孫中山?jīng)Q定在廣州樹起護(hù)法義幟，主要是因?yàn)楦锩h人在那里有著比較深遠(yuǎn)的影響和其他條件。護(hù)法的消息傳來，廣州人民集會(huì)支持。駐粵滇軍師長(zhǎng)張開儒積極贊助護(hù)法運(yùn)動(dòng)。省長(zhǎng)朱慶瀾與盤踞廣東的桂系素有矛盾，希圖引孫中山以自重。西南各省的統(tǒng)治者陸榮廷、唐繼堯等接納孫中山南下護(hù)法，則是因?yàn)樗麄兎磳?duì)段祺瑞“收復(fù)兩廣”、“制服滇黔”的武力統(tǒng)一方針，妄想利用革命的旗號(hào)，達(dá)到擴(kuò)展實(shí)力和地盤的目的。因此，孫中山只能選擇廣東作為護(hù)法運(yùn)動(dòng)的根據(jù)地。他在抵達(dá)廣州后立即開宗明義地闡發(fā)了護(hù)法運(yùn)動(dòng)的宗旨，即“為國(guó)民爭(zhēng)回真共和”。指出“今日變亂，非帝政與民政之爭(zhēng)，非新舊潮流之爭(zhēng)，非南北意見之爭(zhēng)，實(shí)真共和與假共和之爭(zhēng)”。《總理演講新編》，第131~133頁，南京，1930年版。“假共和之禍猶甚于真復(fù)辟”，因?yàn)槌嗦懵愕?ldquo;帝制實(shí)不能與共和競(jìng)爭(zhēng)”?！吨腥A新報(bào)》1917年7月29日。孫中山還建議電請(qǐng)海軍來粵，迅速在穗召開國(guó)會(huì)并邀請(qǐng)被段祺瑞排斥的黎元洪南來執(zhí)行總統(tǒng)職務(wù)。

孫中山面臨的首要任務(wù)，當(dāng)然是建立護(hù)法運(yùn)動(dòng)的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)。在他的積極推動(dòng)下，南下的議員們于8月下旬舉行了國(guó)會(huì)非常會(huì)議(因?yàn)椴蛔惴ǘǖ淖h員人數(shù))。會(huì)議制定了《中華民國(guó)軍政府組織大綱》，規(guī)定軍政府的任務(wù)為戡定叛亂、恢復(fù)臨時(shí)約法；在約法效力未完全恢復(fù)前，中華民國(guó)行政權(quán)由大元帥行使；大元帥對(duì)外代表中華民國(guó)?！秶?guó)會(huì)非常會(huì)議紀(jì)要》，《議決案》，第2~4頁。旋即選舉孫中山為大元帥，唐繼堯、陸榮廷為副元帥。9月10日，孫中山就任大元帥職，表示“當(dāng)竭股肱之力，攘除奸兇，恢復(fù)約法”。《軍政府公告》第1號(hào)。

為使軍政府成為西南各省護(hù)法斗爭(zhēng)的“軍事最高統(tǒng)一機(jī)關(guān)”，孫中山在桂系軍閥的限制和壓抑下展開了積極的活動(dòng)。軍政府的大部分作為，都是對(duì)軍閥頭子抗?fàn)幍慕Y(jié)果。內(nèi)政方面，軍政府爭(zhēng)取到一定的司法權(quán)，得以“興利除弊，察吏安民”。財(cái)政方面，始終極其困難。自軍政府部長(zhǎng)到辦事員，每人月支零用費(fèi)20元。孫中山委托廖仲愷慘淡經(jīng)營(yíng)，愛國(guó)僑胞的百余萬元的捐款起了很大的支撐作用。發(fā)行公債和向外交使團(tuán)、駐粵稅務(wù)司力爭(zhēng)提存鹽稅余款，僅有小補(bǔ)。軍事方面，孫中山極力促進(jìn)各省討伐北洋軍閥，先后派出于右任、林祖涵、何成浚、劉冠三等分赴陜西、湖南、湖北、山東等地，發(fā)動(dòng)和組織軍事斗爭(zhēng)。10月上旬，發(fā)生在衡山、寶慶的南北兩軍的戰(zhàn)斗標(biāo)志著護(hù)法戰(zhàn)爭(zhēng)的開始。孫中山隨即發(fā)布討伐段祺瑞令，指斥他“陽托共和，陰行帝制”，業(yè)已成為“共和之蟊賊，人民之大蠹”，號(hào)召全國(guó)各界奮起“討滅偽政府，還我約法，還我國(guó)會(huì)，還我人民主權(quán)”?！吨腥A新報(bào)》1917年10月12日。實(shí)際斗爭(zhēng)使孫中山迫切感到需要建立一支真正服從革命號(hào)令的武裝力量，他把這樁重任交付給陳炯明。經(jīng)與桂系軍閥頭子反復(fù)交涉，才將朱慶瀾離粵后遺下的省長(zhǎng)親軍20個(gè)營(yíng)改編為援閩粵軍開赴粵東。孫中山苦心孤詣地培植這支部隊(duì)，在財(cái)政極為拮據(jù)的情況下月?lián)苘娰M(fèi)6萬元。經(jīng)過整訓(xùn)，粵軍的質(zhì)量有了明顯的進(jìn)步。