林肯對麥克萊倫雖然身為陸軍司令卻不思進取、缺乏遠見深感不滿。當這位人緣不錯的將軍在1862年3月開始的弗吉尼亞半島戰(zhàn)役中擅離職守長達五個月時，林肯終于將其革職，并在陸軍部長埃德溫·M·斯坦頓（Edwin M. Stanton）和陸軍各局首腦組成的“陸軍委員會”的輔佐之下，親自擔任陸上部隊司令。林肯此舉事實上已經(jīng)創(chuàng)立了陸軍的首個總參謀部。

1862年7月，林肯重新啟用陸軍司令。他從西部戰(zhàn)區(qū)調(diào)來亨利·W·哈勒克（Henry W. Halleck）少將出任該職。哈勒克盡管有充分的理由證明自己配得上深諳軍務的專家的美譽，卻絲毫算不上綜合戰(zhàn)略家。哈勒克雖然作為管理者頗有能力，但為人優(yōu)柔寡斷，處事猶豫不決。林肯于是只讓他保留陸軍司令頭銜，以便管理軍隊，而自己卻在接下來的一年半時間里以總司令的身份執(zhí)行陸軍司令的職責。因此，正是林肯作為總戰(zhàn)略家和全體陸上部隊的司令，在陸軍委員會的協(xié)助下，指揮聯(lián)邦軍隊度過了最為艱險的危機時刻。

1864年3月，國會在林肯的要求下設立中將軍銜（當時的陸軍最高軍銜），并且規(guī)定被授予中將軍銜的人可以同時擔任陸軍司令（即陸上部隊司令）。林肯很快任命在維克斯堡和查塔努加戰(zhàn)役中雙雙告捷的尤里西斯·S·格蘭特為中將兼陸軍司令。

格蘭特沒有絲毫耽擱，立即向東進發(fā)，按照符合其總司令思路的方式指揮戰(zhàn)爭，通過采取殲滅戰(zhàn)術，對邦聯(lián)軍隊發(fā)動全線進攻，尤其重點進攻羅伯特·E·李指揮的北弗吉尼亞兵團。格蘭特的戰(zhàn)術便是進攻、進攻、再進攻，不顧傷亡，一路南下，直搗里士滿，同時讓邦聯(lián)軍隊流盡最后一滴血。林肯終于找到了這樣一位將軍，能夠理解并且將自己進攻敵軍而非地點的理念付諸實踐。格蘭特其人正如林肯評價時所言，“他在殺敵”。

與此同時，哈勒克“明升暗降”，在1864年3月出任參謀長，光榮地承擔起在林肯、格蘭特和聯(lián)邦陸軍各部門指揮官之間保持聯(lián)系的重大使命。這樣一來，到戰(zhàn)爭結(jié)束時，林肯作為毫無爭議的北部政治精神領袖，已將自己的制勝戰(zhàn)略灌輸給手下的軍事指揮官們，同時在陸軍中建立起了一套現(xiàn)代指揮參謀體系。這位業(yè)余軍人完全配得上身為國家戰(zhàn)時總統(tǒng)的榮譽。

反觀杰斐遜·戴維斯，盡管不能將過錯完全歸咎于其本人，但他雖然身為職業(yè)軍人，卻是一位不稱職的戰(zhàn)時總統(tǒng)。戴維斯出生在肯塔基州，1828年畢業(yè)于西點軍校，此后七年一直在陸軍正規(guī)軍服役。他在辭去軍職之后曾在密西西比州開辦莊園，投身政界，并進入國會；美墨戰(zhàn)爭期間身為密西西比第1步兵團上校，因在布韋納維斯塔戰(zhàn)役中勇武善戰(zhàn)而聲名鵲起，后成為美國參議員，期間在富蘭克林·皮爾斯總統(tǒng)手下?lián)侮戃姴块L，表現(xiàn)出色；1861年2月最終在亞拉巴馬州蒙哥馬利市宣誓成為“美利堅諸州同盟”臨時總統(tǒng),一年后在里士滿正式就任總統(tǒng)。