第二次是在中共八屆十二中全會的閉幕會上。毛澤東主要是為一些被林彪集團、江青集團揪住不放的老同志說話。毛澤東說：“有些同志對于所謂‘二月逆流’這件事不大了解，經(jīng)過十幾天，就比較了解了。在這個全會上，由犯過錯誤的同志說明他們的問題，大家又對他們有些質(zhì)問，他們再說明問題，又再質(zhì)問，好像經(jīng)過這么幾次反復(fù)嘛，大家都比較清楚了。這件事嘛，要說小，就不那么小，是件大事。要說那么十分了不起呢，也沒有什么十分了不起。他們有意見要說，幾個人在一起，又都是政治局委員，又是副總理，有些是軍委副主席，我看也是黨內(nèi)生活許可的。他們也是公開出來講的。這個世界上面，總是左、中、右。統(tǒng)統(tǒng)是左派，我就不那么贊成。九大代表‘二月逆流’的同志們?nèi)绻粎⒓?，我看就是個缺點。陳毅同志，你就以那個右的那一方面的資格，以這個身份來參加九大。對于黨內(nèi)一些老同志，要一批二保三看。清理階級隊伍，注意一個‘準’字，不要搞‘逼供信’那一套。對于學術(shù)權(quán)威，注意不要做得太過分。馮友蘭、翦伯贊可能還有某種用處。批是要批的，保還是要保的。鄧，大家要開除，我有點保留，他和劉還有點區(qū)別?！嘀行摹粚??！?/p>

毛澤東在這兩次講話中，首先對鄧小平在長期革命戰(zhàn)爭中的巨大歷史貢獻給予了充分肯定：鄧小平在戰(zhàn)爭時期是打敵人的；其次是對鄧小平的革命斗爭歷史進行了充分肯定：鄧小平歷史上還未發(fā)現(xiàn)有什么問題；再次是堅持把鄧小平留在黨內(nèi)，不能像對待劉少奇那樣“開除黨籍”。

中共八屆十二中全會閉幕以后，籌備召開中國共產(chǎn)黨第九次全國代表大會的工作正式列入議事日程，各項準備工作相繼展開。起草中共九大的政治報告，是準備工作中的一件大事。為了爭奪政治報告的起草權(quán)，陳伯達與張春橋、姚文元之間又進行了一番激烈的爭斗。最后陳伯達與康生、張春橋、姚文元（張、姚執(zhí)筆）各起草了一份政治報告。后經(jīng)中央討論，林彪在九大上宣讀的是由康生、張春橋、姚文元起草的那份政治報告。

在陳伯達最初起草的政治報告文稿上，曾經(jīng)寫有“劉、鄧路線”的話，毛澤東否定了陳伯達的這種提法。

據(jù)陳伯達生前回憶，“‘九大’前，原來決定要我和張春橋、姚文元共同起草政治報告稿。我不愿同張、姚等人合作。起草人名單上，是我列在前面。我就自己著手，并組織幾個人幫助搞材料。在我起草的稿子上，我寫過關(guān)于‘劉、鄧路線’的話。毛主席看過，說了一個重要指示：‘鄧小平同志打過仗，同劉少奇不一樣，報告上不要提他。’”

從上述毛澤東一系列講話中可以看出，盡管毛澤東在“文化大革命”中犯了嚴重錯誤，但在他的內(nèi)心深處，還是始終對鄧小平有著很好的看法。在“文化大革命”那樣特定的歷史條件下，毛澤東的話是“最高權(quán)威”，是全黨全軍全國人民必須“字字句句堅決照辦”的“最高指示”。鄧小平在“文化大革命”中之所以沒有遭到劉少奇、陶鑄那樣的厄運，毛澤東的政治保護是一個極為重要的因素。

林彪集團在“文化大革命”中之所以要處心積慮地整倒鄧小平，其目的就是為林彪篡黨奪權(quán)，謀求“接班人”的地位掃清道路。在中共八屆十二中全會上，毛澤東不顧林彪、江青兩個集團的鼓噪，堅持保留了鄧小平的黨籍，這使林彪、江青等人如鯁在喉，難以安枕。

林彪雖已被指定為毛澤東的接班人，但他深知，只要鄧小平一天不倒，就威脅尚存。唯有置鄧小平于死地，方可解除后顧之憂。于是，林彪、江青等指使“鄧小平專案組”加緊進行工作。

