雖然，周恩來被繼續(xù)留任，實際上是處于留職察看的境地，處境十分艱難。

周恩來極力保持住他所領導的中央軍委、特科和交通機關，不使王明派人打進來。例如王明曾經(jīng)要派一個黃埔生黃第紅到中央軍委工作，而這個人實際上暗中已同蔣介石勾搭上。周恩來通過情報系統(tǒng)截到了黃第紅給蔣介石的效忠信，拿給王明看，王明才沒有話說。

4月24日，中央特科負責人顧順章在漢口被捕叛變。在南京打入國民黨中央組織部調(diào)查科的共產(chǎn)黨員錢壯飛得知后立即派人報告中央。周恩來在陳云等協(xié)助下果斷地采取緊急措施，安全轉(zhuǎn)移了中共中央、江蘇省委和共產(chǎn)國際遠東局的全部機構，國民黨企圖一舉破壞中共中央領導機關的計劃落了空。接著，躲住在周恩來寓所的向忠發(fā)，不聽周恩來的勸告，擅自外出，被國民黨逮捕。周恩來正在設法營救，卻得到消息說向忠發(fā)已經(jīng)叛變。周恩來冒險到自己的寓所去觀察聯(lián)絡信號，斷定向忠發(fā)已經(jīng)帶人來搜查過，趕緊離開。從此，周恩來再難在上海秘密工作下去了。

1931年12月上旬，周恩來離開上海，坐船經(jīng)廣東省的汕頭、大埔，轉(zhuǎn)到福建永定繼續(xù)航行，于下旬到達江西中央革命根據(jù)地。

這時，王明已經(jīng)先周恩來于10月間離開上海去了莫斯科。行前，王明曾經(jīng)對周恩來說，到中央蘇區(qū)后，毛澤東只管政府的工作。周恩來離上海前，中共臨時中央負責人博古又對周恩來說，到中央蘇區(qū)后，周恩來是蘇區(qū)中央局書記，毛澤東管政府，朱德管軍事。這都是說，不要毛澤東管軍事。

但周恩來到中央蘇區(qū)后，并沒有完全按臨時中央的指示辦，而是實事求是地對待毛澤東的缺點與長處。

周恩來走馬上任后抓的第一件事就是糾正中央蘇區(qū)肅反擴大化的錯誤。1932年1月7日，周恩來主持蘇區(qū)中央局通過的《關于蘇區(qū)肅反工作的決議案》，不僅批評過去中央局，也批評毛澤東為首的紅軍總前委犯了“肅反工作中路線錯誤”，即擴大化的錯誤。

50年后鄧小平回憶此事這樣評價道：“開始打AB團的時候，毛澤東同志也參加了……在那種異常緊張的戰(zhàn)爭環(huán)境中，內(nèi)部發(fā)現(xiàn)壞人，提高警惕是必要的。但是，腦子發(fā)熱，分析不清，聽到一個口供就相信了，這樣就難于避免犯錯誤。”

鄧小平明確指出毛澤東當時也犯了錯誤。周恩來批評毛澤東的錯誤，正表現(xiàn)了他對黨、對革命事業(yè)負責和實事求是的精神，絕非像港臺等作者著述的觀點是周恩來整治毛澤東的開始。毛澤東在工作中有錯誤，作為上級領導的周恩來批評他是對的。絕不能把批評與自我批評這一黨的優(yōu)良傳統(tǒng)和作風，說成是“互相攻擊”。一般認為，周恩來在同毛澤東的相互關系中，主要是崇敬、服從、彌補和相輔相成，這當然是對的。但是，也不能忽略周恩來敢于堅持自己的意見，敢于發(fā)表與毛澤東的不同意見，也是有斗爭性和原則性的一面。這一點，無論是毛澤東作為黨的領袖之前還是其后都是如此。20多年后，1956年9月10日，毛澤東本人在中共“八大”預備會議第二次全體會議上，談及往事，對于中央蘇區(qū)肅AB團，說了一句語重心長的話：“肅反時我犯了錯誤，第一次肅反肅錯了人?！?/p>