無(wú)論是美利堅(jiān)合眾國(guó)憲法還是邦聯(lián)憲法都規(guī)定總司令由總統(tǒng)擔(dān)任。具體而言，北、南兩軍的指揮權(quán)分別掌握在亞伯拉罕·林肯與杰斐遜·戴維斯的手中。頗具諷刺意味的是，出身文人的林肯最終成為指揮有方的戰(zhàn)時(shí)總統(tǒng)，而戎馬一生的戴維斯反倒顯得難堪重任。

亞伯拉罕·林肯在肩負(fù)起總統(tǒng)兼總司令的雙重責(zé)任時(shí)實(shí)際上毫無(wú)軍事經(jīng)驗(yàn)可言。林肯雖然在“黑鷹戰(zhàn)爭(zhēng)”中曾擔(dān)任過(guò)極短時(shí)間民兵上尉，但從未接受過(guò)任何正規(guī)軍事訓(xùn)練。然而，林肯具有過(guò)人的視野與意志，這毋庸置疑成為聯(lián)邦贏得戰(zhàn)爭(zhēng)勝利最為重要的一個(gè)原因。正是林肯憑借不惜一切代價(jià)平定叛亂的堅(jiān)定決心將北部緊緊團(tuán)結(jié)在一起，也正是林肯最終決定了北部的戰(zhàn)略，并通過(guò)手下的軍事將領(lǐng)們將這一戰(zhàn)略貫徹實(shí)施。

林肯與手下幾乎所有重要將領(lǐng)都不一樣（這些將領(lǐng)們的作戰(zhàn)信條就是有限戰(zhàn)爭(zhēng)，避免作戰(zhàn)并且占領(lǐng)重要領(lǐng)土），他并不關(guān)注攻城略地，而是相信粉碎南部的斗志、贏得勝利取決于與敵軍交戰(zhàn)，并且戰(zhàn)而勝之。正是林肯提出對(duì)南部實(shí)施封鎖合圍的計(jì)劃（林肯借用了溫菲爾德·斯科特“蟒蛇計(jì)劃”的設(shè)想，不過(guò)并不像斯科特那樣指望通過(guò)使南部陷入捉襟見(jiàn)肘的經(jīng)濟(jì)窘境，激發(fā)當(dāng)?shù)芈?lián)邦主義者的反抗情緒，從而在一年之內(nèi)結(jié)束戰(zhàn)爭(zhēng)）。他相信只要將南部牢牢封鎖，憑借北部在人數(shù)與資源上的優(yōu)勢(shì)，便可同時(shí)將南部諸州各個(gè)擊破，并且對(duì)邦聯(lián)軍戰(zhàn)而勝之，從而結(jié)束戰(zhàn)爭(zhēng)。

如果說(shuō)面對(duì)負(fù)隅頑抗的南部叛軍，這一戰(zhàn)略歷時(shí)四年方才奏效，那么其不足之處并不在于計(jì)劃本身，而在于林肯未能找到一位聯(lián)邦將領(lǐng)能夠理解并接受“消滅敵軍有生力量是勝利關(guān)鍵”的理念。

此外，正是林肯開(kāi)創(chuàng)并發(fā)展了現(xiàn)代指揮與參謀理念，盡管這種理念是以一種相當(dāng)含糊的方式進(jìn)行，期間不斷嘗試和犯錯(cuò)。林肯于1861年11月撤去了年事已高、體重達(dá)159公斤且身體虛弱的溫菲爾德·斯科特的陸軍司令職務(wù)。取而代之的是在軍中人緣頗佳、年僅35歲的喬治·B·麥克萊倫少將。麥克萊倫同時(shí)還在1861年7月聯(lián)邦軍第一次馬納薩斯戰(zhàn)役慘敗之后出任波托馬克河兵團(tuán)司令。作為一名出色的組織者和教官，身高約1.73米的“小麥克”深受部下愛(ài)戴。但是，林肯正在找尋的是一位軍事戰(zhàn)略家，一位帶領(lǐng)部隊(duì)走向勝利的引導(dǎo)者，一位能夠指揮千軍萬(wàn)馬、征戰(zhàn)沙場(chǎng)的領(lǐng)軍人物，而麥克萊倫完全不具備這些素質(zhì)。

麥克萊倫在林肯一番苦口婆心的勸誡之下，終于提出了他唯一的戰(zhàn)略計(jì)劃。該計(jì)劃體現(xiàn)了這位將軍在西點(diǎn)軍校接受的若米尼式軍事思想。按照計(jì)劃，麥克萊倫將率領(lǐng)27.5萬(wàn)人沿海路進(jìn)發(fā)，溯詹姆斯河而上，攻占里士滿。然后全軍再次登船，以同樣的方式沿海岸線一路南下，直至新奧爾良。雖然利用海路發(fā)動(dòng)兩棲作戰(zhàn)的計(jì)劃在戰(zhàn)略上多少有可取之處，但實(shí)際情況卻是麥克萊倫一無(wú)人手，二無(wú)補(bǔ)給，而且缺乏海上運(yùn)輸執(zhí)行作戰(zhàn)計(jì)劃，加上僅僅奪取城池絲毫無(wú)法傷及邦聯(lián)軍隊(duì)，因此林肯不得不否決了這一計(jì)劃，而麥克萊倫也再未想出新的主意。