北師大雖然在行政上建立了校長教務長的聯(lián)席會，但只是拿一些瑣碎具體事在會上談論，而且會前大都沒有準備，與會者在會上隨便聊幾句就走過場。學校的核心或中心工作一般不拿到聯(lián)席會上討論，而由黨委會去決定。1953年3月聯(lián)席會有一次開會討論一般性的教學計劃，預定下午兩點開會，上午十一時半身為副校長的何錫麟才去找陳垣和副教務長林傳鼎商量，下午兩點前告知另外一位副教務長祁開智。由此也可見出，在這樣天生隔閡、保密至上的組織體制下，黨員校長對非黨校長、教務長的漠視和應付是習慣使然的。

1953年4月上旬市高校黨委統(tǒng)戰(zhàn)部來人調查，記錄這樣幾件小事。何錫麟有一次曾拿一個計劃草案交給校辦公室金永齡，金問：“陳校長看過沒有，有什么意見？”何說：“他提不出什么意見來?！边M步群眾劉逎和反映，有時陳垣在辦公室里轉圈，說：“你說我應該干些什么呢？”“老了，做不了什么事?！庇幸淮握f：“年輕人（指何錫麟）那么能干，偏偏身體不好。我這老頭子沒有能力，身體反而那么好?！眲⑥澓瓦€驗證了校內傳言甚久的“牌位說”，說陳校長“過去是傀儡，今天是牌位”。

有一次某系學生慕名來辦公室請陳垣校長題字，陳高興地答應了，親自擬好題詞的內容，多是鼓勵性的簡單言辭，思慮再三，最后還得請何錫麟看看題詞妥當不妥當才提筆揮就。（見1953年4月20日高校黨委統(tǒng)戰(zhàn)部《各校上層統(tǒng)戰(zhàn)工作情況》）

在北京高校中，非黨校長不受重視而被忽略，是左傾政策推行后必然帶來的一種工作常態(tài)。陳垣的境遇并不是偶然的個例，也不是北師大獨有的現象。譬如在財經學院，所有需院長簽字的材料如黨委書記秦穆陽沒看過，非黨副院長陳岱孫就不肯簽字，因為他知道簽字大多是無效的。許多情況陳岱孫不了解，有些會議的內容到開會時才知曉，因此黨員副院長羅青不到場就根本開不了會，如羅青中間因故退席陳岱孫就無法繼續(xù)主持。

皮科教授胡傳揆是公認的向黨積極靠攏的著名非黨派人物，他在市委里頗獲好感，因此獲任北京醫(yī)學院院長一職。但高興一段時日后，胡院長就頻頻感到難堪，衛(wèi)生部的領導有事常常直接找北京醫(yī)學院黨員副院長馬加，很少找他商量要事。有時馬加同意了就直接做了，胡傳揆還不知情。因此胡消沉地表態(tài)：“我這院長應當怎么當，不知道？還不如回皮科去?！备猩跽?，有時馬加有意把一些棘手的事如藥學系要并入旁系，交給胡傳揆去處理，結果讓胡碰釘子，掃興而歸，威信大跌。

在校長位置上，享受無上的政治榮耀和光環(huán)，但實際上又長期處于權力的真空地帶，為人擺設，看人眼色，陳垣的滋味一定是百感交集，難以名狀的。在20世紀五六十年代起伏不斷的思想運動之中，陳垣在大小會上說了不少擁護式配合式的即令話、應景話，已經難得聽到他脫口而出的內心言語。1955年初，有一回聽說李四光、華羅庚在中國科學院會上遭人批判而流淚，陳垣極為少見地大發(fā)脾氣：“如果把我像他們那樣在臺上被斗，我可不干……”這種激烈的表態(tài)，對于陳垣來說，只能落在口上，只是一時苦悶的發(fā)泄，也是自衛(wèi)性質的表露。