萊瓦萊特1680年畢業(yè)于哈佛，在母校當了15年輔導員后，便從事了10余年的律師及法官職務。1708年，約翰?萊瓦萊特成為哈佛第一位非神職人員的校長，就職典禮的那天，自由派們興高采烈。當時的省長也是哈佛的校友，他親執(zhí)萊瓦萊特的手，并肩步入大廳，來到存放有鑰匙、憲章、大印、記錄的桌子旁。監(jiān)理會代表、省長及各方面要人先后用拉丁語發(fā)表演說，然后眾人齊唱圣歌。

按照1650年哈佛憲章，哈佛法人由校長、財務和學校的輔導員3個團體組成。1716-1717年間，法人團團員相繼因病去世，這3個空位必須由哈佛的其他輔導員填充，但補充進去的卻是3個自由派牧師。雖然有人為此事與萊瓦萊特爭執(zhí)，但大局已定，從此以后，哈佛的法人團便開始了由一個校內(nèi)人士自主治理的團體，逐漸地向校外人士組成的董事會轉(zhuǎn)化。

哈佛學院自由派力量的增強，最終從內(nèi)部推動了哈佛貼近現(xiàn)實，朝世俗化、獨立性和自由性的方向發(fā)展。17世紀末發(fā)生的一些情況則從外部影響了哈佛，催促哈佛學院大刀闊斧地進行改革，以充分確保自己的學術獨立地位。

1639年，北美又出現(xiàn)了一所高等學府—威廉和瑪麗學院宣告成立；1701年耶魯學院誕生。這兩所學院的出現(xiàn)，有著雙重的影響：一方面來說是對哈佛所從事的教育事業(yè)的支持，因為它有了同路人。但從另一個角度來說，哈佛由于他們的存在而開始面臨競爭對手，因而無形之中增加了不少壓力。顯然，有了這兩所學校，哈佛不再可以墨守成規(guī)、安于現(xiàn)狀，而必須銳意進取、改革創(chuàng)新。

從1642年哈佛大學第一批大學生畢業(yè)，到1689年建校近半個世紀里，哈佛大學共有388名學子畢業(yè)，其中從事神職的有約180人。但自萊瓦萊特作為第一位非神職人員擔任校長后，這種狀況得到了控制，神職人員開始減少了。1927年哈佛接受一位回教徒的捐贈，從而設立了哈佛第一位教授職位，開創(chuàng)了大學教師這一職業(yè)。這一舉措令學生們歡欣鼓舞。

1691年，在絕大多數(shù)地方，王權結束了清教徒僧侶的統(tǒng)治，但是，哈佛卻是個例外，那里依舊保有濃厚的清教徒痕跡，這種痕跡一直保留到19世紀初。1806年，法人團選擇了傾向一位神論的數(shù)學主教授當?shù)?3任校長，在此期間，信奉天主教、猶太教的學生開始在哈佛讀書。到1820年，哈佛的學生已經(jīng)有近三成來自新英格蘭以外的地區(qū)。1843年，通過不斷努力，哈佛廢除了“監(jiān)理會的牧師成員必須是來自公理會”的規(guī)定。8年以后，牧師在監(jiān)理會的席位被完全取締了。

哈佛在通過努力擺脫宗教主義陰影的同時，也在同當?shù)氐恼诌M行了激烈的斗爭。通過不斷的努力，1851年，它將政府官員在監(jiān)理會的席位限制在5席，到1865年，政府官員被徹底趕出了監(jiān)理會，30名監(jiān)理全部由哈佛校友選舉產(chǎn)生。就這樣，哈佛在教會和政治的操控下，慢慢地金蟬脫殼，演變成一所名副其實的、學術獨立的私立大學。