在清理這批檔案的同時，傅斯年制定了一個龐大的出版計劃。他準備一邊進行清理、分類、編目，一邊刊布印行《明清史料》，將整理所得公之于世。他在《〈明清史料〉發(fā)刊例言》中說：

此所刊布，皆整理中隨時撿出，以為值得流通于世間者。最完美之辦法為俟整理完事，再將一切認為可以刊印之篇，詳加別擇，以類相從，附以考證而刊行之。如此可為一個整個之制作。然似此事業(yè)，完工不可期之于十年之內(nèi)。國內(nèi)學(xué)人近年已甚注意檔案一類之直接史料，不予刊布，無以答同祈求者之望。且訂定考證之業(yè)，參加者多，成功益美。若先將“生材料”按月刊布之，則據(jù)以工作者不限吾等，憑作參考者不分地域，于是不待整理完功，先分期刊行之。［1］

遵此原則，歷史語言研究所于1931年將首批整理的檔案公開刊布印行，取名《明清史料》。此次印行者稱之為“甲編”，共有10冊。第1至6冊乃整理檔案時隨意撿出的文件，包括明季邊情，有關(guān)騷亂反叛事件的奏章、題本及沈陽舊檔等。其中以順治朝奏章為最多，涉及到鄭成功、李定國、洪承疇等重要人物的史料皆有選錄。第7冊為朝鮮史料。第8至10冊乃明季邊情方面的文件。1936年出版乙編、丙編各10冊。乙編第1至6冊錄明季邊情文獻，第7、8冊錄東南沿海一帶的海盜、山賊、紅夷、倭患及黔、滇、川三省的土司文獻。第10冊錄農(nóng)民起義方面的文獻。丙編第1冊為沈陽舊檔，第2冊為洪承疇奏章，第3至10冊乃順治朝奏章。以上三編30冊均為線裝，由商務(wù)印書館印行?？谷諔?zhàn)爭爆發(fā)后，檔案的整理、出版工作均告停頓?？谷諔?zhàn)爭勝利后，丁編10冊的篇目內(nèi)容已經(jīng)選定，但因時局動蕩，遲遲未能付印。1951年由中國科學(xué)院整理后，交商務(wù)印書館刊印面世，內(nèi)容包括有關(guān)鄭成功的史料、明季邊情的文獻，康熙朝奏章和三藩之亂的若干文獻。

［1］　《〈明清史料〉發(fā)刊例言》，《傅斯年全集》第四冊，（臺）聯(lián)經(jīng)出版事業(yè)公司1980年版，第357頁。