大約在建寺后的一百二十年，劫難第一次降臨到白馬寺。

公元190年，時(shí)值東漢末年，以袁紹為首的勢(shì)力從北、東、南三面邊直壓洛陽(yáng)。盤(pán)踞洛陽(yáng)的董卓力不能拒，脅迫漢獻(xiàn)帝劉協(xié)遷都長(zhǎng)安，為了斷絕人們還回故園的念想，董卓下令把洛陽(yáng)城周圍二百里以內(nèi)的宮室房室全部燒毀。白馬寺連同洛陽(yáng)這座當(dāng)時(shí)世界上最偉大的城市，在經(jīng)月不熄的大火中，不復(fù)存在。

這只是開(kāi)了個(gè)頭，從公元2世紀(jì)末開(kāi)始，中國(guó)歷史進(jìn)入了一個(gè)分裂、動(dòng)蕩的時(shí)期。中原王朝衰微，這片以平原為主而缺乏天然屏障的自古繁華之地，注定要成為四戰(zhàn)之地而飽受戰(zhàn)火創(chuàng)痍。身處其中的白馬寺并沒(méi)有因?yàn)槭欠痖T(mén)靜地獨(dú)善其身，而是成為這段歷史的縮影和見(jiàn)證。

公元310年，一位精神矍鑠的西域僧人來(lái)到洛陽(yáng)。他決定到洛陽(yáng)來(lái)建寺傳法，可此時(shí)的洛陽(yáng)在前漢大軍的圍攻下岌岌可危。于是他只能藏身于草野之中以觀時(shí)變。這個(gè)僧人就是佛圖澄。傳說(shuō)他當(dāng)時(shí)已近八十歲高齡。敦煌莫高窟初唐第323窟北壁的壁畫(huà)中，有一位袒露上身、盤(pán)腿坐在竹林河畔的高僧，正兩手拉出腸子放入水里清洗，這就是佛圖澄。據(jù)傳說(shuō)，佛圖澄左乳旁邊有一個(gè)小洞，直通腹內(nèi)，平日他常用棉花堵塞小洞；把棉花拔掉，洞中發(fā)出的光亮使?jié)M屋子燈火通明，他就借此光誦讀經(jīng)書(shū)；每逢到齋日，他就到河邊，把腸子從洞口掏出來(lái)，放到河水中清洗，然后再裝進(jìn)腹中。

后來(lái)佛圖澄見(jiàn)到石勒，據(jù)說(shuō)開(kāi)頭時(shí)也是露了一手神通而博得石勒的信服的。石勒建立后趙政權(quán)后，對(duì)佛圖澄十分尊信，軍政大事必咨而后行。佛圖澄常用佛教教義勸導(dǎo)石氏施行“德化”，“勿暴虐”、“不害無(wú)辜”，并大力向民間傳播佛教。

佛圖澄年輕時(shí)精通醫(yī)術(shù)，練過(guò)瑜伽，出家后持戒謹(jǐn)嚴(yán)，據(jù)傳他活了一百一十多歲。

河北臨漳居于太行山東麓，歷史上曾先后成為曹魏、后趙、冉魏、前燕、東魏、北齊六朝的都城。公元335年，已過(guò)百歲的佛圖澄在這里遇到了前來(lái)參學(xué)的僧人道安。兩人的年紀(jì)差出近八十歲，可是佛圖澄卻堅(jiān)信自己眼前這個(gè)其貌不揚(yáng)的年輕僧人，日后必成大德。

因?yàn)殚L(zhǎng)得黑，初入佛門(mén)的道安受到歧視，只有佛圖澄只眼獨(dú)具。道安認(rèn)為持戒只注重形式是片面的，為了眾生的利益，戒律是可以有“開(kāi)緣”的。這個(gè)見(jiàn)解讓當(dāng)時(shí)的中國(guó)佛教界非常吃驚。后來(lái)菩薩戒傳到了中土，證明道安的見(jiàn)解正是秉承了大乘佛教的宗旨要義。他對(duì)般若學(xué)有精湛的研究，而當(dāng)后來(lái)真正完備的般若經(jīng)傳至中土?xí)r，人們不得不贊嘆道安對(duì)佛法的洞見(jiàn)。

公元350年至公元365年間，在古代中國(guó)相當(dāng)于今天河北、山西、河南、湖北的廣大區(qū)域內(nèi)，出現(xiàn)了一支規(guī)模并不算小的僧人隊(duì)伍，在不停地遷徙以躲避戰(zhàn)亂。他們衣衫襤褸，經(jīng)常食不果腹，卻紀(jì)律嚴(yán)整，每日修學(xué)不廢，他們常常不得不躲入深山，卻又不忘時(shí)時(shí)來(lái)到城邑村落傳教布道。帶領(lǐng)著這支僧人隊(duì)伍輾轉(zhuǎn)遷徙的，正是道安。十六年中，道安的隊(duì)伍不但越走規(guī)模越大，還培養(yǎng)出了不少杰出的佛教人才。