陳獨秀到杭州后，在杭州陸軍小學(xué)擔(dān)任歷史、地理教師，以維持兩人生計。此間，陳獨秀除與劉季平、馬一涪沈尹默等人詩酒自娛外，也常陪高君曼游覽杭州名勝。這是高君曼嫁給陳獨秀后最甜蜜最平靜的一段日子。

但陳獨秀終究是追求革命的有志青年，不愿被生計以及生活瑣事所羈絆，更不可能長期安于“閉門弄朱弦”的隱居生活，每每想起為國捐軀的吳樾等人，想起遠(yuǎn)他而去的好友章士釗、蘇曼殊等人，心中便會隱隱作痛，為此特作《存歿六絕句》，表達對亡友的哀思，其六寫已故的葛偱叔和在世的蘇曼殊，詩云：

曼殊善畫工虛寫，

偱叔耽玄有異聞。

南國投荒期皓首，

東風(fēng)吹淚落孤墳。

這階段時間，陳獨秀雖沒有什么大的舉措，但一直在探索尋求革命的出路。1911年10月，辛亥革命爆發(fā)，陳獨秀看到了革命成功的希望。安徽宣布獨立后，新任都督孫毓筠邀請陳獨秀出任安徽都督府秘書長。陳獨秀欣然受命，于當(dāng)年12月偕高君曼返回安慶，入住宣家花園，隨即走馬上任。

當(dāng)時孫毓筠吸食鴉片，對政事疏于管理，許多工作便落到陳獨秀這個秘書長身上。陳獨秀很珍惜這個機會，決心大干一場，大刀闊斧地革除舊弊，振興皖剩但由于陳獨秀急于求成，又性格耿直脾氣急躁，說話辦事直來直去，在都督府四處樹敵，做得很不順心，后來見孫毓筠也不支持他的工作，憤而辭職，到安徽高等學(xué)校任教務(wù)主任。

然而，陳獨秀在教育上的激進做法，同樣惹得學(xué)校師生不滿，當(dāng)他提出離開學(xué)校時，校長馬其昶竟?jié)M心歡喜，大大松了口氣。

1912年4月，孫毓筠無力左右形勢，將都督之位讓與時在浦口的柏文蔚。柏文蔚6月出任都督，再次敦請陳獨秀出任都督府秘書長。此回與上次不同，柏文蔚對陳獨秀敬重有加，言聽計從。但陳獨秀性格使然，對周圍人仍是直來直往，對柏文蔚也不例外，毫不顧忌對方的感受。

有一回，柏文蔚派的對頭管鵬派一人到都督府，對柏文蔚出言不遜：“今日得以見到柏公，實乃三生有幸，像柏公這樣碌碌無為之將軍，海內(nèi)僅有?！闭f得柏文蔚滿臉通紅，無以反擊。此時陳獨秀正好在場，作為秘書長本應(yīng)替上司解圍，但陳獨秀認(rèn)為說者一語中的，在一旁哈哈大笑，令柏文蔚更加難堪。

回家后，陳獨秀又對高君曼說：

“好一個‘碌碌無為之將軍，海內(nèi)僅有’，真是恰到好處，妙不可言?！?/p>

“話不能這樣說，”高君曼提醒道，“沒有柏文蔚的碌碌無為，哪有你大顯身手的機會?！?/p>

陳獨秀不得不承認(rèn)，高君曼的話不無道理。而且，柏文蔚雖庸庸碌碌，卻也大肚能容。他了解陳獨秀的直率，并不與之計較，因此兩人相處融洽。