戴維斯身為戰(zhàn)時(shí)總統(tǒng)，令他常常感到困擾的是南部各州領(lǐng)導(dǎo)人不愿聽(tīng)命于中央政府。為了保護(hù)各自地盤(pán)，執(zhí)意不愿為邦聯(lián)軍隊(duì)作戰(zhàn)貢獻(xiàn)人力物力。不過(guò)，戴維斯的絕大多數(shù)問(wèn)題源于其本人個(gè)性。此人生性驕傲自大，教條頑固，對(duì)他人主動(dòng)提出批評(píng)建議常懷恨在心，一心想將邦聯(lián)總司令與陸軍司令二職一人獨(dú)攬。戴維斯意圖在大小軍事戰(zhàn)略決策上獨(dú)斷專(zhuān)行，以自認(rèn)為合適的方式作戰(zhàn)。其舊日好友陸軍副官長(zhǎng)塞繆爾·庫(kù)珀（Samuel Cooper）雖然身為邦聯(lián)軍中級(jí)別最高的將領(lǐng)，但因年事已高，對(duì)戴維斯鮮有幫助。此外，庫(kù)珀的北部背景也令其長(zhǎng)期以來(lái)一直成為戴維斯的懷疑對(duì)象。

隨著進(jìn)入1862年，戰(zhàn)事不如想象般進(jìn)展順利，戴維斯因此成為批評(píng)的對(duì)象。他于是要求邦聯(lián)國(guó)會(huì)設(shè)立陸軍司令一職。然而當(dāng)議員們奉命行事時(shí)，戴維斯卻以侵犯總統(tǒng)權(quán)力為名否決了這一提案，隨后自作主張，設(shè)立軍事顧問(wèn)一職，并提名羅伯特·E·李擔(dān)任該職，但是強(qiáng)調(diào)李下令進(jìn)行的一切軍事行動(dòng)必須得到他本人的批準(zhǔn)。李不久便辭去顧問(wèn)一職，出任北弗吉尼亞兵團(tuán)戰(zhàn)區(qū)司令。而戴維斯竟然讓軍事顧問(wèn)一職空缺達(dá)20個(gè)月之久，不向手下征求任何職業(yè)指導(dǎo)，戰(zhàn)事完全由自己獨(dú)斷專(zhuān)行。實(shí)際上，由于戴維斯對(duì)陸軍部長(zhǎng)的職責(zé)和決定橫加干涉，到頭來(lái)幾乎與所有將領(lǐng)都發(fā)生過(guò)爭(zhēng)執(zhí)，因此在四年里竟走馬燈似的更換了五任陸軍部長(zhǎng)。

1864年，眼看戰(zhàn)局每況愈下，戴維斯終于設(shè)立參謀長(zhǎng)一職。然而，他卻將這一職務(wù)授予了布拉克斯頓·布拉格（Braxton Bragg）將軍（后者因1862年和1863年在田納西州屢次犯錯(cuò)而備受詬病），這也體現(xiàn)出他任人唯親的特點(diǎn)。布拉格從未挑戰(zhàn)過(guò)戴維斯的權(quán)威，因此這位總統(tǒng)大人繼續(xù)指揮著戰(zhàn)略和邦聯(lián)野戰(zhàn)部隊(duì)的所有行動(dòng)。

最終，當(dāng)1865年2月邦聯(lián)面臨兵敗之際，國(guó)會(huì)方才正式成立陸軍司令辦公室，號(hào)令全軍。戴維斯任命李出任該職。但由于其早已聲明陸軍司令必須聽(tīng)命于總司令，李自然不會(huì)挑戰(zhàn)這一立場(chǎng)。因此，內(nèi)戰(zhàn)期間的軍事事務(wù)自始至終由戴維斯一人把持。

由此看來(lái)，戴維斯的戰(zhàn)時(shí)指揮與亞伯拉罕·林肯的戰(zhàn)爭(zhēng)領(lǐng)導(dǎo)藝術(shù)截然不同。不僅未展現(xiàn)出絲毫戰(zhàn)略眼光與政治魅力，也沒(méi)有對(duì)指揮參謀機(jī)構(gòu)的發(fā)展起到任何推動(dòng)作用。誠(chéng)然，南部的軍事失敗不能完全歸咎于戴維斯一人，但他在邦聯(lián)軍事事務(wù)指揮上固執(zhí)己見(jiàn)，不能容忍任何中肯的批評(píng)建議，并拒絕分享指揮決定權(quán)，不能不說(shuō)這是導(dǎo)致南部在1865年戰(zhàn)敗的一個(gè)重要原因。