1904年前后，張東蓀獲得官派留學的資格，到日本東京帝國大學哲學系學習。

張東蓀是獲得哪個省的“官派”？可能有三種選擇:一是直隸，其父在此為官一世，張東蓀也出生于此，當有可能。二是浙江省，這是他的祖籍，其幼年所受的教育，可能主要是在這里。三是江蘇省，這是張東蓀的祖父任官的地方，也是其社會關系比較密切的地方，他幼年時期也曾在這里生活過較長時間。張東蓀在民國初年曾稱自己為江蘇人，當是有原因的。同時，與他關系很好的藍公武等人，是江蘇人，他們又是一起去日本的，并且住在一塊，兩家也是世交。張東蓀很有可能是江蘇官派留日的。

張東蓀去日本留學，其兄張爾田依依不舍地送之，并填詞贈他：“回首銷魂地，芒西風雁聲四塞，暮煙凝紫。亂后湖山秋笳賤，攙子三分變徵，問何日黃龍東指。滿目車塵憑闌望，宛怔衫都是啼鵑淚。臨歧斗酒須重醉，算連江沈沈夜雨，故人有幾。煮海孤燈神州夢，兩地寸心而已。是男子休教情死，一紙滄浪殘盡稿。待他年收拾扁舟里，三尺劍，向天際。”對張東蓀留學日本寄予很大期望。

19世紀末20年紀初，在日本的中國新興的知識分子群，努力探索救國救民的真理，“教育救國”是當時較大的思潮。在當時形成了幾股大的教育思潮:軍國民教育、國民教育、實利主義教育和義務教育等等。張東蓀等人贊同“教育救國”的主張，積極宣傳國民教育思想。

到東京后，張東蓀與藍公武、馮世德同住在東京本鄉(xiāng)丸山新町三十七番地。他如饑似渴地學習西方的自然科學和西方哲學方面的知識，開始了一生中思想的巨大轉變。不僅使他對自己信仰的佛學產生了懷疑，而且極大地開闊了張東蓀的視野，使他對西方文化產生了濃厚興趣。

1906年，“懷救世之心”的張東蓀與藍公武、馮世德在東京發(fā)起組織了“愛智會”。他們認為“中國近來學務雖似發(fā)達，至于學術尚在幼稚，此俗之所以不治而無由進于文明之域也”，為此必須發(fā)展國人的學術思想。其取名“愛智”，顯然取古希臘“哲學（phelosoghy）”一詞的本義。愛智會的性質，可從“記事”專欄中發(fā)表的《愛智會之成立》中窺得。他們發(fā)起“愛智會”的目的，“專以提倡國人學問為務，并欲會合東西哲人，共研究宇宙究竟人生究竟二大問題。以增進世運，劃除俗污，俾大地山河，得光明莊嚴?！睆垨|蓀等人確定“愛智會”的宗旨是：“涅炏為心，道德為用，學問為器，利他為宗?！逼浞椒ㄊ牵骸皶蠔|西各國學者，研究高尚學問，盡人道，洗俗垢，使世界莊嚴潔凈為旨歸?！逼淙霑氖掷m(xù)是“凡東西各國之人，總之相同者均可入會為會友。但會員須經全體會員承認方可?！?/p>

1906年10月，張東蓀與藍公武、馮世德以“愛智會”名義，在日本東京創(chuàng)辦了《教育》雜志。在該刊第1號發(fā)表《愛智會出版部告白》：“教育雜志本為本會出版，但因外股甚多，是以劃清界限，特創(chuàng)一教育雜志社以經理該社事務，今后一切交涉概與本會無涉，用特聲明?！钡凇督逃冯s志創(chuàng)刊號上的《社告》中，卻說：“本社事務所暫社于日本東京本鄉(xiāng)丸山新町三十七番地愛智會內，賜稿者請逕寄該處可也。凡經售本雜志者須按期結算，如上期未清者即停寄追算，乞為原諒?！笨芍逃s志社與“愛智會”同在一處，并且是在張東蓀、藍公武等人所居住之所，主要是張東蓀等三人負責。

在《教育》雜志的《發(fā)刊辭》中，張東蓀、藍公武和馮世德等人說：“慨夫世運不進，人間齷齪，機心日甚，公理淪亡。顧視宇內，惡氛彌天，優(yōu)勝劣敗之說，喧騰人口；弱肉強食之事，動觸吾目；此首陽之所甘終，而塵寰之可棄也。惟是人為靈長良知本具道，雖式微大德猶存，是以不辭不文之訕，竊附匡正之心。洗垢窮理，志之所在；揚新闡舊，道之所從。特語言異殊，故首自國文，若融合東西別成新識，則私心之所愿，聊以卜之云爾?！北砻髌鋭?chuàng)辦的宗旨在于“匡正”公理，“融合東西別成新識”。這與“愛智會”的宗旨是一樣的。

《教育》雜志，內容比較豐富，形式多樣而活潑，每期約在120頁以外，每月的15日發(fā)行。所辟欄目計有9種：社說、學說、科學、思潮、批評、記事、雜徂、文苑和問答。社說一欄為：“發(fā)揚本旨、痛斥時弊”；學說一欄以“闡明新理宏揚舊學”，計分10門：教育學、倫理學、心理學、哲學、佛教、國學、群學、名學、美學和生物學；科學一欄是“編輯各種科學高等講義”；思潮一欄為“介紹當代嶄新學說”；批評一欄為“扶導流俗”，分社會和圖書二部；記事一欄是“報告東西學界之動靜”；雜徂一欄是“選載趣味濃厚、思想高尚之小說等類”；文苑一欄刊載詩詞；問答一欄解答“閱者懷疑”。

《教育》雜志在日本東京出版印刷，由上海四馬路開明書店總經銷。除發(fā)行國內，還銷售中國香港、南洋、歐美、日本各地，在當時有一定的影響。

《教育》雜志是了解張東蓀在日本東京留學期間思想轉變和發(fā)展的一個窗口。在創(chuàng)刊號上，他發(fā)表了《心理學懸念》（與藍公武合譯）、《催眠心理學》（與藍公武合編），并節(jié)譯了達爾文的《物種由來》。在第2號上，他又發(fā)表了用掌握的科學知識探討哲學問題的習作《真理篇》。盡管《教育》雜志僅出2期便?？珡闹锌梢钥闯?，張東蓀在留學日本期間，關注的是西方科學和西方哲學，在西方科學方面，尤其關注于西方的心理學。