返回哈佛任教后，費正清被牽扯進席卷美國的反共恐慌。他被叫到政治味濃厚的麥卡錫委員會接受質(zhì)詢。這個委員會要調(diào)查為什么共產(chǎn)黨能夠奪取中國政權(quán)，還要調(diào)查哪些為美國政府工作過的官員應當對“失去中國”負責。1952年3月10日至11日，費正清作了聽證。他在戰(zhàn)爭期間，曾與很多中國的知識分子和政治人物對話，當時沒有考慮可能的政治后果。盡管他的職位在華盛頓的官僚鏈條里一度相當重要，但沒有擔任過高級決策職位，因此不是參議院調(diào)查的主要目標。但是，去華盛頓在麥肯錫委員會前作證的經(jīng)歷讓他很不愉快，使得他在此后十年里盡量淡出公眾視野，而把精力用于哈佛年復一年的課程教學。①

當費正清決定僻居哈佛校園專心任教的時候，他那部很有影響的著作《美國與中國》在1948年首次出版。1951年至1979年，這部書又由哈佛大學出版社重印了六次，出了4個修訂版，成為當時最為暢銷的關于現(xiàn)代中國的著作。這部書一氣呵成、簡明扼要，提綱挈領地介紹古代中國政府、社會和歷史的主要特征，不過其重心仍在中國步入現(xiàn)代社會前的一兩百年。它圍繞著帝國主義和民族主義、十九世紀末中國人改革政府的嘗試、中國對西方影響的反應等寬泛的主題展開，重點講述了中國與西方帝國主義列強的互動。這本書涉獵寬廣、條理清晰，為幫助各個層次的美國人在戰(zhàn)后更好地理解中國做出了獨到的貢獻。它幫助他們認真地思考中國，而不是以論戰(zhàn)的方式來對待她。費正清開始成為為美國公眾解說中國的首席專家。②

①費正清的自傳（Chinabound: A Fifty-Year Memoir）1982年由夏普羅出版社（Harper & Row Publishers）在紐約出版。在這本書的第四部分第173頁至312頁，他談到了自己戰(zhàn)時的服役；在331頁至351頁他描述了在華盛頓的聽證會。對費正清的職業(yè)生涯最為徹底的研究請見伊文思的《費正清與美國對現(xiàn)代中國的理解》（John Fairbank and the American Understanding of Modern China）一書。這本書1988年由布萊克威爾出版社（Basil Blackwell）在紐約出版。費正清和傅高義的文件在哈佛檔案館可以找到。許多關于東亞研究中心、費正清中心和東亞研究理事會（Council on East Asian Studies）的文件也可在哈佛檔案館找到。本書大量使用了哈佛大學檔案和費正清中心的材料。費正清本人認為，他能逃過那一次反共抓巫（anti-communist witch-hunt）是因為他還不是一個足夠大的目標；參見費正清自傳第157頁?！咀g者按：“反共抓巫”指的是二十世紀四十至五十年代美國的第二次紅色恐慌。當時美國部分政治人物大肆渲染共產(chǎn)主義對美國政界和文藝界的滲透，在缺乏充分證據(jù)的情況下質(zhì)疑相關人士對美國的忠誠度，令很多知名人士遭到審查起訴。這場利用公眾恐懼發(fā)起的捕風捉影的反共政治迫害常常被比作“塞勒姆的獵巫”。“塞勒姆的獵巫”指的是1692年至1693年在美國麻省塞勒姆市發(fā)生的逮捕審判“女巫”的行動?！繐?jù)伊文思說，經(jīng)過這一次磨難，其后十幾年里，費正清在公開演講和評論外交政策時都比以前低調(diào)多了；參見伊文思著《費正清與對中國的理解》第161頁。這一時期，西雅圖華盛頓大學遠東研究所的一些中國問題專家公開批評費正清的“親共”傾向。這些學者以及他們的東亞研究中心被認為是支持蔣介石和國民黨的保守派。這樣，二十世紀六十年代以及七十年代早期，在哈佛大學東亞研究中心和西雅圖華盛頓大學東亞研究中心（1964年成立）之間形成了對立。哈佛大學一派被認為是左翼的、反對越南戰(zhàn)爭的，和西雅圖派截然不同。伊文思在《費正清與美國對現(xiàn)代中國的理解》第159頁中對此事有一番評論。1954年費正清在哈佛國際研究委員會（Committee on International Studies）之下設立了哈佛大學中國項目（Harvard University China Program），差不多從那時起他就已經(jīng)下定決心要開展明確界定的中國研究。這個項目當時設在利陶爾中心（Littauer Center）127室。