7月18日，毛澤東從武漢回到北京。情況隨即發(fā)生變化。有些文章曾說毛澤東回京后只偏聽江青等人的匯報，導致作出撤銷工作組的決定。事實上毛澤東既聽了陳伯達、康生等人的匯報，也聽取了劉少奇等常委同志的匯報。而江青是7月20日才從上?；乇本?，當然她回京后也向毛澤東陳述了她的意見。

毛澤東在聽取匯報和看了“文革小組”提供的一些材料后，對運動的進展情況表示不滿，認為北京的文化大革命搞得冷冷清清，學生運動受到鎮(zhèn)壓，但最初還沒有提出撤工作組。直到7月23日，中共中央批轉(zhuǎn)總政治部《關(guān)于抽調(diào)軍隊干部支援地方文化大革命的請示》，其中還提出：“采取抽調(diào)干部參加地方四清的辦法組織工作隊，支援地方文化大革命?！泵珴蓶|對此仍表示同意。

7月24日、25日，毛澤東先后找一些人談話，再次對前一段的運動提出批評，明確提出要撤銷工作組。參加24日談話的主要是“中央文革小組”成員，25日談話時又增加了來北京出席中共八屆十一中全會預備會議的各中央局書記。毛澤東在聽取了江青等人的匯報后說：“把工作組一撤，把黑幫停職反省就完了。這樣可以搞得快一點。有這么一段，運動冷冷清清，就是6月20號左右以后，有許多地方搞得冷冷清清。根本撤出來，另外派幾個人去當觀察員。張承先這些人能不能搞好？能搞好就搞，不能搞就撤出來?！薄艾F(xiàn)在不只是一個北大的問題，而是一個全國的問題。如果照原來那樣搞下去，是搞不出什么名堂來的?！薄肮ぷ鹘M一不會斗，二不會改，只會起阻礙運動的作用。”“許多工作組（當然不是一切工作組），包括張承先的工作組，都是阻礙運動的，都要把它撤出來?！?/p>

7月26日，召開政治局常委擴大會議，由新近從中南局調(diào)到中央任書記處常務(wù)書記的陶鑄傳達了毛澤東兩次談話的內(nèi)容。劉少奇、鄧小平等放棄了原來的意見。會議最后決定撤銷工作組。第二天，“中央文革小組”起草了撤銷工作組的決定，毛澤東親自作了修改。7月28日，由中共北京市委正式發(fā)出《關(guān)于撤銷各大專院校工作組的決定》，文件中注明，這一決定“也適用于中等學?！?。

7月29日，北京市在人民大會堂召開有一萬人參加的全市大專院校和中等學校師生文化革命積極分子大會。李雪峰在會上宣讀了北京市委的決定。劉少奇、周恩來、鄧小平出席大會并講話。他們在講話中都說明派工作組是中共中央決定的，代表中央承擔了責任。劉少奇說：“派工作組是中央決定、中央同意的?，F(xiàn)在發(fā)現(xiàn)，工作組這個方式不適合于當前無產(chǎn)階級文化大革命運動的需要，中央決定撤退工作組。”“工作隊員過去這一段時間的工作是在你們學校里面作的，他們犯了錯誤或者作了好事，是在你們學校里面作的，成千上萬的人看到了，你們都清楚。當然，各學校工作組的工作，不會是一樣的，或不完全一樣的，正如鄧小平同志剛才說的，工作組有好的，比較好的，或犯有嚴重錯誤的?！?/p>

7月29日大會之后，北京和全國各地都相繼撤銷了工作組。劉少奇、鄧小平多次在各種場合承擔了派工作組的主要責任。由于各學校的黨委早已癱瘓，工作組撤走后，原先設(shè)想的“文化革命委員會”之類的機構(gòu)也因為群眾分裂成兩派而成立不起來，造反派因此更加肆無忌憚。學校處于無政府狀態(tài)，并迅速蔓延到全社會，局勢急劇惡化。

工作組撤走了，工作組問題卻還沒有完。稍后，毛澤東對工作組提出更為嚴厲的批評，認為工作組犯了方向、路線錯誤。8月1日，他在中共八屆十一中全會上插話說：“工作組不管怎么樣是做了壞事，一不能斗，二不能批，三不能改，……起一個鎮(zhèn)壓群眾、阻礙群眾的作用，起了個壞作用。一般說，就是百分之九十以上的工作組干盡了壞事?！苯?、陳伯達、康生等在這一期間連續(xù)到各學校煽風點火，鼓動造工作組的反。很多工作組成員遭揪斗。以后，工作組又被作為資產(chǎn)階級反動路線的具體體現(xiàn)和劉少奇的一大罪狀，受到了長時間的批判。