在天主教對新教的迫害中，雖然有許多新教徒為信仰不屈地獻了身，但也有許多新教教徒為保全生命或財產(chǎn)，不得不宣布放棄了新教信仰，重新皈依天主教。但實質(zhì)上，這些教徒中，有許多人仍然保守著自己的新教信仰和新教的宗教儀式，背著人群舉行自己的宗教聚會；或者雖然被武力迫使放棄了新教信仰，但也因無法回歸天主教而找不到信仰。

因此，新教徒們在長期的遭受迫害的歷史中認識到：國家權(quán)力的強制只能使信仰帶有偽裝或屈從色彩，不是來自靈魂的真正的信仰。

其次，政教合一的另一個弊端，就是教會與政權(quán)結(jié)合會產(chǎn)生巨大的世俗利益，而這種世俗利益會使得信仰趨于形式化和帶有功利主義目的。

在政教合一的體制下，作為神圣權(quán)威與世俗權(quán)威的相互交換和利用，教會賦予了統(tǒng)治者以正統(tǒng)性，政權(quán)則給了教權(quán)以大量的土地和其他世俗的好處和財富。教會因為與政權(quán)的結(jié)合而成了社會的特權(quán)機構(gòu)，教權(quán)階層也成了享有特權(quán)的富裕的貴族階層。隨這種現(xiàn)象而來的，是教會向功利主義機構(gòu)的蛻化以及信仰的形式化和功利化，許多教士也變成了趨利好財之徒，而不再是神的仆人。比如，原先在宗教儀式中許多代表信仰的活動變成了贏利指向的行動，當時的發(fā)行贖罪券和一些其他的宗教行為，直接就是賺錢的行為，某教皇在過足了榮華富貴的日子之后，在死之前竟聲稱自己實際上并不信上帝。

新教徒因此也認識到：國家權(quán)力與宗教結(jié)合會導致權(quán)力對信仰的腐蝕，權(quán)力派生的世俗利益讓靈魂直接成了世俗利益的奴仆，信仰由此變成了通向世俗利益的階梯，而不再是真正的信仰。因此，受權(quán)力腐蝕的信仰只能是帶有功利主義的假信仰。

天主教近千年的政教合一的實踐證明，政教合一的體制于信仰無益，反而有害于信仰。