有清一代，紹興作為浙東商業(yè)和文化中心，社會(huì)階級結(jié)構(gòu)除下層勞動(dòng)人民之外，作為社會(huì)中上層階級的家庭，最普遍的有兩類：一類是封建知識分子，也就是通常所說的書香之家；另一類便是商人。蔡元培的家庭即屬于后者，為商賈之家。

據(jù)《紹興縣志資料》記載，蔡元培的祖先系于明代隆慶、萬歷年間（1567-1619）由諸暨遷來紹興城內(nèi)。初以造林售薪為業(yè)，后有一祖先遭同行妒嫉，被斧砍傷，此后便不再經(jīng)營木材業(yè)。到蔡元培的高祖以下，才開始經(jīng)商。曾祖兄弟四人，或在鄉(xiāng)里縣城設(shè)鋪，收購絲綢軟緞，或往返于紹興、廣州，從事販運(yùn)。其中行三的一位，曾由浙江運(yùn)綢緞到廣州，因偷關(guān)被捕，將處極刑，家中罄其所有，營救出獄，家業(yè)亦因之中落。到了蔡元培的祖父，因經(jīng)營典當(dāng)業(yè)有方，又重振家業(yè)，不但在城里開了一家當(dāng)鋪，并在筆飛弄買下一幢坐北朝南、大廳三楹的房屋。后以生子眾多，又在屋后加蓋五樓五底房屋，三代合住，“做成小康的家庭”。蔡元培的祖父名廷楨，又號嘉謨，字佳木，“行事以公正著”, 卒于同治十一年（1872 ) ，共生七子。長子便是蔡元培的父親蔡寶煜，又名光普，字耀山。在兄弟七人中，除老三習(xí)武外出不知所往亦不知所終外，全家以經(jīng)商為業(yè)。蔡元培的父親為錢莊經(jīng)理，老二經(jīng)營綢緞業(yè)，老四、老五、老七也都在錢莊任職，只有老六銘恩讀書，考試入學(xué)，為廩生，成為蔡元培祖父輩中唯一一個(gè)讀書登科之人。蔡元培早年讀書，即曾多得他的指導(dǎo)。蔡元培在《口述傳略》中自述說：“孑民有叔父，名銘恩，字茗珊，以廩膳生鄉(xiāng)試中式。工制藝，門下頗盛。亦治詩古文辭，藏書亦不少。孑民十余歲，即翻閱《史記》、《漢書》、《困學(xué)紀(jì)聞》、《文史通義》、《說文通訓(xùn)定聲》諸書，皆得其叔父之指導(dǎo)焉?！?后來，蔡元培在己丑年鄉(xiāng)試《齒錄》 的“受業(yè)師”項(xiàng)下列在第一位的便是“叔父氓山夫子”。

蔡元培的父親光普先生雖為錢莊經(jīng)理，但并不嗜錢如命，染上銅臭，反而待人寬厚，慷慨大度，周濟(jì)朋友，有求必應(yīng)，甚至借款予人，也不忍索還，以致去世后，家中毫無積蓄。據(jù)說，光普先生便是由于他任錢莊經(jīng)理時(shí)，某年因獲利頗豐，給店伙多發(fā)獎(jiǎng)金，遭東家不滿，并責(zé)令賠償，因此憂悒而歿。光普先生病逝后，生前向他借貸的友人雖無借條，卻都主動(dòng)來還，說是良心上不能負(fù)好人。光普先生的一位好友在挽聯(lián)中稱贊道：“若要有幾許精神，持己接人，都要到極好處?！?/p>

1877 年光普先生去世時(shí)，蔡元培年僅11歲，家道也因之再度衰敗。蔡元培晚年在《自寫年譜》中這樣回憶道：“我父親去世以后，我們這一房，固然陷于困苦，而不多幾年，二叔父、五叔父、七叔父先后失業(yè)，即同住一衖的親戚家，也漸漸衰敗起來。我那時(shí)候年紀(jì)雖小，但是聽我母親與諸長輩的談?wù)?，也稍稍明了由盛而衰的緣故，引起感想，所以至今還沒有忘掉?！?/p>

