李的英勇行為和忠誠(chéng)受到南方頭頭們的青睞，他被任命為弗吉尼亞司令官和戴維斯總統(tǒng)的軍事顧問(wèn)，之后又擔(dān)任了南部同盟軍的總司令。但是戰(zhàn)爭(zhēng)剛開(kāi)始的幾個(gè)月之中，他并無(wú)驚人表現(xiàn)，主要是由于他把全部精力都用在建造防御工事上了，漸漸地部下開(kāi)始諷刺他，給他起了一些亂七八糟的外號(hào)，諸如“婆婆媽媽的李”“后撤的李”“鐵鍬王”什么的。不過(guò)戴維斯總統(tǒng)對(duì)他卻極其信任，可謂慧眼識(shí)才！

戰(zhàn)爭(zhēng)的不斷發(fā)展更加證明了李的戰(zhàn)爭(zhēng)才能。1862年，號(hào)稱“美國(guó)拿破侖”但實(shí)際能力有限的北軍總司令麥克萊倫將軍指揮11萬(wàn)大軍發(fā)動(dòng)“半島戰(zhàn)役”，企圖攻占南方“首都”里士滿，以取得戰(zhàn)爭(zhēng)的優(yōu)先權(quán)。李指揮不到9萬(wàn)人的軍隊(duì)以靈活戰(zhàn)術(shù)和頑強(qiáng)的斗志攻擊北軍薄弱環(huán)節(jié)，把麥克萊倫趕出了里士滿附近的半島，解除了里士滿之危，此役史稱“七日之戰(zhàn)”，由此李威震全美。林肯總統(tǒng)非常失望，另外啟用大胡子猛將波普擔(dān)任指揮，希望他能帶來(lái)一些轉(zhuǎn)機(jī)。波普將軍信心百倍，率領(lǐng)8萬(wàn)北軍與李指揮的5萬(wàn)多的南軍展開(kāi)第二次布爾溪之戰(zhàn)。李擁有著敏銳和機(jī)智的頭腦，他用小部隊(duì)將北軍主力引誘到陣地，然后以精銳部隊(duì)從側(cè)翼和后方突然殺出，短短的時(shí)間內(nèi)便大破北軍。波普的8萬(wàn)大軍被滅掉萬(wàn)，李的5萬(wàn)多軍隊(duì)僅損失了9000人！

無(wú)奈之下，林肯不得不重新啟用號(hào)稱“美國(guó)拿破侖”的麥克萊倫。老麥率軍在安特提姆又和李將軍進(jìn)行了戰(zhàn)斗。當(dāng)時(shí)北軍在數(shù)量和裝備上都占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，即便如此，麥克萊倫并沒(méi)有占到任何便宜，雙方只是打了一個(gè)平手。最終不得不眼睜睜地看著李率軍從容離去。林肯處于極度的絕望，令伯恩賽德將軍接替。這伯恩賽德雖然忠誠(chéng)正直，但能耐不大，剛上任幾天，他的萬(wàn)大軍就在弗里德里克斯堡遭到李將軍部隊(duì)的痛扁，伯恩賽德將軍節(jié)節(jié)敗退，率領(lǐng)殘兵敗將撤回華盛頓。林肯的最后一張王牌是胡克將軍，但是幾個(gè)月后，他的12萬(wàn)威武雄壯大軍在錢瑟勒斯維爾戰(zhàn)役中被李率領(lǐng)6萬(wàn)筋疲力盡的軍隊(duì)擊潰！

每一個(gè)學(xué)生都是紳士

南北戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束了，羅伯特·李從此遠(yuǎn)離塵囂，也遠(yuǎn)離仇恨。他拒絕了一家保險(xiǎn)公司年薪1萬(wàn)美元的聘請(qǐng)，在1865年9月就任了華盛頓學(xué)院的院長(zhǎng)，工資一年只有1500美元。這所規(guī)模很小、名氣也很小的學(xué)院，地處偏僻的列克星敦山區(qū)。在南北戰(zhàn)爭(zhēng)結(jié)束后的30余年里，昔日南部邦聯(lián)的一些大人物們，用回憶錄和文章繼續(xù)著往日的戰(zhàn)斗，而這位善于辭令的院長(zhǎng)，卻什么也沒(méi)有寫。從將軍到校長(zhǎng)的羅伯特·李致力于學(xué)院的教育事業(yè)，他說(shuō)自己非常喜歡這美好的平民生活。

在超過(guò)5年的任期中，他將華盛頓學(xué)院由一所不知名的小學(xué)校轉(zhuǎn)變成美國(guó)第一所提供商業(yè)、新聞與西班牙語(yǔ)課程的大學(xué)。他立下一條校訓(xùn)：“每一個(gè)學(xué)生都是紳士?！边@在華盛頓讓若干獨(dú)斷維持榮譽(yù)體系的學(xué)校垂范至今。重要的是，李校長(zhǎng)專注于讓學(xué)校吸引南北雙方的學(xué)生。