北大副校長、哲學(xué)家湯用彤1954年11月13日晚中風(fēng)病危，在11月16日市高校黨委動態(tài)簡報中，列舉北大黨政領(lǐng)導(dǎo)前往醫(yī)院探視的名單，竟把馬寅初歸入“向達(dá)、鄭昕等教授”之列。這可以視為工作人員的一點(diǎn)筆誤、失誤，但多少也從側(cè)面反映了馬寅初的校長位置多年被漠視、冷遇的狀態(tài)。

1954年5月，北京市高校黨委會也認(rèn)為北大“黨的領(lǐng)導(dǎo)核心不健全，黨政關(guān)系不密切，黨委也未主動了解行政意圖，配合行政進(jìn)行工作”。說及原因，是因為北大黨委“片面地強(qiáng)調(diào)行政方面水平低，小資思想濃厚，對他們指責(zé)多，幫助少，缺乏支持”。（見1954年《關(guān)于北大召開黨代會準(zhǔn)備情況的報告》）

高校黨委借此批評一些黨員校長習(xí)慣于個人決定問題，覺得“自己決定出不了大錯”、“集體領(lǐng)導(dǎo)麻煩”。結(jié)果就是出現(xiàn)這樣一個景象：“黨委忙得要死，有些負(fù)責(zé)同志忙得身體也垮了，而非黨行政負(fù)責(zé)人卻閑得難受”（市委大學(xué)部1961年回顧幾年來教育工作總結(jié)報告語）。

市里對江隆基的工作方法也是存有一定看法的，但礙于江的老資格身份而有所容忍。在市高校黨委工作報告中，對江的內(nèi)部評論一直不高：“少數(shù)同志背著‘老資格’的包袱，自以為是。北大江隆基副校長自恃在掌握政策、思想意識、工作方法等方面的修養(yǎng)差不多了，不能虛心接受大家的意見，教學(xué)改革進(jìn)展遲緩了，就產(chǎn)生了消極情緒。”市里領(lǐng)導(dǎo)由此形成對北大領(lǐng)導(dǎo)層現(xiàn)狀的看法，這種評價持續(xù)相當(dāng)長的時期：“北大集體領(lǐng)導(dǎo)不健全，黨政關(guān)系不密切，干部及黨員認(rèn)識都不一致，行政、黨委各部門間工作中配合不夠，學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)上的決定無法深入貫徹，致使教學(xué)工作穩(wěn)步不前，相當(dāng)一部分干部滋長了消極情緒。”（見1954年高校黨委常委會議文件第7號《高等學(xué)校黨員校院長學(xué)習(xí)四中全會決議檢查思想情況的報告》）

江隆基時常抱怨高教部、市委對他支持不夠，自嘲為“過渡時期的校長”，強(qiáng)調(diào)許多客觀困難。這讓市委頗有些惱火，雙方矛盾持續(xù)甚久。江隆基又因高教部不調(diào)給得力干部，常對高教部干部發(fā)牢騷，說：“又要馬兒好，又要馬兒不吃草。”高教部也認(rèn)為江隆基與上級關(guān)系不夠正常，對上級機(jī)關(guān)的檢查和批評不夠虛心。（見1954年7月1日市高校黨委辦公室《四中全會決議學(xué)習(xí)第一階段總結(jié)材料》）而馬寅初夾在其間，上下不得參與過問，小心觀察兩邊的形勢，不敢隨意表態(tài)，只能高掛悠閑無事的姿態(tài)。