袁世凱上任之后，一面和各國(guó)商議撤兵的事情，一方面密請(qǐng)兩宮太后回京。并囑托李蓮英轉(zhuǎn)告西太后，回京可保萬(wàn)全。兩宮太后于是決意回京，下詔說(shuō)：

現(xiàn)在時(shí)局漸定，回京有期，袁世凱共保東南疆土，盡心籌畫，卓著勛勞，自應(yīng)同膺懋賞。署直隸總督袁世凱，著賞加太子少保銜。欽此。

袁世凱得到詔書后，知道兩宮太后不久就會(huì)回到北京，于是督促有關(guān)部門把圣駕進(jìn)程的道路進(jìn)行了修繕。路修好后，袁世凱就趕去迎接圣駕。十一月十五日申時(shí)，袁世凱在順德接到了兩宮的圣駕。兩宮當(dāng)即召見(jiàn)了袁世凱，對(duì)其大加表?yè)P(yáng)。當(dāng)時(shí)兩宮把袁世凱和岑春煊看做了自己的左右手。十一月二十五日，下詔說(shuō)：

署直隸總督袁世凱，山西巡撫岑春煊，著加恩賞穿黃馬褂，并在紫禁城內(nèi)騎馬。欽此。

兩宮太后回京后，果然安然無(wú)事，八國(guó)聯(lián)軍也退出了北京，北京又重新呈現(xiàn)出了一番太平景象。西太后對(duì)袁世凱的信任、對(duì)他的器重，是以往的大臣從來(lái)沒(méi)有得到過(guò)的。這年十二月二日，朝廷又下詔說(shuō)：

現(xiàn)值時(shí)局大定，亟宜整頓路礦，以開(kāi)利權(quán)。著仍派王文韶充督辦路礦大臣，加派瞿鴻禨充會(huì)辦大臣，張翼幫同辦理。其關(guān)內(nèi)外鐵路事宜，改派袁世凱接收督辦，胡炳棻會(huì)同辦理。務(wù)各認(rèn)真籌畫，實(shí)事求是，以保利權(quán)，欽此。

這月初七，朝廷又下詔說(shuō)：

袁世凱著參預(yù)政務(wù)事宜。欽此。

八國(guó)聯(lián)軍退出北京后，義和拳的余孽又有死灰復(fù)燃的趨勢(shì)。當(dāng)時(shí)清朝朝野上下，經(jīng)過(guò)了一番挫折之后，都增長(zhǎng)了不少見(jiàn)識(shí)，一切要政都聽(tīng)從于袁世凱。西太后對(duì)袁世凱也是言聽(tīng)計(jì)從。袁世凱認(rèn)為義和拳的余孽還沒(méi)有肅清，只有用兵力進(jìn)行鎮(zhèn)壓，才能起到震懾的效果。袁世凱于是上書請(qǐng)求訓(xùn)練新兵。袁世凱此次練兵，他的軍事學(xué)問(wèn)又長(zhǎng)進(jìn)了一步，竟然效仿起了文明國(guó)家的征兵制度，清廷也應(yīng)允了他的做法。