1941-1943年間，薩繆爾森工作于國家資源計劃局，負責戰(zhàn)時的充分就業(yè)計劃工作。根據(jù)這一段時間的觀察和分析，薩繆爾森感到戰(zhàn)后的就業(yè)狀況不容樂觀。1943年他寫了一篇題為《戰(zhàn)后充分就業(yè)》的文章，表達了他的憂慮：政府將削減創(chuàng)造就業(yè)機會的軍費開支，同時，參戰(zhàn)的士兵將脫下軍裝加入就業(yè)隊伍，這樣就會導致嚴重的失業(yè)，造成經(jīng)濟蕭條，而唯一的辦法就是采納凱恩斯主義的擴張財政政策，從而可以緩解危機。雖然戰(zhàn)后并沒有發(fā)生他所預測的嚴重失業(yè)，但是他的政策主張卻沒有發(fā)生變化。

后來，薩繆爾森進入了美國預算局，開始為政府出謀劃策。最初，他的主張和漢森一樣，支持“補償性財政和貨幣政策”，推行“逆經(jīng)濟風向行事”。具體而言，在蕭條時期，政府應有意識地增加財政支出、減少財政稅收以刺激總需求，中央銀行則應當放寬信貸、增加貨幣供給，降低利息率以刺激投資；在繁榮時期，政府應減少財政稅收，抑制總需求，而中央銀行應緊縮信貸，減少貨幣供給量、提高利息率，以求得蕭條與繁榮時期的平衡。薩繆爾森認為失業(yè)和通貨膨脹是不會同時存在的，在存在失業(yè)的情況下，增加貨幣的數(shù)量并不會引起價格上漲。

1958年，經(jīng)濟發(fā)展委員會就美國未來經(jīng)濟發(fā)起了討論，論題為“今后20年美國面對的最重要經(jīng)濟問題是什么”的討論中，薩繆爾森一語道破：“通貨膨脹的威脅是最棘手的問題”。他寫道：20世紀—美國的歷史很大部分已是物價上漲的歷史……通貨膨脹本身是一個問題。但是對通貨膨脹的合理的和歇斯底里的恐懼—完全在通貨膨脹，并且害怕對通貨膨脹的害怕?！?/p>

當時約翰·肯尼迪還是參議員，他十分賞識薩繆爾森這位哈佛校友，并聘請他做自己的高參。1960年，成為總統(tǒng)的肯尼迪相當信任他，任命他為總統(tǒng)調查顧問和美國國家計劃局經(jīng)濟顧問。1961年薩繆爾森加入了特別工作小組，并成為了向肯尼迪總統(tǒng)提交的《美國經(jīng)濟狀況》報告的起草人和定稿者。在文章中，他建議增加國防支出和對外援助，并提議把公共工程、公路建設及城市更新計劃放在最優(yōu)先地位等等。

在政策制定者的那些人中，新古典綜合派起著重要的影響。然而當肯尼迪總統(tǒng)邀請他擔任經(jīng)濟顧問委員會主席時，他覺得沒有自由，不愿受職位的束縛而婉言謝絕了。他轉到幕后，為顧問委員會中新古典綜合派的委員們如沃爾特?海勒、詹姆斯?托賓等出謀劃策，為此他曾開玩笑地自比“灰色陛下”。

在薩繆爾森指點下，托賓等提出了如減稅等許多大膽的刺激就業(yè)的財政、貨幣政策。在這樣強大的人為操控下，美國的經(jīng)濟開始擺脫極為不利的“艾森豪威爾停滯”，到1965年時，GDP增長了31% ，物價上漲只有2%，就業(yè)情況也大為改善，美國經(jīng)濟形式一片光明，并且在肯尼迪及約翰遜總統(tǒng)任期內，沒有爆發(fā)所謂的經(jīng)濟危機。于是在《經(jīng)濟學》的第8版中，薩繆爾森寫上了一個醒目的標題《為經(jīng)濟周期唱挽歌》，并且以堅定的語氣指出，新經(jīng)濟學就如同現(xiàn)代醫(yī)藥結束了小兒麻痹癥和天花一樣，熨平了經(jīng)濟波動。

用心良苦，完成曠世經(jīng)濟學巨著

1947年，對于薩繆爾森來說是收獲最大的一年。這一年，他不僅發(fā)表了自己的專著《經(jīng)濟分析基礎》，還被晉升為正教授，并獲得為表彰40歲以下取得顯著成就的經(jīng)濟學家而設立的約翰?貝茨克拉克獎。