劉少奇對他認為比較好的工作組，也就是能夠有效地對運動實施領導的工作組，是堅決支持的。在他看來，這么大的群眾運動沒有黨的領導是不可想象的，既然那些學校的領導癱瘓了，那就只有派工作組去接替，以維持正常的秩序。

6月18日，北京大學發(fā)生一起亂打亂斗事件。上午9時至11時，北京大學幾個系的一些學生，將40多位干部、教師拉出來批斗，并采取了臉上抹黑、戴高帽子、罰跪等行動。工作組發(fā)覺后迅速予以制止，扭轉了局勢。劉少奇對駐北大工作組的做法表示滿意。6月20日，他將駐北大工作組關于反映這次事件處理情況的《北京大學文化革命簡報（第九號）》轉發(fā)全國。劉少奇在為中共中央起草的批語中說：“中央認為北大工作組處理亂斗現(xiàn)象的辦法，是正確的，及時的。各單位如果發(fā)生這種現(xiàn)象，都可參照北大的辦法處理?！?/p>

為便于及時了解情況，掌握局面，6月19日劉少奇要夫人王光美去清華大學，作為駐清華大學工作組的顧問，幫助指導運動。6月20日和7月11日，他兩次召集駐北京師范大學附中的工作組匯報座談，同他們一起分析運動中出現(xiàn)的各種情況，解決問題。

6月21日，劉少奇在他主持的政治局常委擴大會上提出：“這一場斗爭咱們都沒有經(jīng)驗，工作組也沒有經(jīng)驗。”“有的學校趕工作組，向工作組奪權，要奪檔案、槍支、廣播這些權。不準隨便提出奪權?！薄皧Z權斗爭，有的是壞人要我們撤走工作組。不好的工作組也可以撤走，但是不要黨的領導、中斷黨的領導是不好的。”

6月30日，劉少奇、鄧小平致信毛澤東，要求發(fā)出《關于工業(yè)交通企業(yè)和基本建設單位如何開展文化大革命運動的通知》。《通知》強調(diào)這些單位的運動要由工作隊領導：正在進行“四清”的單位，要在工作隊領導下，把文化大革命插進去進行；還沒有進行“四清”的單位，由上級派出工作隊領導進行；已經(jīng)結束“四清”而又沒有達到標準，要重新派工作隊去，從文化大革命入手，把“四清”和文化大革命搞徹底。這一通知于7月2日經(jīng)毛澤東批準后下發(fā)。

大約在6月20日以后，劉少奇、鄧小平等中央領導同志同“中央文革小組”之間在工作組問題上的分歧明顯加劇，社會上趕工作組的現(xiàn)象也增多了。

6月20日，“中央文革小組”向中央提出了一個書面建議，其中說：“建議全國大中學校、機關單位在適當時候成立文化革命小組，領導文化革命運動。”“在最必要的地方，最必要的時候，可以由上級派工作組?！边@一建議曲折間接地表達了他們?nèi)∠ぷ鹘M的意見。

7月13日、19日、22日，陳伯達在參加政治局常委召集的匯報會上，三次對工作組的問題提出非議。但據(jù)現(xiàn)在發(fā)現(xiàn)的資料，陳伯達在發(fā)表意見時，態(tài)度不大鮮明。例如他在7月19日的會上只是說：“工作組不會比學生高明，工作組都自稱是黨中央、毛主席派去的，有的整學生?！?/p>

在這幾次會上，劉少奇、鄧小平也對工作組有所批評，但不同意馬上就撤出工作組。在7月13日的會上，劉少奇說：“現(xiàn)在的工作隊要進行教育，他們不懂政策，不學政策。不好的工作隊要進行整頓清理。”鄧小平說：“要先把學生組織起來，清理當權派，然后再撤銷工作組、工作隊?！痹?月19日的會上，劉少奇說：“工作組有好的，有壞的，他們在第一線，有他的辛苦，要求不能過高?，F(xiàn)在是如何幫助他們，教育他們，總結工作經(jīng)驗?！编囆∑秸f：“有的機關和學校，不派工作組可以，有的要奪權的，就要派工作組。工作組主要是起行政和黨委的領導作用，因此是否統(tǒng)盤考慮，對工作組要正確估計。我們對這樣的運動沒有經(jīng)驗，他們也沒有經(jīng)驗。壞的工作組可以先撤，好的工作組可以留，代替黨委工作?！痹?月22日的會上，劉少奇說：“工作組領導不好，但是多數(shù)工作組是好的，還是教育幫助，改正錯誤。趕工作組，有的不應該趕?！编囆∑秸f：“要教會工作隊做工作。……有的學校沒有工作隊恐怕不行。”

參加這幾次會議的大多數(shù)同志都不同意撤工作組，陳伯達的意見被否決。后來江青在中共八屆十一中全會的一次小組發(fā)言中講到：“22號晚上，胡克實同志匯報說已經(jīng)走上正規(guī)了。這次匯報會雪峰同志參加了，我們的組長、顧問沒有發(fā)言權，講一句話就被打斷。這次匯報會共用了五個多小時，薄一波、陶魯笳卻講了三個多小時?！苯嗨f的：“我們的組長、顧問”即指陳伯達、康生。她的說法從反面印證了當時中央大多數(shù)領導同志對“中央文革小組”意見的批評和抵制。

對陳伯達關于工作組的意見被否決的情況，劉少奇8月1日在中共八屆十一中全會上從自我批評的角度，作了這樣的解釋：“陳伯達同志早就提了不派工作組或者撤出工作組，提了三次。……第一次提出來沒有多討論。第二次陳伯達書面提出兩條，討論時多數(shù)同志還是要工作組，我也發(fā)言要工作組，認為工作組有方便之處，要去就去，要撤就撤。當時我曾考慮，這樣大的運動，北京各院校部分組織已經(jīng)癱瘓了，怕中斷了黨的領導不好。第三次，伯達同志又提出這個問題，又討論了一次，多數(shù)同志還是不主張撤。我仍是以前的觀點，我認為這一方法較機動，沒有下決心撤，要看一看。同時，主席快回來了，回來再請示決定。主席回來的第二天，又開了個會，感到是個問題?！?