李的英勇行為和忠誠受到南方頭頭們的青睞，他被任命為弗吉尼亞司令官和戴維斯總統(tǒng)的軍事顧問，之后又擔任了南部同盟軍的總司令。但是戰(zhàn)爭剛開始的幾個月之中，他并無驚人表現(xiàn)，主要是由于他把全部精力都用在建造防御工事上了，漸漸地部下開始諷刺他，給他起了一些亂七八糟的外號，諸如“婆婆媽媽的李”“后撤的李”“鐵鍬王”什么的。不過戴維斯總統(tǒng)對他卻極其信任，可謂慧眼識才！

戰(zhàn)爭的不斷發(fā)展更加證明了李的戰(zhàn)爭才能。1862年，號稱“美國拿破侖”但實際能力有限的北軍總司令麥克萊倫將軍指揮11萬大軍發(fā)動“半島戰(zhàn)役”，企圖攻占南方“首都”里士滿，以取得戰(zhàn)爭的優(yōu)先權(quán)。李指揮不到9萬人的軍隊以靈活戰(zhàn)術(shù)和頑強的斗志攻擊北軍薄弱環(huán)節(jié)，把麥克萊倫趕出了里士滿附近的半島，解除了里士滿之危，此役史稱“七日之戰(zhàn)”，由此李威震全美。林肯總統(tǒng)非常失望，另外啟用大胡子猛將波普擔任指揮，希望他能帶來一些轉(zhuǎn)機。波普將軍信心百倍，率領(lǐng)8萬北軍與李指揮的5萬多的南軍展開第二次布爾溪之戰(zhàn)。李擁有著敏銳和機智的頭腦，他用小部隊將北軍主力引誘到陣地，然后以精銳部隊從側(cè)翼和后方突然殺出，短短的時間內(nèi)便大破北軍。波普的8萬大軍被滅掉萬，李的5萬多軍隊僅損失了9000人！

無奈之下，林肯不得不重新啟用號稱“美國拿破侖”的麥克萊倫。老麥率軍在安特提姆又和李將軍進行了戰(zhàn)斗。當時北軍在數(shù)量和裝備上都占絕對優(yōu)勢，即便如此，麥克萊倫并沒有占到任何便宜，雙方只是打了一個平手。最終不得不眼睜睜地看著李率軍從容離去。林肯處于極度的絕望，令伯恩賽德將軍接替。這伯恩賽德雖然忠誠正直，但能耐不大，剛上任幾天，他的萬大軍就在弗里德里克斯堡遭到李將軍部隊的痛扁，伯恩賽德將軍節(jié)節(jié)敗退，率領(lǐng)殘兵敗將撤回華盛頓。林肯的最后一張王牌是胡克將軍，但是幾個月后，他的12萬威武雄壯大軍在錢瑟勒斯維爾戰(zhàn)役中被李率領(lǐng)6萬筋疲力盡的軍隊擊潰！

每一個學生都是紳士

南北戰(zhàn)爭結(jié)束了，羅伯特·李從此遠離塵囂，也遠離仇恨。他拒絕了一家保險公司年薪1萬美元的聘請，在1865年9月就任了華盛頓學院的院長，工資一年只有1500美元。這所規(guī)模很小、名氣也很小的學院，地處偏僻的列克星敦山區(qū)。在南北戰(zhàn)爭結(jié)束后的30余年里，昔日南部邦聯(lián)的一些大人物們，用回憶錄和文章繼續(xù)著往日的戰(zhàn)斗，而這位善于辭令的院長，卻什么也沒有寫。從將軍到校長的羅伯特·李致力于學院的教育事業(yè)，他說自己非常喜歡這美好的平民生活。

在超過5年的任期中，他將華盛頓學院由一所不知名的小學校轉(zhuǎn)變成美國第一所提供商業(yè)、新聞與西班牙語課程的大學。他立下一條校訓：“每一個學生都是紳士?！边@在華盛頓讓若干獨斷維持榮譽體系的學校垂范至今。重要的是，李校長專注于讓學校吸引南北雙方的學生。