蔡元培的母親周太夫人，雖無多少文化，卻賢慧能干，且頗有志氣。光普先生病故后，周太夫人靠典衣質(zhì)飾，省吃儉用，撫養(yǎng)諸子成人。一些親友見元培兄弟孤苦無依，提議募款接濟(jì)，周太夫人婉言謝絕，不愿受人施舍。她常勉勵(lì)孩子們要“自立”、“不依賴”，對孩子們管教甚嚴(yán)。蔡元培回憶說：“我母親最慎于言語，將見一親友，必先揣度彼將怎樣說，我將怎樣對。別后，又追想他是這樣說，我是這樣對，我錯(cuò)了沒有。且時(shí)時(shí)擇我們所能了解的，講給我們聽，為我們養(yǎng)成慎言的習(xí)慣。我母親為我們理發(fā)時(shí)，與我們共飯時(shí)，常指出我們的缺點(diǎn)，督促我們的用工。我們?nèi)缬绣e(cuò)誤，我母親從不怒罵，但說明理由，令我們改過。若屢誡不改，我母親就于清晨我們未起時(shí)，掀開被頭，用一束竹筱打股臀等處，歷數(shù)各種過失，待我們服罪認(rèn)改而后已。選用竹筱，因?yàn)橹w雖痛，而不致傷骨。又不打頭面上，恐有痕跡，為見者所笑。” 夜里，孩子們做功課，周太夫人則在一旁陪讀，溫語安慰、勉勵(lì)。一次，蔡元培功課做得太晚，過于困倦，思路也打不開，周太夫人便勸他索性早睡，第二天黎明再將他叫醒。結(jié)果，經(jīng)過一夜的休息，蔡元培精神恢復(fù)，思路豁然開朗，一揮而就。從此之后，他便養(yǎng)成了熬夜不如早睡的習(xí)慣。

母親對蔡元培的影響最大，蔡元培也最愛他的母親。1885年，蔡元培17歲那年，周太夫人胃病加劇，服藥亦不見效，蔡元培聽說割臂肉和藥，可延壽十二年，他便瞞著家人，偷偷從自己左臂上割下一小片肉，為母和藥。第二年，周太夫人病故，蔡元培悲痛萬分，必欲行寢苫枕塊之制。被家人勸阻后，他又于夜深人靜之際，挾枕席赴棺側(cè)而睡，其兄弟聞之，知不可阻，便設(shè)床于停棺之堂，兄弟共宿。晚年，蔡元培旅居香港時(shí)改從母姓，取名周子余，以表示對他母親的懷念。在《自寫年譜》中談到早年家世時(shí)，蔡元培更多的也是提到母親的養(yǎng)育之恩和影響。他深情地說：“我母親是精明而又慈愛的，我所受的母教比父教為多，因父親去世時(shí)，我年紀(jì)還小……我母親的仁慈而懇切，影響于我們的品性甚大?！?

蔡元培有同胞兄弟四人，姊妹三人，他在家中居二。兄元，字鑒清，長期在上海崇實(shí)石印局任職。弟元堅(jiān)，字鏡清，后在紹興錢莊業(yè)中任職。四弟及幼妹早殤，姊兩人均未嫁即病逝。據(jù)蔡元培本人說，他的父親面方，皮膚黃；母親面橢圓，皮膚白。他兄弟姊妹七人，行單的都像母親，行雙的則都像父親。他行二，所以長相像父親。

蔡元培的家庭雖為商賈世家，但并非富商巨賈，而是屬于經(jīng)不起任何風(fēng)吹雨打的一般商人之家。蔡元培后來表現(xiàn)出來的安詳方正、平易待人的性格，應(yīng)該說多少與他的家庭影響有關(guān)。蔡元培本人即自謂他性格上的寬厚，得自父親；不茍取，不妄言，得諸母教。