1954年3月高教部下來(lái)調(diào)查，聽(tīng)取北大工作匯報(bào)。事后高教部形成一個(gè)檢查報(bào)告，內(nèi)中稱(chēng)：“北京大學(xué)在和馬寅初、湯用彤等的合作上基本做到尊重其職權(quán)，校內(nèi)一切公事都經(jīng)過(guò)馬寅初批閱，大事情都和他商量，做了的工作都向他匯報(bào)。在他出國(guó)的時(shí)候，江校長(zhǎng)每月親筆向他報(bào)告工作?！彼龅亩嗍悄骋恍《螘r(shí)間的事實(shí)，但實(shí)際上數(shù)年內(nèi)并不如此所為，這只能視之為官場(chǎng)慣常、應(yīng)付的書(shū)面表達(dá)方式。

真正的內(nèi)情通過(guò)一個(gè)細(xì)節(jié)可以窺探到：馬寅初不大管（或不能管）教學(xué)上的大事，卻對(duì)校內(nèi)清潔衛(wèi)生工的調(diào)動(dòng)、職員的大小事都很關(guān)心，一有變化都要人向他報(bào)告。有一次北京政法學(xué)院工友因個(gè)人瑣事打了北大一職員，北大寫(xiě)信給政法學(xué)院請(qǐng)求解決，馬寅初竟花了很多時(shí)間親自修改這封信件。

從目前保存下來(lái)的文件看，1953年、1954年江隆基寫(xiě)了好幾件工作報(bào)告，都是直接以自己名義上報(bào)，一字不涉馬校長(zhǎng)，譬如1953年8月27日，他用毛筆寫(xiě)了萬(wàn)言報(bào)告致中宣部、高教部、市委，內(nèi)容涉及學(xué)制延長(zhǎng)一年、各系增設(shè)秘書(shū)一人并兼任支部書(shū)記、不適教員處理等重要行政事宜，全篇根本沒(méi)有提及馬寅初對(duì)這些事的表態(tài)如何。1953年10月4日晚，江隆基在臨湖軒與各系主任座談校內(nèi)工作安排，人員齊整，唯獨(dú)就缺馬寅初一人。

在如何使用黨外校長(zhǎng)這一點(diǎn)上，清華大學(xué)黨委書(shū)記蔣南翔就比江隆基靈活巧妙。蔣南翔經(jīng)常會(huì)把對(duì)校內(nèi)重大事件的看法事先通告副校長(zhǎng)劉仙洲及教務(wù)長(zhǎng)錢(qián)偉長(zhǎng)，并盡量讓他們出面主持，由他們給各系提出處理意見(jiàn)。這種溝通方式極為有效，劉仙洲的工作熱情比冷落的馬寅初要高漲許多。據(jù)高教部、教育部1954年3月24日《北大、清華、師大三校重點(diǎn)檢查統(tǒng)戰(zhàn)工作簡(jiǎn)報(bào)》介紹，蔣南翔與劉仙洲共同管理教學(xué)，蔣南翔主管政治及人事工作，劉仙洲則兼管總務(wù)、圖書(shū)館、校長(zhǎng)辦公室。劉對(duì)這樣的分工是滿(mǎn)意的，因而在工作中發(fā)揮了積極性，檢查各系教學(xué)計(jì)劃的會(huì)也主動(dòng)由劉主持。簡(jiǎn)報(bào)中對(duì)蔣南翔的統(tǒng)戰(zhàn)工作方法予以較高的認(rèn)可：“南翔同志經(jīng)常將自己對(duì)校內(nèi)各種問(wèn)題的看法，講給劉仙洲聽(tīng)，以促進(jìn)思想上的一致，便于他從思想上接受黨的領(lǐng)導(dǎo)。”

那幾年馬寅初在北大的境遇可以用“孤寂”來(lái)形容。細(xì)翻北大50年代中期檔案，可以發(fā)現(xiàn)上下重要溝通時(shí)往往都愿意繞過(guò)他這一關(guān)。偶有例外的是因高教部大學(xué)教育司一科長(zhǎng)不通過(guò)北大校方，擅自決定聘請(qǐng)?zhí)K聯(lián)專(zhuān)家與留助教的數(shù)目與專(zhuān)業(yè)，高教部副部長(zhǎng)楊秀峰1953年5月24日為此向北京市高校黨委會(huì)書(shū)記李樂(lè)光寫(xiě)信致歉，并許諾將以馬敘倫部長(zhǎng)名義正式函告馬寅初校長(zhǎng)。