在北京的國會中，各派的議員也鬧成一團。前國民黨的議員組成了一個“憲政商榷會”，大約有四百多名國會議員，是國會中最大的一派。其中主要有三大派系：最大的一派是張繼、吳景濂等人組成的“客廬系”，另兩派分別是林森、居正等人組成的“丙辰俱樂部”和孫洪伊等人組成的“韜園系”。這三派雖然聯(lián)合，但也不是鐵板一塊。如客廬系屬于“穩(wěn)健派”，主張擁護現(xiàn)在的段祺瑞內(nèi)黎元洪閣，保證政權的穩(wěn)定性；但丙辰俱樂部等兩派屬于“激進派”，主張與段祺瑞內(nèi)閣進行斗爭。前進步黨系的議員約150名就組成了一個“憲法研究會”加以對抗，他們反對“憲政商榷會”的兩院制國會、地方分權等主張，要求采取中央集權，實行一院制的國會制度，并擁護段祺瑞內(nèi)閣。在這個“憲法研究會”中又劃分為湯化龍等人組成的“憲法討論會”和梁啟超、林長民等人組成的“憲法研究同志會”。

就這樣，由前國民黨議員團發(fā)展而來的憲政商榷會和前進步黨議員團發(fā)展而來的憲法研究會就分別形成了“商榷系”和“研究系”。前者支持黎元洪，后者支持段祺瑞。由于“商榷系”的地方分權主張大合南方各派軍閥的胃口，而“研究系”的中央集權主張又迎合了段祺瑞想要收回地方權力，加強中央的意見，所以在這批國會議員背后，就出現(xiàn)了南方非北洋系軍閥以及直系軍閥對抗北方中央政府皖系軍閥的暗戰(zhàn)。

既然國會議員分門立派，國會里就熱鬧了起來，口水與板磚齊飛，拳頭并鮮血一色的現(xiàn)象也時有發(fā)生。國會議員中不乏飽學宿儒或者新派人物，但在國會討論中卻往往沒有那么多理智和文雅，語言上的人身攻擊尚屬輕的，大打出手之事也是頻頻上演。斯文掃地的國會很快就變成一個烏煙瘴氣的名利場，一群國會議員為自身和派系的利益，勾結軍人，乃至于進行金錢交易。到北洋政府后期，這群國會議員因為曹錕賄選總統(tǒng)一事博得了“豬仔議員”的“美名”。北洋政府中的西式民主至此完全成為世人的笑柄，此是后話，暫且不提。

黎元洪和段祺瑞的第一輪交鋒圍繞一個關鍵人物 徐樹錚。徐樹錚少年時就有“神童”之譽，1901年被推薦為段祺瑞的記室，深受器重。段祺瑞有心培養(yǎng)他，就把他送到日本陸軍士官學校就讀，歸國后繼續(xù)為段祺瑞效力。1914年，他已經(jīng)被提拔到陸軍部次長的位置，時年僅34歲。年少得志的徐樹錚為人驕狂，即使在袁世凱面前也不改飛揚跋扈的本色。在袁世凱死后，徐樹錚成為國務院秘書長，他在黎元洪面前也是十分傲慢，進總統(tǒng)府遞文件時一語不發(fā)。

黎元洪詢問時，他就回答說：“總統(tǒng)但在后頁年月上蓋上印，何必管前面是何事情。”搞得黎元洪頗為尷尬，惱羞成怒之余，拒絕再見徐樹錚。前國民黨籍的孫洪伊此時出任內(nèi)務部長，他支持黎元洪與段祺瑞相斗，要求黎元洪將段祺瑞免職，以孫代之。段祺瑞豈是省油的燈，他抓住孫洪伊在任期內(nèi)不依法裁撤人員的把柄，把孫洪伊的免職狀送到總統(tǒng)府，黎元洪卻拒絕蓋章，雙方終于鬧到撕破臉皮的地步。最后，北洋系的大佬徐世昌出來打圓場，讓孫洪伊和徐樹錚兩人同時去職，這才暫時結束了這場紛爭。

紛爭雖止，但塵埃未落。黎元洪和段祺瑞雖然暫時高掛免戰(zhàn)牌，但兩人心中不可能沒有芥蒂。此時，另有一群人覺得還不夠熱鬧，也橫插一杠，讓這一事端更為復雜化。

這群人就是督軍團，原本各省的都督在袁世凱稱帝時一度改稱“將軍”，袁世凱敗亡后改稱“督軍”。這個督軍團的組織發(fā)起人是安徽督軍張勛。張勛是北洋系的，他為人保守，素來與國民黨為敵，在南方反袁期間，他對南方各省的獨立亦大為不滿。1916年6月，他倡議組織北方各省代表會議，要求南方取消獨立，抵制“暴亂分子”。9月，他又組織與之志同道合的十余省份代表到徐州開會，宣布“鞏固勢力，擁護中央”。張勛自此以督軍團總盟主自居，對中央政府指手畫腳，特別是對國民黨人控制的國會多加指責。張勛的態(tài)度正中段祺瑞下懷，他原本看不起張勛這個“土包子”，但當他看到張勛可以利用時，立刻與之一拍即合。段祺瑞在內(nèi)，張勛在外，兩人聯(lián)手向國會中的國民黨人和黎元洪施加壓力。

府院之爭的白熱化是在1917年，而斗爭的焦點在于中國是否“參戰(zhàn)”的問題，也就是是否參加第一次世界大戰(zhàn)的問題。