護法軍政府的活動取得了一定的成果，幾個月內(nèi)就有十多個省份卷入了這場捍衛(wèi)共和的斗爭，“如火如荼，一日千里”《張開儒致唐繼堯電》，云南檔案館藏。。但是，西南軍閥——特別是盤踞廣東的桂系卻加強了對孫中山領(lǐng)導的軍政府的干擾、壓制和打擊。陸榮廷、唐繼堯之流完全是“借護法之名，收蠶食鷹攫之效”《章太炎年譜長編》上冊，第580頁。。他們與捍衛(wèi)共和的事業(yè)是背道而馳的。所以，他們從一開始就反對“另設(shè)政府”，說什么“元帥名義，尤滋疑義”。廣東督軍署從內(nèi)政、財政和對外交涉方面極力壓制軍政府，財政限扼尤為狠毒，不僅不予資助，反而竭力攘奪。軍政府千方百計爭取到的鹽稅余款，莫榮新卻強要截取，“經(jīng)人調(diào)和，始指定用途……軍政府經(jīng)費，依然無著”。《總理全集》下冊，《文電》，第130頁。軍事方面的挾制十分嚴重，陰謀使軍政府無“軍”可用。軍政府的募兵人員，屢遭捕殺。對于粵軍的發(fā)展，更是諸多束縛和壓迫。甚至誘捕軍政府陸軍總長張開儒，槍殺了次長崔文藻。此外，還以金錢軟化和收買南下的海軍。1918年初，西南軍閥和政客又組織西南聯(lián)合會議，企圖架空或取代軍政府。奸計未能得逞后，進而脅迫國會非常會議通過《軍政府改組大綱修訂案》，悍然改組軍政府，以合議制取代大元帥制，選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷和岑春煊為政務總裁。不久，又推舉臭名昭彰的官僚政客岑春煊為主席總裁。孫中山遭到排斥，軍政府的民主主義性質(zhì)改變，喪失了捍衛(wèi)共和的作用，淪為桂系軍閥的工具。顯而易見，壓制并最終扼殺軍政府的主要罪魁就是陸榮廷等桂系軍閥頭子。

當然，孫中山同桂系軍閥進行了堅決的斗爭。這種限制與反限制的矛盾，貫穿于孫中山領(lǐng)導的軍政府存在的始終，甚至幾乎激化為武裝沖突。軍政府建立不過兩個月，桂系軍閥的窮兇極惡的行徑迫使孫中山忍無可忍，下令海軍炮擊廣東督軍駐地觀音山，以驅(qū)除陳炳焜。由于程璧光拒絕執(zhí)行命令，對桂系軍閥的懲罰未能實行。孫中山在后來舉行的招待會上申明炮擊督署的用意：“實所以表公道，伸不平，而使軍政府自辟其生路也。”上?！睹駠請蟆?918年1月17日。并指出陳炳焜督粵時尚“謂聽軍政府自生自滅”，而莫榮新取代陳炳焜后，“只許自滅，不許自生”。對于軍政府的改組，孫中山認為是關(guān)乎軍政府的極為嚴重的“存亡問題”。斷言“軍政府基礎(chǔ)已搖，日后必無進步可言”。表示“根本反對，即于改組后有欲以為總裁者，亦決不就之”。邵元沖：《總理護法實錄》，載《建國月刊》第1卷第3期。當國會非常會議在軍警包圍下于1918年5月4日通過《軍政府改組修正案審查報告》后，孫中山立即向國會辭去大元帥職并發(fā)表通電，追述了護法運動的短促過程，痛切地指出發(fā)人深省的事實：“顧吾國之大患，莫大于武人之爭雄。南與北如一丘之貉。雖號稱護法之省，亦莫肯俯首法律及民意之下。”表示“仍愿以匹夫有責之身，立于個人地位，以盡其扶助民國之天職”。原件，云南檔案館藏。下旬，孫中山離開廣州。第一次護法運動至此告終。軍政府雖然還存在了兩年多，而孫中山也曾為免使“岑、陸等一致主和”而派遣徐謙為自己的代表，但軍政府已為岑春煊、陸榮廷等所把持，“假護法之名，行害民之實”。1919年8月，孫中山堅決辭去總裁職務：“決不與之共飾護法之名，同當誤國之罪。”原件，云南檔案館藏。

迫于形勢，孫中山離穗赴滬。