這樣說來，蘇輿、曾廉之流的眼光還是很毒的，一眼就看出了康有為的提倡孔教， 捍衛(wèi)孔教，其實是想自己做教主，不僅取代孔子，而且要取代當今皇上。所以他們 認為，康有為與梁啟超的"保教"是假，想要天下易主是真，統(tǒng)統(tǒng)應該殺頭。這時， 偏偏是章太炎出頭來為康、梁辯護，他作《翼教叢編書后》一文，針對《翼教叢編》 的觀點進行反駁。他先肯定該書駁斥康有為的經(jīng)今文學，說到了點子上 ；但他認為， 硬把康氏的經(jīng)學觀點與其變法維新的做法扯到一起，卻是該書的一大缺陷。在他看 來，學術(shù)是學術(shù)，政治是政治，不能說是一回事。"以去歲變法諸條，使湘人平心處之， 其果以為變亂舊章，冒天下之不韙乎？"意思是說，去年變法期間實行的那些新政， 如果這些湖南人能夠心平氣和地想一想，那么，他們的改革舊章程是和天下人作對 嗎？他指出，只有持一孔之見的儒生才會說出這樣迂腐的話，詆毀、非議他們所做 的事情。他說 ：

今之言君權(quán)者，則痛詆康氏之張民權(quán) ；言婦道無成者，則痛詆康氏之 主男女平權(quán)。清談坐論，自以孟、荀不能絕也。及朝局一變，則幡然獻符 命、舔癰痔惟恐不亟，并其所謂君權(quán)婦權(quán)者而亦忘之矣。夫康氏平日之言 民權(quán)與男女平等，汲汲焉如鳴建鼓，以求亡子，至行事則惟崇乾斷，肅宮闈， 雖不能自持其義，猶不失為忠于所事。彼與康氏反唇者，其處心果何如耶？（《章太炎政論選集》，96 ～ 97 頁）

由此可見，章太炎與康、梁，并不是完全對立的，他承認與康有為在經(jīng)今古文 方面有分歧，但這種分歧古已有之，并非他們所獨有。他也反對梁啟超神化孔子， 認為孔子只是個學者、教授，而非教主，他更反對把康有為說成是圣人，搞他的個 人崇拜。即便是這樣，他對康、梁變法的勇氣卻十分佩服，并不認為想當皇帝就一 定是大逆不道。馮自由也曾講到一件事 ："戊戌春間，鄂督張之洞以幕府夏曾佑、 錢恂二氏之推薦，專電聘章赴鄂。章應召首途，頗蒙優(yōu)遇。時張所撰《勸學篇》甫脫稿，上篇論教忠，下篇論工藝，因舉以請益。章于上篇不置一辭，獨謂下篇最合 時勢。張聞言，意大不懌。兩湖書院山長梁鼎芬一日語章，謂聞康祖詒欲作皇帝， 詢以有所聞否？章答以'只聞康欲作教主，未聞欲作皇帝，實則人有帝王思想，本不足異 ；惟欲作教主，則未免想入非非'云云。梁大駭曰 ：'吾輩食毛踐土二百余 年，何可出此狂語。'怫然不悅。遂語張之洞，謂章某心術(shù)不正，時有欺君犯上之辭， 不宜重用。張乃饋章以程儀五百兩，使夏曾佑、錢恂諷其離鄂。"（轉(zhuǎn)引自《章太炎 年譜長編》，65 頁）

這個時期，章太炎已然有了"革命"思想，但也只是局限于"思想"以及朋友 之間的言談，還沒發(fā)展到與滿清朝廷公開決裂的程度；而康、梁也還沒有舉起"?；? 的旗幟，他們更多地是在呼吁民權(quán)、平等，要求開議院，爭取士民參政議政的權(quán)利。 所以，章與他們或有不和，卻并不影響交往，有時還走得很近。有幾則筆記寫到章 太炎的"革命"，一則是汪太沖的《章太炎外紀》，他說，張之洞因為章太炎崇尚《左傳》 而貶抑《公羊》，對章太炎頗有好感，請錢恂邀章太炎來湖北，"時太炎稍有主張革 命名，南皮（張之洞）不敢晝見，匿太炎于念老（錢恂）室中，午夜屏人，見太炎， 談達曙，大服之"。（同上）這里所說章太炎"稍有主張革命名"是實情，說張之洞"大服之"，卻未必。

劉成禺的《世載堂雜憶》也有一則記載，說的是張之洞要辦《楚學報》，遂請章太炎擔任主筆，"太炎乃為《排滿論》凡六萬言，文成，鈔呈總辦，梁（鼎芬）閱之大怒，口呼反叛反叛、殺頭殺頭者，凡百數(shù)十次。急乘轎上總督衙門，請捕拿 章炳麟，鎖下犯獄，按律治罪。予與朱克柔、邵仲威、程家檉等聞之，急訪王仁俊 曰 ：'先生為《楚學報》坐辦，總主筆為張之洞所延聘，今因《排滿論》釀成大獄， 朝廷必先罪延聘者，是張首受其累，予反對維新派者以口實。先生宜急上院，謂章 太炎原是個瘋子，逐之可也。'仁俊上院，節(jié)庵（梁鼎芬）正要求拿辦 ；仁俊曰 ：'章瘋子，即日逐之出境可也。'之洞語節(jié)庵，快去照辦。梁怒無可泄，歸拉太炎出， 一切鋪蓋衣物，皆不準帶，即刻逐出報館 ；命轎夫四人，撲太炎于地，以四人轎兩 人直肩之短轎棍，杖太炎股多下，蜂擁逐之。太炎身外無物，朱、邵等乃質(zhì)衣為購 棉被，買船票，送歸上海"。（《世載堂雜憶》，109 ～ 110 頁）

這段記載寫得很生動，有很多細節(jié)，劉成禺自稱當事人，在現(xiàn)場，但所記仍有 夸張失實之病。首先，《楚學報》實為《正學報》之誤，章太炎參與了該報的創(chuàng)辦， 還寫了《正學報緣起》和《例言》，但該報并未出刊。而且，章太炎也未寫過一篇"六萬言"的《排滿論》，張之洞或者約他寫過文章，但只是請他撰文批駁康有為的《新學偽經(jīng)考》。他因為不喜歡《勸學篇》中"多效忠清室語"（《章太炎學術(shù)年譜》，51 頁），便婉言謝絕了張之洞所請。很顯然，這時的章太炎，感情的天平還是傾向康、梁這 邊的。