依據(jù)這些教義，新教徒主張政教分離。作為新教的始作俑者，馬丁·路德通過對耶穌的“愷撒的歸愷撒，上帝的歸上帝”的教義的詮釋，闡述了政教分離的意義，他說：

教會與政府分屬兩個不同的王國，教會管的是屬靈的領(lǐng)域，教會通過傳播福音，來給人帶來屬靈的公義性。政府管的則是世俗的領(lǐng)域，政府通過揚善懲惡來保證社會的和平和秩序，它不可能給人帶來屬靈的公義。政府的唯一任務(wù)是專注世俗的秩序，教會的唯一任務(wù)則是宣講和教導(dǎo)耶穌基督的福音。它們兩者在人的生活中承擔不同的功能，分管不同的領(lǐng)域。

同樣，依據(jù)這些教義，新教徒主張信仰自由。既然“信仰是上帝的恩賜”，來自于上帝，那么，個人和團體就不能限制別人的信仰。新教徒說，當年耶穌在傳播福音的時候，對不信者也并沒有強制，他只是通過教訓(xùn)和傳道讓人們悔改，并沒有訴諸任何強制力。馬丁·路德在給德意志親王的信中說：“政府的職能不是禁止或教導(dǎo)人們宣講自己想要的東西——無論是福音還是謊言?！?

新教徒對政教分離和宗教自由的執(zhí)著，還源于自己在天主教統(tǒng)治下遭受長期迫害的體驗，以及對天主教長期政教合一體制所帶來弊端的反省。這些弊端，在新教徒看來，都有害于信仰。

首先，政教合一帶來的最為明顯的弊端，是宗教迫害，而宗教迫害會使信仰帶有屈從或偽裝色彩，從而有損信仰的真實性。

基督教在獲得政權(quán)的支持之前，內(nèi)部的正統(tǒng)與異端的斗爭僅限于教義的爭論，并沒有血淋淋的宗教迫害。在原始教會時期對諾斯替主義（Gnosticism）的排除，在教父時代的“三位一體”信仰的確立，都沒有伴隨對異端的肉體的壓制。在基督教成為羅馬的國教之后，因為與國家權(quán)力的結(jié)合，教義之爭逐漸演變?yōu)樽诮唐群Γ虝目刂普邽榫S持自己教義的正統(tǒng)性開始用暴力對待異端。在中世紀，天主教獲得了對歐洲社會的政治、文化、思想的絕對支配權(quán)之后，宗教迫害發(fā)展為統(tǒng)治者對整個社會的所有持異見者的全面壓制，魔女裁判、異端裁判、火刑成了這個時代的特色。中世紀末期，基督新教因為對天主教的世俗以及神學(xué)權(quán)威提出了抗議和挑戰(zhàn)，成了天主教剿殺異端的最大規(guī)模的犧牲品。在幾百年的天主教對基督新教的迫害中，有大量的新教徒被屠殺，僅在1572年8月23日一個夜晚，新教的胡格諾教派就在巴黎被天主教的國家勢力屠殺了2000多人。英國著名作家斯邁爾斯（Samuel Smiles）寫的《信仰的力量》一書，詳細地記載了法國天主教徒動用國家力量對新教徒實施的迫害，上萬人被屠殺、流放、禁錮，或被剝奪財產(chǎn)。