄒于11月28日來(lái)到北京，住進(jìn)前門(mén)中西旅館64號(hào)。令陳獨(dú)秀意想不到的是，在琉璃廠附近，他竟然與當(dāng)年同任教于杭州陸小的沈尹默偶然相遇。

故人相逢，親熱異常。此時(shí)沈尹默在北大任文科教授，回校后便找到北京醫(yī)專校長(zhǎng)湯爾和，請(qǐng)他向其摯友北大校長(zhǎng)蔡元培推薦陳獨(dú)秀；他自己也隨后為此專程拜訪蔡元培。蔡元培翻看了《新青年》，當(dāng)即決定聘用陳獨(dú)秀為文科學(xué)長(zhǎng)。但當(dāng)沈尹默將這個(gè)消息告訴陳獨(dú)秀的時(shí)候，陳獨(dú)秀卻有些猶豫，這主要因?yàn)樗麚?dān)心影響《新青年》的編輯出版。

12月26日上午，陳獨(dú)秀剛剛起床，一出門(mén)便看到年近50歲的蔡元培等候在門(mén)前。蔡元培親自登門(mén)，禮賢下士，令陳獨(dú)秀十分感動(dòng)，趕緊將蔡元培迎進(jìn)屋里。蔡元培開(kāi)門(mén)見(jiàn)山地說(shuō)：

“我剛到北大任校長(zhǎng)，急需一批學(xué)者名流，幫助改造北大學(xué)風(fēng)，推進(jìn)學(xué)術(shù)研究，你可愿到北大任文科學(xué)長(zhǎng)（相當(dāng)于現(xiàn)在系主任）？”

“我沒(méi)有學(xué)位頭銜，也從沒(méi)到名校任過(guò)教，更別提任教授，怕是資格不夠?！标惇?dú)秀直言不諱。

“哪里，憑你這些思想就足夠了?！辈淘嘀钢郎系摹缎虑嗄辍冯s志說(shuō)。

其實(shí)，陳獨(dú)秀對(duì)北大這樣的名校是非常向往的，何況他辦《新青年》每月稿費(fèi)、編輯費(fèi)一共只有200元，而北大文科學(xué)長(zhǎng)月薪300元，這對(duì)生活窘迫的陳獨(dú)秀來(lái)說(shuō)極具誘惑力。但考慮到要在上海辦《新青年》，不愿分心做別的，便婉拒道：

“只是，上海我一時(shí)走不開(kāi)。我有個(gè)朋友叫胡適，現(xiàn)在美國(guó)留學(xué)，是哲學(xué)博士，年齡雖比我小，但學(xué)識(shí)很深，他做文科學(xué)長(zhǎng)比我更合適?！?/p>