江青、康生多次指示“鄧小平專案組”，要盡快突擊攻下鄧小平的所謂“歷史問題”。中央專案組第二辦公室為加強“鄧小平專案組”的外調(diào)力量，專門從駐京西賓館的“葉向真（葉劍英的女兒）專案組”抽調(diào)人員進行補充。此后，兵強馬壯的“鄧小平專案組”加快了活動步伐，四處搜羅取證。赴陜西小組負責調(diào)查鄧小平1927年初由中共組織派駐馮玉祥部隊時的情況；赴上海小組負責調(diào)查1928年鄧小平在黨中央機關(guān)工作，和1930年、1931年兩次從廣西紅七軍回上海匯報工作的情況；并提審有關(guān)人員訊問鄧小平留法勤工儉學時期的情況；赴安徽小組負責查找1931年鄧小平代表中央巡視安徽省委工作時的線索；赴江西小組負責全面調(diào)查鄧小平1931年到中央蘇區(qū)后的活動；赴廣西小組負責查證鄧小平1929年在左、右江革命根據(jù)地的活動；赴湖北小組負責提審鄧小平的弟弟、原武漢市副市長鄧墾；赴四川小組負責審查鄧小平的家世及在家鄉(xiāng)的活動；赴天津小組負責找人調(diào)查鄧小平當年在馮玉祥部隊的情況；還派員前往廣東、寧夏、湖南、遼寧、江蘇等地找鄧小平當年的老部下調(diào)查取證。

“專案組”人員到處調(diào)查取證，僅赴廣西小組的3人，在不到兩個月里，就跑了4個地區(qū)，22個縣，提審調(diào)查了200多人。

在北京，1969年夏季，“專案組”人員整日奔忙，找在京的人證進行調(diào)查，滕代遠、袁任遠、莫文驊等老同志均受到訊問。在調(diào)查中，“專案組”人員面對的時常是一些老同志、老將軍。這些身經(jīng)百戰(zhàn)的老共產(chǎn)黨員，對于“專案組”用心險惡的查訊，有的本著實事求是的態(tài)度予以回答，有的則干脆回避或不予理睬。當“專案組”人員找大將張云逸調(diào)查時，就被以“首長身體不好”為名予以拒絕，吃了閉門羹?！皩０附M”人員在黃永勝和吳法憲的親自安排下，還找中華人民共和國元帥、中共中央軍事委員會副主席聶榮臻進行了一次調(diào)查。1969年7月20日，在京西賓館的一個小會議室里，德高望重的聶帥坐在一張?zhí)僖紊希鎸Α班囆∑綄０附M”人員的提問，侃侃而談。聶帥從20世紀20年代初期留法勤工儉學時起，就與鄧小平成為戰(zhàn)友，相知甚深。讓他談鄧小平，他可是知道得太多了。聶帥談得極富耐心，一談就談了差不多40分鐘。他談的內(nèi)容，等于把鄧小平為共產(chǎn)主義事業(yè)而奮斗的歷程從頭至尾述說了一遍，至于“專案組”人員所要的“材料”和“問題”，連只言片語也未涉及。最后，聶帥說了一句：“我身體不好，今天就談到這里吧?！彪S后，在秘書的陪同下，頭也不回地走了?！皩０附M”人員聽了半天，一無所獲，大為懊喪。

從1968年6月起，在一年半的時間里，“鄧小平專案組”為搜尋所謂鄧小平的“材料”，先后派出外調(diào)小組93批，外調(diào)人員223人次，地域涉及15個省、市、自治區(qū)，140多個市、縣，行程30多萬公里。多次往返出入于中組部、中宣部、交通部、公安部、統(tǒng)戰(zhàn)部、化工部、一機部、七機部、水產(chǎn)部、解放軍總政治部、中央辦公廳、中央調(diào)查部、中辦機要局、對外文委、新華社、《人民日報》社、北京市革委會、北京衛(wèi)戍區(qū)、全國總工會、全國婦聯(lián)、民航總局、中科院及哲學社會科學學部、宗教局、中央高級黨校、中國歷史博物館、空軍司令部、海軍司令部、北京農(nóng)業(yè)大學、解放軍政治學院、最高人民法院、中國人民銀行、馬列主義編譯局、中國醫(yī)學科學院、北京二七機車車輛廠、民革中央、秦城監(jiān)獄等近百家單位。

經(jīng)過反復(fù)調(diào)查后，“專案組”在寫給康生、黃永勝、吳法憲、葉群、李作鵬的一份報告中，不得不哀嘆：“關(guān)于鄧小平的歷史問題，經(jīng)反復(fù)查檔、調(diào)查，到目前為止，除了入團、轉(zhuǎn)黨問題尚未找到直接人證，以及一些執(zhí)行機會主義路線的問題外，還沒有查到有被捕、叛變、通敵等重大問題的線索?！?